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万見
- PDB-7p2v: Crystal structure of Schistosoma mansoni HDAC8 in complex with a ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p2v
タイトルCrystal structure of Schistosoma mansoni HDAC8 in complex with a 4-chlorophenyl-spiroindoline capped hydroxamate-based inhibitor, bound to a novel site
要素Histone deacetylase 8
キーワードHYDROLASE / SmHDAC8 / novel binding-site / HDACi / histone-deacetilase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


histone deacetylase / histone deacetylase activity / heterochromatin formation / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / Ureohydrolase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4XI / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / L(+)-TARTARIC ACID / histone deacetylase
類似検索 - 構成要素
生物種Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Saccoccia, F. / Gemma, S. / Campiani, G. / Ruberti, G.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Crystal structures of Schistosoma mansoni histone deacetylase 8 reveal a novel binding site for allosteric inhibitors.
著者: Saccoccia, F. / Pozzetti, L. / Gimmelli, R. / Butini, S. / Guidi, A. / Papoff, G. / Giannaccari, M. / Brogi, S. / Scognamiglio, V. / Gemma, S. / Ruberti, G. / Campiani, G.
履歴
登録2021年7月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年9月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone deacetylase 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,7027
ポリマ－49,8341
非ポリマー8686
水1,76598
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area950 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area15840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.140, 71.140, 186.911
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Histone deacetylase 8


分子量: 49834.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)
遺伝子: HDAC8 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A5H660

-
非ポリマー , 6種, 104分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#5: 化合物 ChemComp-4XI / 5-[[(2S)-2-(4-chlorophenyl)-1'-methyl-spiro[2H-indole-3,4'-piperidine]-1-yl]methyl]-N-oxidanyl-thiophene-2-carboxamide


分子量: 468.011 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H26ClN3O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.02 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20-22% PEG 3350, 200mM sodium/potassium tartrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月4日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si111 with LN2 closed loop cooling
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→39.14 Å / Num. obs: 23731 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 24.9 % / Biso Wilson estimate: 37.57 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.449 / Rpim(I) all: 0.091 / Rrim(I) all: 0.458 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.25-2.3222.73.7044810421170.4260.7883.7881.2100
9-39.1419.20.09188584610.9990.020.09410.699.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4bz5

4bz5


解像度: 2.25→39.14 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.53 / 位相誤差: 28.4 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: Refinement has been run by including XYZ refinement both in reciprocal and real-space, group and individual B-factors, TLS, occupancies, and by optimizing X-ray to stereochemistry and ADP weights.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2515 2070 4.76 %
Rwork0.2117 41408 -
obs0.2136 23664 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 1.1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 107.26 Å2 / Biso mean: 45.015 Å2 / Biso min: 25.89 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→39.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3061 0 62 98 3221
Biso mean--55.64 44.38 -
残基数----385
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.25-2.30.39851350.353727742909
2.3-2.360.37611320.322627502882
2.36-2.420.36061520.308827462898
2.42-2.50.32811500.303227412891
2.5-2.580.3631350.284627642899
2.58-2.670.32611770.268927292906
2.67-2.770.30251380.248627422880
2.77-2.90.33211240.253427942918
2.9-3.050.25091340.232727732907
3.05-3.240.23931300.222827742904
3.24-3.490.2741390.20427332872
3.5-3.850.21411350.178127792914
3.85-4.40.2261260.153627842910
4.4-5.540.22291310.162527552886
5.55-39.140.15811320.185927702902
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -9.0857 Å / Origin y: 22.8215 Å / Origin z: 17.1362 Å
111213212223313233
T0.3412 Å2-0.0398 Å2-0.0034 Å2-0.1832 Å20.0135 Å2--0.2141 Å2
L2.009 °20.1969 °2-0.5399 °2-1.7636 °2-0.0202 °2--2.533 °2
S-0.1361 Å °0.0315 Å °0.0186 Å °-0.1762 Å °0.0371 Å °0.0065 Å °-0.0131 Å °0.2152 Å °0.0937 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA2 - 703
2X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 157

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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