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- PDB-7p4s: BROMODOMAIN OF HUMAN TAF1 (2) WITH naphthyridinone compound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p4s
タイトルBROMODOMAIN OF HUMAN TAF1 (2) WITH naphthyridinone compound
要素Isoform 2a of Transcription initiation factor TFIID subunit 1
キーワードTRANSCRIPTION / second bromodomain of TAF1 / inhibitor-bound / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of protein autoubiquitination / regulation of cell cycle G1/S phase transition / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / positive regulation of androgen receptor activity / transcription regulator inhibitor activity / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / midbrain development / cellular response to ATP / transcription factor TFIID complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity ...negative regulation of protein autoubiquitination / regulation of cell cycle G1/S phase transition / RNA polymerase I general transcription initiation factor activity / positive regulation of androgen receptor activity / transcription regulator inhibitor activity / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / midbrain development / cellular response to ATP / transcription factor TFIID complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / ubiquitin conjugating enzyme activity / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / MLL1 complex / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / histone acetyltransferase activity / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / histone acetyltransferase / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TBP-class protein binding / regulation of signal transduction by p53 class mediator / nuclear receptor binding / peptidyl-threonine phosphorylation / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / lysine-acetylated histone binding / mRNA transcription by RNA polymerase II / protein polyubiquitination / cellular response to UV / p53 binding / positive regulation of protein binding / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / kinase activity / peptidyl-serine phosphorylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / protein autophosphorylation / transcription by RNA polymerase II / non-specific serine/threonine protein kinase / protein stabilization / protein kinase activity / protein heterodimerization activity / protein phosphorylation / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
TAFII-230 TBP-binding / Transcription initiation factor TFIID subunit 1, animal / TAFII-230 TBP-binding domain superfamily / TATA box-binding protein binding / Zinc knuckle / Zinc knuckle / Transcription initiation factor TFIID subunit 1, histone acetyltransferase domain / Transcription initiation factor TFIID subunit 1 / Protein of unknown function (DUF3591) / Bromodomain, conserved site ...TAFII-230 TBP-binding / Transcription initiation factor TFIID subunit 1, animal / TAFII-230 TBP-binding domain superfamily / TATA box-binding protein binding / Zinc knuckle / Zinc knuckle / Transcription initiation factor TFIID subunit 1, histone acetyltransferase domain / Transcription initiation factor TFIID subunit 1 / Protein of unknown function (DUF3591) / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5LV / Transcription initiation factor TFIID subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Chung, C.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2021
タイトル: Optimization of Naphthyridones into Selective TATA-Binding Protein Associated Factor 1 (TAF1) Bromodomain Inhibitors.
著者: Clegg, M.A. / Theodoulou, N.H. / Bamborough, P. / Chung, C.W. / Craggs, P.D. / Demont, E.H. / Gordon, L.J. / Liwicki, G.M. / Phillipou, A. / Tomkinson, N.C.O. / Prinjha, R.K. / Humphreys, P.G.
履歴
登録2021年7月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform 2a of Transcription initiation factor TFIID subunit 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6983
ポリマ－15,8531
非ポリマー8452
水2,162120
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.651, 56.007, 58.308
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1912-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Isoform 2a of Transcription initiation factor TFIID subunit 1 / Cell cycle gene 1 protein / TBP-associated factor 250 kDa / p250 / Transcription initiation factor ...Cell cycle gene 1 protein / TBP-associated factor 250 kDa / p250 / Transcription initiation factor TFIID 250 kDa subunit / TAF(II)250 / TAFII-250 / TAFII250


分子量: 15852.786 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAF1, BA2R, CCG1, CCGS, TAF2A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P21675, histone acetyltransferase, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-5LV / 8-[[1-(3-azanylpropyl)piperidin-4-yl]amino]-5-[5-(hydroxymethyl)pyridin-3-yl]-3-methyl-1~{H}-1,7-naphthyridin-2-one / 8-((1-(3-aminopropyl)piperidin-4-yl)amino)-5-(5-(hydroxymethyl)pyridin-3-yl)-3-methyl-1,7-naphthyridin-2(1H)-one


分子量: 422.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H30N6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.3 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 30% w/v EDO_P8K, 0.1M Morpheus buffer 2 and 10% morpheus alcohols

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.17→56.01 Å / Num. obs: 9952 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 36.03 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.17→2.43 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.616 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 2763 / CC1/2: 0.945 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
BUSTER2.11.6精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3UV4

3uv4


解像度: 2.17→32.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9461 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9138 / SU R Cruickshank DPI: 0.223 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.25 / SU Rfree Blow DPI: 0.221 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.211
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2736 505 5.1 %RANDOM
Rwork0.2017 ---
obs0.2049 9911 99.89 %-
原子変位パラメータBiso max: 198.57 Å2 / Biso mean: 63.24 Å2 / Biso min: 15.39 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.42 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.17→32.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1080 0 62 120 1262
Biso mean--54.6 49.61 -
残基数----134
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d417SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes38HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes200HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1171HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion148SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1424SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d1171HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1595HARMONIC21.01
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.4
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.73
LS精密化 シェル解像度: 2.17→2.43 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2577 173 6.28 %
Rwork0.219 2583 -
all0.2213 2756 -
obs--99.89 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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