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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7nbq | ||||||
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タイトル | Co-crystal structure of Human Nicotinamide N-methyltransferase (NNMT) with the tricyclic inhibitor (4) | ||||||
要素 | Nicotinamide N-methyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Methyl Transferase / drug discovery / Inhibitor complex / Nicotinamide / metabolic disorders | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pyridine N-methyltransferase activity / nicotinamide N-methyltransferase / nicotinamide metabolic process / nicotinamide N-methyltransferase activity / Metabolism of ingested SeMet, Sec, MeSec into H2Se / positive regulation of protein deacetylation / NAD biosynthesis via nicotinamide riboside salvage pathway / Methylation / Nicotinamide salvaging / animal organ regeneration ...pyridine N-methyltransferase activity / nicotinamide N-methyltransferase / nicotinamide metabolic process / nicotinamide N-methyltransferase activity / Metabolism of ingested SeMet, Sec, MeSec into H2Se / positive regulation of protein deacetylation / NAD biosynthesis via nicotinamide riboside salvage pathway / Methylation / Nicotinamide salvaging / animal organ regeneration / positive regulation of gluconeogenesis / : / methylation / response to xenobiotic stimulus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.479 Å | ||||||
データ登録者 | Schreuder, H.A. / Liesum, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Molecules / 年: 2021 タイトル: Novel Inhibitors of Nicotinamide- N -Methyltransferase for the Treatment of Metabolic Disorders. 著者: Kannt, A. / Rajagopal, S. / Hallur, M.S. / Swamy, I. / Kristam, R. / Dhakshinamoorthy, S. / Czech, J. / Zech, G. / Schreuder, H. / Ruf, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7nbq.cif.gz | 226.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7nbq.ent.gz | 178.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7nbq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7nbq_validation.pdf.gz | 2.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7nbq_full_validation.pdf.gz | 2.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7nbq_validation.xml.gz | 42.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7nbq_validation.cif.gz | 60.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nb/7nbq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nb/7nbq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31466.033 Da / 分子数: 4 / 変異: K100A, E101A, E103A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NNMT / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): DE / 参照: UniProt: P40261, nicotinamide N-methyltransferase #2: 化合物 | ChemComp-SAH / #3: 化合物 | ChemComp-U72 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.46 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: Human NNMT was crystallized using the following conditions: A protein solution with 6 mg/ml NNMT, 50 mM Tris/HCL, pH 8.0, 1 mM DTT, 86uM S-Adenosyl-L-Homocysteine (SAH), 0.95mM inhibitor and ...詳細: Human NNMT was crystallized using the following conditions: A protein solution with 6 mg/ml NNMT, 50 mM Tris/HCL, pH 8.0, 1 mM DTT, 86uM S-Adenosyl-L-Homocysteine (SAH), 0.95mM inhibitor and 5% v/v glycerol was equilibrated at room temperature in a hanging drop setup against 2.2 M ammonium sulfate with 0.1 M HEPES/Na, pH 7.6. Small crystal appeared after 1-2 weeks. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00002 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.00002 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.479→106.54 Å / Num. obs: 38089 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 1.8 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.072 / Rrim(I) all: 0.101 / Net I/σ(I): 7.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.48→3.04 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.228 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 17221 / CC1/2: 0.896 / Rpim(I) all: 0.227 / Rrim(I) all: 0.322 / % possible all: 97.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7BKG 解像度: 2.479→106.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.851 / SU R Cruickshank DPI: 0.802 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.788 / SU Rfree Blow DPI: 0.318 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.324
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原子変位パラメータ | Biso mean: 34.08 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.479→106.54 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.48→2.5 Å
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