+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ngg | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Mycobacterium tuberculosis transcriptional regulator EthR with bound inhibitory compound | ||||||
要素 | HTH-type transcriptional regulator EthR | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION / ETHR / Tuberculosis / Inhibition | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.17 Å | ||||||
データ登録者 | Tomlinson, C.W.E. / Tatum, N.J. / Pohl, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Systematic exploration of the hydrophobic capacity of the EthR binding site for lead compound optimization 著者: Tatum, N.J. / Tomlinson, C.W.E. / Frita, R. / Bennett, R. / Baulard, A.R. / Pohl, E. / Kitching, M.O. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ngg.cif.gz | 57.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7ngg.ent.gz | 40.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ngg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ngg_validation.pdf.gz | 712.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7ngg_full_validation.pdf.gz | 714.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7ngg_validation.xml.gz | 11.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ngg_validation.cif.gz | 17.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ng/7ngg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ng/7ngg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7ngdC 7ngiC 7ngjC 7ngkC 7ngmC 7ngnC 7ngoC 7ngrC 7ngsC 7ngtC 7nguC 7ngwC 7ngxC 7ngyC 5nioS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||||||||||||||
単位格子 |
| |||||||||||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23781.705 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: ethR, etaR, Rv3855 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WMC1 |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-U9W / ~{ |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.05 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Vapour diffusion |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.17→60.91 Å / Num. obs: 82902 / % possible obs: 96.87 % / 冗長度: 11.54 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 17.95 |
反射 シェル | 解像度: 1.17→1.19 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.02 / Num. unique obs: 3021 / CC1/2: 0.498 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5NIO 解像度: 1.17→60.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.04 / ESU R Free: 0.039 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 260.42 Å2 / Biso mean: 22.533 Å2 / Biso min: 9.94 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.17→60.91 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.17→1.2 Å / Total num. of bins used: 20
|