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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7q1c | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Trypanosoma cruzi histone deacetylase DAC2 complexed with a hydroxamate inhibitor | ||||||
要素 | Histone deacetylase DAC2 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Epigenetics / Trypanosoma cruzi / Histone deacetylase / DAC2 / Pathogen | ||||||
機能・相同性 | : / (E)-3-dibenzofuran-4-yl-N-oxidanyl-prop-2-enamide 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Ramos-Morales, E. / Marek, M. / Romier, C. | ||||||
資金援助 | European Union, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2021 タイトル: Species-selective targeting of pathogens revealed by the atypical structure and active site of Trypanosoma cruzi histone deacetylase DAC2. 著者: Marek, M. / Ramos-Morales, E. / Picchi-Constante, G.F.A. / Bayer, T. / Norstrom, C. / Herp, D. / Sales-Junior, P.A. / Guerra-Slompo, E.P. / Hausmann, K. / Chakrabarti, A. / Shaik, T.B. / ...著者: Marek, M. / Ramos-Morales, E. / Picchi-Constante, G.F.A. / Bayer, T. / Norstrom, C. / Herp, D. / Sales-Junior, P.A. / Guerra-Slompo, E.P. / Hausmann, K. / Chakrabarti, A. / Shaik, T.B. / Merz, A. / Troesch, E. / Schmidtkunz, K. / Goldenberg, S. / Pierce, R.J. / Mourao, M.M. / Jung, M. / Schultz, J. / Sippl, W. / Zanchin, N.I.T. / Romier, C. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr. 年: 2012 タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine. 著者: Afonine, P.V. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7q1c.cif.gz | 402.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7q1c.ent.gz | 273.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7q1c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/7q1c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/7q1c | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50408.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-K / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.9 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 7.5%(W/V) PEG 8K, 0.1 M Bis-tris pH 6.3, 0.2 M MgCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.979957 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979957 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 52026 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 36.15 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.195 / Net I/σ(I): 7.76 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.44 Å / 冗長度: 6.78 % / Rmerge(I) obs: 1.687 / Mean I/σ(I) obs: 1.23 / Num. unique obs: 8289 / CC1/2: 0.425 / % possible all: 98.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1T67 解像度: 2.3→48.11 Å / SU ML: 0.3138 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 27.335 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 45.52 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→48.11 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth seq-ID: 13 - 700 / Label seq-ID: 1
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