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- PDB-7ne2: Crystal structure of class I SFP aldolase YihT from Salmonella en... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ne2
タイトルCrystal structure of class I SFP aldolase YihT from Salmonella enterica with SFP/ DHAP (Schiff base complex with active site Lys193)
要素Sulfofructosephosphate aldolase
キーワードLYASE / sulfoglycolysis / SFP aldolase / class I / DHAP / sulfolactaldehyde / dihydroxyacetone phosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


sulfofructosephosphate aldolase / 6-deoxy-6-sulfofructose-1-phosphate aldolase activity / 6-sulfoquinovose(1-) catabolic process
類似検索 - 分子機能
Sulfofructosephosphate aldolase, YihT / DeoC/LacD family aldolase / DeoC/FbaB/LacD aldolase / DeoC/LacD family aldolase / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-U8W / Chem-U8Z / Sulfofructosephosphate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Sharma, M. / Davies, G.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Leverhulme TrustRPG-2017-190 英国
引用ジャーナル: Acs Cent.Sci. / 年: 2021
タイトル: Molecular Basis of Sulfosugar Selectivity in Sulfoglycolysis.
著者: Sharma, M. / Abayakoon, P. / Epa, R. / Jin, Y. / Lingford, J.P. / Shimada, T. / Nakano, M. / Mui, J.W. / Ishihama, A. / Goddard-Borger, E.D. / Davies, G.J. / Williams, S.J.
履歴
登録2021年2月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sulfofructosephosphate aldolase
B: Sulfofructosephosphate aldolase
C: Sulfofructosephosphate aldolase
D: Sulfofructosephosphate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,2988
ポリマ－136,3054
非ポリマー9934
水18,0151000
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5670 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area43130 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)48.774, 82.705, 85.203
Angle α, β, γ (deg.)65.590, 87.730, 78.210
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASNASNLYSLYSAA2 - 29022 - 310
21ASNASNLYSLYSBB2 - 29022 - 310
12ASNASNARGARGAA2 - 29122 - 311
22ASNASNARGARGCC2 - 29122 - 311
13ASNASNLYSLYSAA2 - 29022 - 310
23ASNASNLYSLYSDD2 - 29022 - 310
14ASNASNLYSLYSBB2 - 29022 - 310
24ASNASNLYSLYSCC2 - 29022 - 310
15METMETLYSLYSBB1 - 29021 - 310
25METMETLYSLYSDD1 - 29021 - 310
16ASNASNLYSLYSCC2 - 29022 - 310
26ASNASNLYSLYSDD2 - 29022 - 310

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Sulfofructosephosphate aldolase / SFP aldolase


