+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7she | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of human GPR158 | |||||||||
要素 | G-protein coupled receptor 158 | |||||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / Receptor | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 G protein-coupled glycine receptor activity / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of neurotransmitter secretion / regulation of synapse organization / enzyme activator activity / cell projection / protein localization to plasma membrane / brain development / cognition / transmembrane signaling receptor activity ...G protein-coupled glycine receptor activity / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of neurotransmitter secretion / regulation of synapse organization / enzyme activator activity / cell projection / protein localization to plasma membrane / brain development / cognition / transmembrane signaling receptor activity / presynaptic membrane / postsynaptic membrane / G protein-coupled receptor signaling pathway / nucleus / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Patil, D.N. / Singh, S. / Singh, A.K. / Martemyanov, K.A. | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2022 タイトル: Cryo-EM structure of human GPR158 receptor coupled to the RGS7-Gβ5 signaling complex. 著者: Dipak N Patil / Shikha Singh / Thibaut Laboute / Timothy S Strutzenberg / Xingyu Qiu / Di Wu / Scott J Novick / Carol V Robinson / Patrick R Griffin / John F Hunt / Tina Izard / Appu K Singh ...著者: Dipak N Patil / Shikha Singh / Thibaut Laboute / Timothy S Strutzenberg / Xingyu Qiu / Di Wu / Scott J Novick / Carol V Robinson / Patrick R Griffin / John F Hunt / Tina Izard / Appu K Singh / Kirill A Martemyanov / 要旨: GPR158 is an orphan G protein–coupled receptor (GPCR) highly expressed in the brain, where it controls synapse formation and function. GPR158 has also been implicated in depression, carcinogenesis, ...GPR158 is an orphan G protein–coupled receptor (GPCR) highly expressed in the brain, where it controls synapse formation and function. GPR158 has also been implicated in depression, carcinogenesis, and cognition. However, the structural organization and signaling mechanisms of GPR158 are largely unknown. We used single-particle cryo–electron microscopy (cryo-EM) to determine the structures of human GPR158 alone and bound to an RGS signaling complex. The structures reveal a homodimeric organization stabilized by a pair of phospholipids and the presence of an extracellular Cache domain, an unusual ligand-binding domain in GPCRs. We further demonstrate the structural basis of GPR158 coupling to RGS7-Gβ5. Together, these results provide insights into the unusual biology of orphan receptors and the formation of GPCR-RGS complexes. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7she.cif.gz | 211.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7she.ent.gz | 176.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7she.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7she_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7she_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7she_validation.xml.gz | 47.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7she_validation.cif.gz | 65.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sh/7she ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sh/7she | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 88251.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GPR158, KIAA1136 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5T848 #2: 化合物 | ChemComp-PEE / | #3: 化合物 | ChemComp-EIJ / ( | #4: 化合物 | ChemComp-CLR / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Receptor / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
分子量 | 値: 0.170 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: cryoSPARC / バージョン: 3.1 / カテゴリ: 3次元再構成 |
---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 4374550 |
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) |
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 263237 / 対称性のタイプ: POINT |
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL |