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- PDB-7mlm: Crystal structure of mouse TLR4/MD-2 in complex with sulfatides -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mlm
タイトルCrystal structure of mouse TLR4/MD-2 in complex with sulfatides
要素
  • Lymphocyte antigen 96
  • Toll-like receptor 4,Variable lymphocyte receptor B
キーワードIMMUNE SYSTEM / Innate immunity / endogenous ligands / Toll-like receptors
機能・相同性
機能・相同性情報


MyD88-independent TLR4 cascade / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / Heme signaling / nitric oxide production involved in inflammatory response / Regulation of TLR by endogenous ligand / growth plate cartilage morphogenesis / TRIF-mediated programmed cell death / positive regulation of cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex ...MyD88-independent TLR4 cascade / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / Heme signaling / nitric oxide production involved in inflammatory response / Regulation of TLR by endogenous ligand / growth plate cartilage morphogenesis / TRIF-mediated programmed cell death / positive regulation of cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / NK T cell activation / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / lipopolysaccharide immune receptor activity / positive regulation of nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / positive regulation of matrix metallopeptidase secretion / Toll-like receptor 4 binding / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / mast cell activation / detection of lipopolysaccharide / regulation of dendritic cell cytokine production / innate immune response-activating signaling pathway / lipopolysaccharide receptor complex / positive regulation of lymphocyte proliferation / negative regulation of interleukin-23 production / cellular response to oxidised low-density lipoprotein particle stimulus / wound healing involved in inflammatory response / regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / B cell proliferation involved in immune response / positive regulation of nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / leukotriene metabolic process / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / intestinal epithelial structure maintenance / positive regulation of interleukin-1 production / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / response to fatty acid / positive regulation of interleukin-13 production / macrophage activation / astrocyte development / microglia differentiation / regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of MHC class II biosynthetic process / positive regulation of platelet activation / signal transduction involved in regulation of gene expression / negative regulation of interleukin-17 production / positive regulation of macrophage activation / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / bone morphogenesis / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / negative regulation of cold-induced thermogenesis / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of macrophage cytokine production / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / toll-like receptor 4 signaling pathway / positive regulation of smooth muscle cell migration / toll-like receptor signaling pathway / cellular response to lipoteichoic acid / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / negative regulation of type II interferon production / negative regulation of interleukin-6 production / positive regulation of interferon-alpha production / positive regulation of interleukin-10 production / negative regulation of tumor necrosis factor production / phagocytosis / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / phosphatidylinositol 3-kinase binding / phagocytic cup / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of chemokine production / ERK1 and ERK2 cascade / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / ruffle / positive regulation of interleukin-12 production / canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / activation of innate immune response / neurogenesis / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / positive regulation of interferon-beta production / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / : / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of interleukin-8 production / response to bacterium / lipopolysaccharide binding / cellular response to mechanical stimulus / microglial cell activation / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of JNK cascade / positive regulation of interleukin-6 production / cellular response to type II interferon / positive regulation of type II interferon production / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / positive regulation of tumor necrosis factor production
類似検索 - 分子機能
Lymphocyte antigen 96 / Variable lymphocyte receptor, C-terminal / : / MD-2-related lipid-recognition domain / Domain involved in innate immunity and lipid metabolism. / Toll-like receptor / : / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain ...Lymphocyte antigen 96 / Variable lymphocyte receptor, C-terminal / : / MD-2-related lipid-recognition domain / Domain involved in innate immunity and lipid metabolism. / Toll-like receptor / : / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / TIR domain / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Immunoglobulin E-set
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ZKM / Variable lymphocyte receptor B / Lymphocyte antigen 96 / Toll-like receptor 4
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Eptatretus burgeri (ヌタウナギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.104 Å
データ登録者Su, L. / Beutler, B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Sulfatides are endogenous ligands for the TLR4-MD-2 complex.
著者: Su, L. / Athamna, M. / Wang, Y. / Wang, J. / Freudenberg, M. / Yue, T. / Wang, J. / Moresco, E.M.Y. / He, H. / Zor, T. / Beutler, B.
履歴
登録2021年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toll-like receptor 4,Variable lymphocyte receptor B
C: Lymphocyte antigen 96
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,23111
ポリマ－92,9542
非ポリマー4,2779
水4,720262
1
A: Toll-like receptor 4,Variable lymphocyte receptor B
C: Lymphocyte antigen 96
ヘテロ分子

