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- PDB-7ni1: CRYSTAL STRUCTURE OF NATIVE HUMAN MYELOPEROXIDASE IN COMPLEX WITH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ni1
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF NATIVE HUMAN MYELOPEROXIDASE IN COMPLEX WITH CPD 9
要素(Myeloperoxidase) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / COMPLEX / INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


myeloperoxidase / hypochlorous acid biosynthetic process / Events associated with phagocytolytic activity of PMN cells / phagocytic vesicle lumen / response to gold nanoparticle / response to yeast / respiratory burst involved in defense response / low-density lipoprotein particle remodeling / response to food / azurophil granule ...myeloperoxidase / hypochlorous acid biosynthetic process / Events associated with phagocytolytic activity of PMN cells / phagocytic vesicle lumen / response to gold nanoparticle / response to yeast / respiratory burst involved in defense response / low-density lipoprotein particle remodeling / response to food / azurophil granule / defense response to fungus / response to mechanical stimulus / removal of superoxide radicals / secretory granule / hydrogen peroxide catabolic process / defense response / peroxidase activity / azurophil granule lumen / heparin binding / response to oxidative stress / response to lipopolysaccharide / lysosome / defense response to bacterium / intracellular membrane-bounded organelle / chromatin binding / heme binding / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Haem peroxidase, animal-type / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Animal haem peroxidase / Animal heme peroxidase superfamily profile. / Peroxidases proximal heme-ligand signature. / Haem peroxidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-mannopyranose / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-UEB / Myeloperoxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Sjogren, T. / Inghardt, T.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Discovery of AZD4831, a Mechanism-Based Irreversible Inhibitor of Myeloperoxidase, As a Potential Treatment for Heart Failure with Preserved Ejection Fraction.
著者: Inghardt, T. / Antonsson, T. / Ericsson, C. / Hovdal, D. / Johannesson, P. / Johansson, C. / Jurva, U. / Kajanus, J. / Kull, B. / Michaelsson, E. / Pettersen, A. / Sjogren, T. / Sorensen, H. ...著者: Inghardt, T. / Antonsson, T. / Ericsson, C. / Hovdal, D. / Johannesson, P. / Johansson, C. / Jurva, U. / Kajanus, J. / Kull, B. / Michaelsson, E. / Pettersen, A. / Sjogren, T. / Sorensen, H. / Westerlund, K. / Lindstedt, E.L.
履歴
登録2021年2月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22022年8月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.32022年9月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.42022年9月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.52024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myeloperoxidase
B: Myeloperoxidase
C: Myeloperoxidase
D: Myeloperoxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,73825
ポリマ－130,4174
非ポリマー5,32121
水11,584643
1
A: Myeloperoxidase
C: Myeloperoxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,88713
ポリマ－65,2092
非ポリマー2,67811
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15130 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area22770 Å2
手法PISA
2
B: Myeloperoxidase
D: Myeloperoxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,85112
ポリマ－65,2092
非ポリマー2,64310
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14940 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area22630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.220, 63.820, 111.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.24, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Myeloperoxidase / MPO


分子量: 11974.420 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 167-271 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / Cell: NEUTROPHILS / 細胞株: HL60 / 参照: UniProt: P05164, myeloperoxidase
#2: タンパク質 Myeloperoxidase / MPO


分子量: 53234.191 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 279-744 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / Cell: NEUTROPHILS / 細胞株: HL60 / 参照: UniProt: P05164, myeloperoxidase

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糖 , 3種, 8分子

#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 894.823 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-4/a4-b1_a6-e1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#9: 糖 ChemComp-BMA / beta-D-mannopyranose / beta-D-mannose / D-mannose / mannose / β-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 5種, 656分子

#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物 ChemComp-UEB / (S)-1-(2-(amino(phenyl)methyl)benzyl)-2-thioxo-1,2,3,5-tetrahydro-4H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-4-one / 1-[[2-[(~{R})-azanyl(phenyl)methyl]phenyl]methyl]-2-sulfanylidene-5~{H}-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-4-one


分子量: 362.448 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H18N4OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 643 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
配列の詳細RESIDUES 167 TO 270 RESIDUES 279 TO 744

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 18% PEG 3350, 100 MM NACL, PROTEIN BUFFER CONTAINED 50 MM AMMOIUM SULPHATE, 20 MM AMMONIUM ACETATE PH 5.5 AND 2 MM CACL
PH範囲: 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→48.8 Å / Num. obs: 73815 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 25.16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.17 / Rpim(I) all: 0.089 / Rrim(I) all: 0.2 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.552 / Mean I/σ(I) obs: 1.08 / Num. unique obs: 5070 / CC1/2: 0.91 / Rpim(I) all: 0.304 / Rrim(I) all: 0.663 / Χ2: 0.91 / % possible all: 92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
XDS1.1.7データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1CXP

1cxp


解像度: 2.11→46.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.875 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.84 / SU R Cruickshank DPI: 0.253 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.26 / SU Rfree Blow DPI: 0.201 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 3581 4.85 %RANDOM
Rwork0.217 ---
obs0.219 73796 97.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 24.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.0124 Å20 Å2-2.1384 Å2
2--3.9269 Å20 Å2
3---6.0855 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.11→46.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9095 0 359 643 10097
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.019720HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0413253HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3395SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1675HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it9720HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.25
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.19
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1259SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact11886SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.11→2.12 Å / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2647 -4.74 %
Rwork0.2473 1406 -
all0.2481 1476 -
obs--78.76 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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