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- PDB-7qgl: Human CD73 (ecto 5'-nucleotidase) in complex with MRS4602 (a 3-me... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qgl
タイトルHuman CD73 (ecto 5'-nucleotidase) in complex with MRS4602 (a 3-methyl-CMPCP derivative, compound 21 in paper) in the open state
要素5'-nucleotidase
キーワードHYDROLASE / en / e5nt / ecto-nucleotidase / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


thymidylate 5'-phosphatase / : / ADP catabolic process / 5'-deoxynucleotidase / 5'-deoxynucleotidase activity / 7-methylguanosine nucleotidase / adenosine biosynthetic process / inhibition of non-skeletal tissue mineralization / Pyrimidine catabolism / AMP catabolic process ...thymidylate 5'-phosphatase / : / ADP catabolic process / 5'-deoxynucleotidase / 5'-deoxynucleotidase activity / 7-methylguanosine nucleotidase / adenosine biosynthetic process / inhibition of non-skeletal tissue mineralization / Pyrimidine catabolism / AMP catabolic process / : / IMP-specific 5'-nucleotidase / : / Nicotinate metabolism / Purine catabolism / 5'-nucleotidase / 5'-nucleotidase activity / leukocyte cell-cell adhesion / DNA metabolic process / response to ATP / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / ATP metabolic process / calcium ion homeostasis / negative regulation of inflammatory response / external side of plasma membrane / nucleotide binding / cell surface / extracellular exosome / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
5'-nucleotidase signature 1. / 5'-nucleotidase; domain 2 / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase, conserved site / 5'-nucleotidase signature 2. / 5'-Nucleotidase, C-terminal / 5'-nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase/apyrase / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain superfamily / Metallo-dependent phosphatases ...5'-nucleotidase signature 1. / 5'-nucleotidase; domain 2 / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase, conserved site / 5'-nucleotidase signature 2. / 5'-Nucleotidase, C-terminal / 5'-nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase/apyrase / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain superfamily / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BW0 / 5'-nucleotidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Strater, N.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)358304989 ドイツ
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Structure-Activity Relationship of 3-Methylcytidine-5'-alpha , beta-methylenediphosphates as CD73 Inhibitors.
著者: Scortichini, M. / Idris, R.M. / Moschutz, S. / Keim, A. / Salmaso, V. / Dobelmann, C. / Oliva, P. / Losenkova, K. / Irjala, H. / Vaittinen, S. / Sandholm, J. / Yegutkin, G.G. / Strater, N. / ...著者: Scortichini, M. / Idris, R.M. / Moschutz, S. / Keim, A. / Salmaso, V. / Dobelmann, C. / Oliva, P. / Losenkova, K. / Irjala, H. / Vaittinen, S. / Sandholm, J. / Yegutkin, G.G. / Strater, N. / Junker, A. / Muller, C.E. / Jacobson, K.A.
履歴
登録2021年12月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: audit_author / chem_comp_atom ...audit_author / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_audit_support / pdbx_initial_refinement_model
Item: _audit_author.name / _pdbx_audit_support.country ..._audit_author.name / _pdbx_audit_support.country / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_audit_support.grant_number
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-nucleotidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,0679
ポリマ－60,3631
非ポリマー1,7038
水11,746652
1
A: 5'-nucleotidase
ヘテロ分子

A: 5'-nucleotidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,13318
ポリマ－120,7272
非ポリマー3,40716
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area6290 Å2
ΔGint-190 kcal/mol
Surface area39060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.856, 129.841, 65.797
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 5'-nucleotidase / 5'-NT / Ecto-5'-nucleotidase


分子量: 60363.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NT5E, NT5, NTE / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P21589, 5'-nucleotidase

-
非ポリマー , 5種, 660分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-BW0 / [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[(4~{E})-4-[(4-methoxycarbonylphenyl)methoxyimino]-3-methyl-2-oxidanylidene-pyrimidin-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]methylphosphonic acid


分子量: 579.388 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H27N3O13P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 652 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 10 mM MRS4602, 100 microM ZnCl2, 8 % PEG 6.000, 0.1 M MES pH 6.2, 20 % PEG200

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→21.63 Å / Num. obs: 91996 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 12.3 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 14.8 / Num. measured all: 362347 / Scaling rejects: 217
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.5-1.532.80.441251944820.7430.310.5412.399.1
8.22-21.636.40.02538876110.9990.010.02752.393.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
BUSTER2.10.4 (20-OCT-2021)精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
BUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 6tve

6tve


解像度: 1.5→21.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU R Cruickshank DPI: 0.062 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.067 / SU Rfree Blow DPI: 0.064 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.061
詳細: HYDROGENS WERE FULLY REFINED WITH ZERO OCCUPANCY AT NUCLEAR POSITION. REFINEMENT NOTES. NUMBER OF REFINEMENT NOTES : 1 NOTE 1 : IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1745 4595 5 %RANDOM
Rwork0.1577 ---
obs0.1585 91936 99.6 %-
原子変位パラメータBiso max: 116.04 Å2 / Biso mean: 14.73 Å2 / Biso min: 4.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5053 Å20 Å20 Å2
2---1.2934 Å20 Å2
3---0.7881 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.16 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→21.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4081 0 93 652 4826
Biso mean--21.51 31.42 -
残基数----523
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1621SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes801HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4471HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion570SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5053SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4498HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg6148HARMONIC21.05
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.56
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.15
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.51 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2323 103 5.6 %
Rwork0.2228 1736 -
all0.2234 1839 -
obs--98.82 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.29020.04080.00210.38880.05960.23290.01840.00010.0217-0.0252-0.01570.00140.01120.0033-0.0026-0.0012-0.0012-0.0046-0.01690.0023-0.015223.174833.68913.4513
20.3024-0.04230.1310.3944-0.02790.1784-0.0276-0.0228-0.0064-0.00710.01610.0115-0.01750.00930.0115-0.00390.01140.0011-0.0166-0.0011-0.011425.118410.463335.3059
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|27 - A|333 A|601 - A|603}A27 - 333
2X-RAY DIFFRACTION1{A|27 - A|333 A|601 - A|603}A601 - 603
3X-RAY DIFFRACTION2{A|334 - A|549}A334 - 549

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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