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万見
- PDB-7nmb: cytoplasmic domain of Vibrio cholerae ToxR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nmb
タイトルcytoplasmic domain of Vibrio cholerae ToxR
要素Cholera toxin transcriptional activator
キーワードTRANSCRIPTION / DNA binding domain wHTH transcription factor
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay signal transduction system / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cholera toxin transcriptional activator
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Gubensaek, N. / Zangger, K. / Hartlmueller, C. / Madl, T.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
Austrian Science FundW9 DK オーストリア
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structural and DNA-binding properties of the cytoplasmic domain of Vibrio cholerae transcription factor ToxR.
著者: Gubensak, N. / Schrank, E. / Hartlmuller, C. / Gobl, C. / Falsone, F.S. / Becker, W. / Wagner, G.E. / Pulido, S. / Meyer, N.H. / Pavkov-Keller, T. / Madl, T. / Reidl, J. / Zangger, K.
履歴
登録2021年2月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cholera toxin transcriptional activator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6421
ポリマ－16,6421
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7310 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)5 / 100000back calculated data agree with experimental NOESY spectrum
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Cholera toxin transcriptional activator


分子量: 16641.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: toxR, ERS013165_01791 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A655QCS4

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC
131isotropic13D HNCA
141isotropic13D HNCO
151isotropic13D HN(CO)CA
161isotropic13D (H)CCH-TOCSY
191isotropic13D HN(CA)CB
181isotropic13D HN(CA)CO
171isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
1111isotropic13D 1H-15N NOESY
1101isotropic13D 1H-13C NOESY
1131isotropic1H(CCO)NH
1121isotropic1H(CCO)NH

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試料調製

詳細タイプ: solution / 内容: 400 uM [U-13C; U-15N] cToxR_1-134, 90% H2O/10% D2O / Label: 13C_15N_cToxR / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 400 uM / 構成要素: cToxR_1-134 / Isotopic labeling: [U-13C; U-15N]
試料状態イオン強度: 100 mM / Label: conditions_1 / pH: 6.5 / 圧: 1 bar / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
CS-ROSETTAShen, Vernon, Baker and Baxstructure calculation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 3
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: back calculated data agree with experimental NOESY spectrum
計算したコンフォーマーの数: 100000 / 登録したコンフォーマーの数: 5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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