分子量: 34076.262 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica (サルモネラ菌)
遺伝子: A0N81_18250, A3M31_18775, A6870_09715, A6898_11780, A7749_21790, A7F95_15550, AIO56_15225, AIY46_16340, AL463_07200, AUD13_20420, AWT52_20455, AWU43_13980, AXB23_12525, B1Q59_20525, B5654_ ...遺伝子: A0N81_18250, A3M31_18775, A6870_09715, A6898_11780, A7749_21790, A7F95_15550, AIO56_15225, AIY46_16340, AL463_07200, AUD13_20420, AWT52_20455, AWU43_13980, AXB23_12525, B1Q59_20525, B5654_18495, B9864_14245, BH399_15915, BM489_16210, BUX38_13710, BWB44_15835, BZG86_17325, BZG97_21310, C0X54_15110, CF411_19890, CGY76_15895, CIU94_12215, CJT17_15765, CKB50_07315, CKU74_14590, COP74_11865, COQ67_11805, CQW68_17310, CRH85_14725, CRQ37_15620, CRX97_18560, CS198_12645, CSK90_20940, CTB03_19360, D0C46_16695, D1239_15905, D3346_03620, D3P91_16440, D5403_16535, D5563_18085, D5K09_17370, D5K19_15290, D5S75_07410, D5T72_18210, D5U49_16110, D5U61_18460, D5U63_11355, D6093_17370, D6272_19205, D6518_20345, D6570_13930, D6969_14660, D6E28_04120, D6E86_17625, D6F20_16795, D6F49_14185, D6G02_17665, D6G26_10200, D6G47_17665, D6G76_19295, D6H24_18045, D6H57_18255, D6I51_13955, D6I58_08830, D6J18_10675, D6N21_14905, D6N55_08625, D6O25_17540, D6O30_15095, D6Y46_16705, D7B84_19925, D7B88_17660, D7C05_16595, D7C06_21680, D7C84_14020, D7C85_15860, D7D21_15750, D7D22_05990, D7D38_09665, D7D43_21660, D7E22_19080, D7E26_17595, D7E90_22935, D7F69_17605, D7G05_16290, D7G28_16865, D7G59_21240, D7J34_06690, D7L19_20755, D7M32_23435, D7T23_13960, D7U23_11360, D7U29_12545, D7V14_12170, D7V56_03055, D7W03_19080, D7W42_15665, D7W92_17045, D7X02_18505, D8I75_22320, D8I93_09135, D8N07_15105, D8N11_16775, D8N46_13960, D8N55_16780, D8O41_20680, D8P26_14535, D8P48_20440, D8P50_21965, D8P66_11165, D8T80_18610, D8U57_08880, D8V04_12990, D8V52_15680, D8W17_18845, D8W37_13540, D8X82_11100, D8X94_09915, D9788_20490, D9789_20795, D9813_16860, D9893_11870, D9904_16025, D9908_21180, D9A34_21035, D9A73_12625, D9B25_17115, D9B94_19645, D9B97_15535, D9N56_15950, D9N82_18885, D9R37_17245, D9R54_15605, DKH31_16885, DKT79_16205, DLG27_11245, DLG46_06205, DLG52_07510, DLG63_07605, DLG68_10135, DLO13_17295, DLO43_18780, DM517_15195, DM524_16185, DM771_11020, DO307_21625, DP889_19510, DPH90_12840, DPI33_15970, DQT99_17410, DS006_04045, DSC90_17425, DT233_14295, DTC77_09285, DTD68_12010, DTS56_10715, DV697_20955, DWE28_16300, DXG53_11555, DXJ54_22650, DXN62_09570, DXS05_10875, EA021_14685, EA079_18825, EA089_19020, EA474_08655, EA495_19590, EA530_18665, EA547_20545, EA580_19185, EA608_19155, EA613_20370, EA865_08835, EA919_10115, EAA74_11055, EAB27_13270, EAB35_16100, EAB61_09075, EAB95_19485, EAC03_16205, EAC50_16505, EAC62_17350, EAC94_18900, EAD37_15045, EAD40_09145, EAD57_13665, EAD76_19515, EAM93_17780, EAN15_16450, EAN28_13585, EAP40_16925, EAP69_20610, EAP86_19400, EAT69_18110, EAT75_16760, EAT82_14950, EAU16_09940, EAU32_20705, EAU35_15685, EAU46_12835, EAU53_10110, EAU58_12765, EAU70_20970, EAV62_11145, EAW74_11570, EAW95_17755, EAX13_03905, EAX14_14635, EAX36_11700, EAX53_13770, EBB31_16095, EBF85_18205, EBG44_16225, EBG45_13980, EBG75_07135, EBH58_15795, EBH87_22355, EBI58_18035, EE513_15450, EF325_19645, EF388_12305, EF393_20830, EF628_09690, EF991_17315, EFC63_19880, EFC67_20365, EFE59_16535, EFG85_09970, EFH54_15625, EFH94_15335, EFJ16_17715, EFY29_17600, EFZ26_04800, EFZ60_09705, EG093_16475, EG164_13955, EG208_16115, EG454_09425, EG623_11865, EG641_09825, EG692_19510, EG762_13995, EG767_06865, EG904_07125, EG952_08925, EG958_15370, EGA35_15790, EGA57_09435, EGC01_19260, EGC99_17865, EGD06_09555, EGD07_07640, EGD31_09160, EGD39_14760, EGI61_15585, EGS29_19525, EGY78_10120, EGZ16_20780, EGZ23_10235, EH065_16465, EH070_09515, EH342_16890, EH378_03350, EH386_15285, EH444_09295, EHA32_16515, EHA97_05130, EHG07_19400, EHG48_13385, EHG76_05255, EHN34_10355, EHN57_18120, EHN63_15685, EHN69_20070, EHN71_15015, EHN74_20955, EHN75_15295, EHO38_16865, EHT01_15035, EHT24_15825, EHU01_19845, EHU13_18495, EHZ75_17125, EI217_12345, EID62_19165, EIM38_09355, EIN80_15985, EIP55_14465, EIQ89_18750, EIR18_16870, EIR57_14645, EIR68_20810, EIR69_10290, EIR74_09395, EIR86_11165, EIS08_13390, EIS13_04610, EIU76_04060, EIU90_06585, EIV01_12260, EIW14_04360, EIW18_14780, F0673_17300, F0Y85_06995, F1H08_17590, F2162_17330, F2262_17185, F2D15_19045, F3368_19600, F3E97_16225, F3Z27_11460, F6G43_17665, F6H70_17780, F7365_11585, F7450_19930, F7M71_12365, F8658_14000, FE26_19770, FJR52_18110, FLX20_17775, FQR50_10080, FR099_15765, FRH21_16835, FRK18_12280, FY665_16255, FZ154_17610, FZ547_18070, GB762_17280, GC435_07645, GC879_16555, GCA81_13885, GCH85_20920, GCR52_14595, IX01_17020, R929_17375
プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0W4SFQ6, sulfofructosephosphate aldolase
#2: 化合物 ChemComp-U8W / (2~{S},3~{S},4~{R})-2,3,4,5-tetrakis(oxidanyl)-6-phosphonooxy-hexane-1-sulfonic acid


分子量: 326.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15O11PS
#3: 化合物 ChemComp-U8Z / [(~{E})-2,3-bis(oxidanyl)prop-1-enyl] dihydrogen phosphate


分子量: 170.058 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7O6P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1000 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 30% Jeffamine M-600 v/v pH 7 and 0.1 M HEPES buffer pH 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→42.5 Å / Num. obs: 183409 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.5-1.533.70.8683343889270.750.5211.0141.594.5
8.22-42.453.60.022400011060.9970.0140.02747.196.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
xia2データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7AG7

7ag7


解像度: 1.5→42.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 1.662 / SU ML: 0.058 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.071 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1941 9047 4.9 %RANDOM
Rwork0.1686 ---
obs0.1698 174345 96.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 77.77 Å2 / Biso mean: 24.034 Å2 / Biso min: 13.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.06 Å2-1.02 Å20.66 Å2
2---1.16 Å20.33 Å2
3----0.68 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→42.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8753 0 54 1000 9807
Biso mean--23.44 35.05 -
残基数----1163
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0139019
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0178771
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.711.63812243
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5421.58520147
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.48251191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.65222.104442
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.414151546
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9721568
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.21195
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0210314
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021990
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A90170.08
12B90170.08
21A92210.07
22C92210.07
31A90370.09
32D90370.09
41B91090.08
42C91090.08
51B92810.06
52D92810.06
61C90350.08
62D90350.08
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 683 -
Rwork0.293 12580 -
all-13263 -
obs--94.55 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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