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万見
- PDB-7oak: Crystal structure of pseudokinase CASK in complex with compound 26 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7oak
タイトルCrystal structure of pseudokinase CASK in complex with compound 26
要素Peripheral plasma membrane protein CASK
キーワードTRANSFERASE / pseudokinase / kinase / inhibitor / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cellular response to growth factor stimulus / GMP kinase activity / neurexin family protein binding / negative regulation of wound healing / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / regulation of neurotransmitter secretion / nuclear lamina / calcium ion import / Nephrin family interactions / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors ...negative regulation of cellular response to growth factor stimulus / GMP kinase activity / neurexin family protein binding / negative regulation of wound healing / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / regulation of neurotransmitter secretion / nuclear lamina / calcium ion import / Nephrin family interactions / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / Neurexins and neuroligins / ciliary membrane / Syndecan interactions / positive regulation of calcium ion import / regulation of synaptic vesicle exocytosis / basement membrane / negative regulation of cell-matrix adhesion / negative regulation of keratinocyte proliferation / establishment of localization in cell / Schaffer collateral - CA1 synapse / nuclear matrix / cell-cell junction / intracellular protein localization / actin cytoskeleton / presynaptic membrane / vesicle / basolateral plasma membrane / calmodulin binding / non-specific serine/threonine protein kinase / cell adhesion / signaling receptor binding / protein serine kinase activity / focal adhesion / protein serine/threonine kinase activity / nucleolus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CASK, SH3 domain / L27 domain, C-terminal / L27 domain / : / domain in receptor targeting proteins Lin-2 and Lin-7 / L27 domain / L27 domain profile. / L27 domain superfamily / Guanylate kinase, conserved site / Guanylate kinase-like signature. ...CASK, SH3 domain / L27 domain, C-terminal / L27 domain / : / domain in receptor targeting proteins Lin-2 and Lin-7 / L27 domain / L27 domain profile. / L27 domain superfamily / Guanylate kinase, conserved site / Guanylate kinase-like signature. / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain / Variant SH3 domain / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Protein kinase domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-V6B / Peripheral plasma membrane protein CASK
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.23 Å
データ登録者Chaikuad, A. / Russ, N. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Design and Development of a Chemical Probe for Pseudokinase Ca 2+ /calmodulin-Dependent Ser/Thr Kinase.
著者: Russ, N. / Schroder, M. / Berger, B.T. / Mandel, S. / Aydogan, Y. / Mauer, S. / Pohl, C. / Drewry, D.H. / Chaikuad, A. / Muller, S. / Knapp, S.
履歴
登録2021年4月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月3日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peripheral plasma membrane protein CASK
B: Peripheral plasma membrane protein CASK
C: Peripheral plasma membrane protein CASK
D: Peripheral plasma membrane protein CASK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,70528
ポリマ－158,0224
非ポリマー3,68324
水7,098394
1
A: Peripheral plasma membrane protein CASK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4267
ポリマ－39,5051
非ポリマー9216
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Peripheral plasma membrane protein CASK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4888
ポリマ－39,5051
非ポリマー9837
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Peripheral plasma membrane protein CASK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3646
ポリマ－39,5051
非ポリマー8595
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Peripheral plasma membrane protein CASK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4267
ポリマ－39,5051
非ポリマー9216
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.506, 67.147, 129.831
Angle α, β, γ (deg.)75.730, 89.960, 89.950
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 6 - 303 / Label seq-ID: 22 - 319

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Peripheral plasma membrane protein CASK / hCASK / Calcium/calmodulin-dependent serine protein kinase / Protein lin-2 homolog


分子量: 39505.445 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASK, LIN2 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CL21(DE3)-R3-pRARE2
参照: UniProt: O14936, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-V6B / 2-[[2,5-bis(bromanyl)-4-methyl-phenyl]methylamino]-4-(cyclopentylamino)-N-[3-(2-oxidanylidene-1,3-oxazolidin-3-yl)propyl]pyrimidine-5-carboxamide


分子量: 610.341 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H30Br2N6O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 394 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.21 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 12% high molecular weight PEG Smears, 0.1 M magnesium acetate, 0.1 M MES, pH 6.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.23→41.94 Å / Num. obs: 59635 / % possible obs: 92.3 % / 冗長度: 3 % / CC1/2: 0.983 / Rmerge(I) obs: 0.143 / Rpim(I) all: 0.104 / Rrim(I) all: 0.186 / Net I/av σ(I): 5.8 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.23-2.292.80.784246060.6730.581.01392.5
9.72-41.943.20.0817570.9910.0510.09698.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3C0I

3c0i


解像度: 2.23→41.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / SU B: 19.281 / SU ML: 0.235 / SU R Cruickshank DPI: 0.4097 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.41 / ESU R Free: 0.259 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2635 2933 4.9 %RANDOM
Rwork0.2225 ---
obs0.2246 56701 92.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 79.36 Å2 / Biso mean: 28.746 Å2 / Biso min: 7.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.17 Å20.65 Å20.33 Å2
2---3.05 Å2-0.6 Å2
3---2.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.23→41.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9512 0 220 394 10126
Biso mean--33.82 29.92 -
残基数----1192
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0139948
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0179468
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2541.63913388
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1331.59321888
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.70151188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.7520.769520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.677151728
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4481580
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.21208
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0211252
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022188
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A99830.03
12B99830.03
21A99250.03
22C99250.03
31A99410.03
32D99410.03
41B99210.03
42C99210.03
51B99430.03
52D99430.03
61C99950.01
62D99950.01
LS精密化 シェル解像度: 2.23→2.288 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 228 -
Rwork0.313 4137 -
all-4365 -
obs--92.26 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.88290.32710.2581.2535-0.21171.55180.0652-0.0845-0.04310.061-0.01920.00590.1413-0.0047-0.0460.08470.00950.01790.05090.04510.04495.642-5.429-16.687
20.8453-0.3027-0.24411.3126-0.23811.57290.05120.07750.0464-0.0738-0.0092-0.0002-0.1499-0.0067-0.04210.0898-0.0366-0.03110.04940.0440.041225.84-38.013-35.975
31.24620.3572-0.41231.61040.11941.71470.0652-0.11350.13220.06870.00150.0039-0.14440.0103-0.06670.0819-0.005-0.01480.05390.0190.044530.41-55.6546.282
41.251-0.2650.39071.39150.08851.65020.03990.1093-0.1218-0.06830.0041-0.00030.15180.0254-0.0440.0863-0.02380.00180.05540.01630.036210.194-22.95726.855
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 303
2X-RAY DIFFRACTION2B6 - 303
3X-RAY DIFFRACTION3C6 - 303
4X-RAY DIFFRACTION4D6 - 303

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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