+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7p6y | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | N-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD4 WITH compound 5ef | ||||||
要素 | Bromodomain-containing protein 4 | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION / INHIBITOR / HISTONE / EPIGENETIC READER / BROMODOMAIN / BRD4 / BROMODOMAIN CONTAINING PROTEIN 4 / ANTAGONIST | ||||||
機能・相同性 | Amanitin/phalloidin toxin / toxin activity / Chem-5Z1 / Alpha-amanitin proprotein 1 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.881 Å | ||||||
データ登録者 | Chung, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chemistry / 年: 2021 タイトル: One-Step Synthesis of Photoaffinity Probes for Live-Cell MS-Based Proteomics. 著者: Fallon, D.J. / Lehmann, S. / Chung, C.W. / Phillipou, A. / Eberl, C. / Fantom, K.G.M. / Zappacosta, F. / Patel, V.K. / Bantscheff, M. / Schofield, C.J. / Tomkinson, N.C.O. / Bush, J.T. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7p6y.cif.gz | 77.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7p6y.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7p6y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7p6y_validation.pdf.gz | 918.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7p6y_full_validation.pdf.gz | 920.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7p6y_validation.xml.gz | 14.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7p6y_validation.cif.gz | 20.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p6/7p6y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p6/7p6y | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15099.380 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.49 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: 0.1 sodium citrate pH 5.6, 10% w/v PEG4K, 10% w/v propan-2-ol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.97951 Å | ||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月7日 | ||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97951 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||
Reflection twin |
| ||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.88→59.96 Å / Num. obs: 20355 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 16.8 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.88→1.92 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.478 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 1034 / CC1/2: 0.839 / % possible all: 96.3 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: in house model 解像度: 1.881→59.957 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 2.996 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.037 / ESU R Free: 0.032 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.513 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.881→59.957 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|