プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 1.6→52.54 Å / Num. obs: 15685 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 2.8 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.023 / Net I/σ(I): 26.9
反射 シェル
解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.155 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Num. unique obs: 1773 / CC1/2: 0.629 / % possible all: 75
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
REFMAC
5.8.0258
精密化
XDS
データ削減
Aimless
データスケーリング
精密化
構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: in house structure 解像度: 1.602→29.725 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 1.557 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.083 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor
反射数
%反射
Rfree
0.179
772
4.969 %
Rwork
0.1548
14764
-
all
0.156
-
-
obs
-
15536
93.326 %
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータ
Biso mean: 20.415 Å2
Baniso -1
Baniso -2
Baniso -3
1-
0.111 Å2
-0 Å2
-0 Å2
2-
-
-0.384 Å2
0 Å2
3-
-
-
0.273 Å2
精密化ステップ
サイクル: LAST / 解像度: 1.602→29.725 Å
タンパク質
核酸
リガンド
溶媒
全体
原子数
910
0
35
179
1124
拘束条件
Refine-ID
タイプ
Dev ideal
Dev ideal target
数
X-RAY DIFFRACTION
r_bond_refined_d
0.003
0.013
997
X-RAY DIFFRACTION
r_bond_other_d
0.001
0.017
915
X-RAY DIFFRACTION
r_angle_refined_deg
1.166
1.645
1345
X-RAY DIFFRACTION
r_angle_other_deg
1.242
1.63
2125
X-RAY DIFFRACTION
r_dihedral_angle_1_deg
4.783
5
115
X-RAY DIFFRACTION
r_dihedral_angle_2_deg
31.297
22.037
54
X-RAY DIFFRACTION
r_dihedral_angle_3_deg
11.066
15
175
X-RAY DIFFRACTION
r_dihedral_angle_4_deg
19.377
15
6
X-RAY DIFFRACTION
r_chiral_restr
0.062
0.2
116
X-RAY DIFFRACTION
r_gen_planes_refined
0.004
0.02
1227
X-RAY DIFFRACTION
r_gen_planes_other
0.001
0.02
223
X-RAY DIFFRACTION
r_nbd_refined
0.194
0.2
206
X-RAY DIFFRACTION
r_symmetry_nbd_other
0.164
0.2
797
X-RAY DIFFRACTION
r_nbtor_refined
0.17
0.2
480
X-RAY DIFFRACTION
r_symmetry_nbtor_other
0.076
0.2
353
X-RAY DIFFRACTION
r_xyhbond_nbd_refined
0.122
0.2
134
X-RAY DIFFRACTION
r_symmetry_nbd_refined
0.114
0.2
8
X-RAY DIFFRACTION
r_nbd_other
0.123
0.2
49
X-RAY DIFFRACTION
r_symmetry_xyhbond_nbd_refined
0.139
0.2
28
X-RAY DIFFRACTION
r_mcbond_it
1.175
2.424
455
X-RAY DIFFRACTION
r_mcbond_other
1.174
2.424
456
X-RAY DIFFRACTION
r_mcangle_it
1.985
5.424
572
X-RAY DIFFRACTION
r_mcangle_other
1.983
5.425
573
X-RAY DIFFRACTION
r_scbond_it
1.884
2.796
542
X-RAY DIFFRACTION
r_scbond_other
1.883
2.803
543
X-RAY DIFFRACTION
r_scangle_it
3.169
6.063
773
X-RAY DIFFRACTION
r_scangle_other
3.167
6.073
774
X-RAY DIFFRACTION
r_lrange_it
5.779
24.093
1221
X-RAY DIFFRACTION
r_lrange_other
5.504
22.628
1164
LS精密化 シェル
Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20