A: Toll-like receptor 4,Variable lymphocyte receptor B
C: Lymphocyte antigen 96
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)194,46322
ポリマ－185,9084
非ポリマー8,55418
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area17870 Å2
ΔGint11 kcal/mol
Surface area59030 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6590 Å2
ΔGint15 kcal/mol
Surface area31860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.094, 164.293, 89.296
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AC

#1: タンパク質 Toll-like receptor 4,Variable lymphocyte receptor B


分子量: 71649.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Eptatretus burgeri (ヌタウナギ)
遺伝子: Tlr4, Lps, VLRB / 細胞株 (発現宿主): High Five (BTI-Tn-5B1-4) / 発現宿主: Trichoplusia ni
参照: UniProt: Q9QUK6, UniProt: Q4G1L2, ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase
#2: タンパク質 Lymphocyte antigen 96 / Ly-96 / ESOP-1 / Protein MD-2


分子量: 21304.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ly96, Esop1, Md2 / 細胞株 (発現宿主): High Five (BTI-Tn-5B1-4) / 発現宿主: Trichoplusia ni / 参照: UniProt: Q9JHF9

-
糖 , 3種, 6分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 627.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1-1/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 265分子

#6: 化合物 ChemComp-ZKM / N-[(1S,2R,3E)-2-hydroxy-1-{[(3-O-sulfo-beta-D-galactopyranosyl)oxy]methyl}heptadec-3-en-1-yl]-hexadecanamide / N-パルミトイルスルファチド


分子量: 780.104 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H77NO11S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.03 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Tris pH8.0, 0.8 M sodium formate, 8% PEG 8000, 8% PEG 1000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97951 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97951 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 58410 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 11.9 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.105 / Χ2: 0.953 / Net I/σ(I): 6.3 / Num. measured all: 697266
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.1-2.146.91.13419990.670.3981.2090.94964.8
2.14-2.1871.03622560.6980.3581.1030.95173.8
2.18-2.227.50.99125050.7320.3391.0540.95582.4
2.22-2.268.10.97427320.7880.3251.0320.96189
2.26-2.319.30.99427710.8130.3211.0490.95489.8
2.31-2.3710.60.98930160.8970.3091.0390.95498.3
2.37-2.4212.10.92230580.9210.2730.9630.93499
2.42-2.49130.78730500.9550.2250.8190.94699.1
2.49-2.5613.40.66130520.9660.1870.6880.96299.1
2.56-2.6513.30.53230350.9780.150.5530.97699.2
2.65-2.74130.42630640.9760.1220.4430.95999.4
2.74-2.8512.50.29229530.9860.0840.3040.98996.1
2.85-2.9813.90.25131050.9910.0690.2610.96999.5
2.98-3.1413.80.1830820.9940.050.1870.99499.7
3.14-3.3313.60.12730850.9960.0360.1320.99299.6
3.33-3.59130.0931000.9960.0260.0941.00499.6
3.59-3.9513.50.0730410.9980.020.0731.04597.3
3.95-4.5213.80.06131450.9980.0170.0640.9999.9
4.52-5.712.90.05530940.9980.0160.0570.87697.9
5.7-50130.04232670.9980.0120.0440.69998.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IJC

5ijc


解像度: 2.104→46.396 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2438 2000 4.28 %
Rwork0.2097 44679 -
obs0.2112 46679 75.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 153.72 Å2 / Biso mean: 37.5477 Å2 / Biso min: 13.34 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.104→46.396 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5806 0 285 262 6353
Biso mean--76.03 37.4 -
残基数----726
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.104-2.15620.3793430.240397423
2.1562-2.21450.2697550.2364121929
2.2145-2.27960.2764660.2454146635
2.2796-2.35320.3046810.2497181343
2.3532-2.43730.28381080.2536241557
2.4373-2.53490.26111450.2497323377
2.5349-2.65020.30741770.2491394193
2.6502-2.78990.25181840.245414297
2.7899-2.96470.30861860.2414415098
2.9647-3.19360.26121890.22434222100
3.1936-3.51490.25911900.21374224100
3.5149-4.02320.20681880.1694421098
4.0232-5.06780.18091920.16124302100
5.0678-46.3960.23491960.2145436898
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.90340.0027-1.47260.0628-0.07482.48240.08760.00450.19460.0123-0.0021-0.3738-0.1150.6806-0.05820.2034-0.01220.10450.5249-0.09590.642245.31747.57312.06
20.73320.00020.23671.13050.32941.08630.04140.23570.1193-0.0836-0.0720.1056-0.1074-0.04690.01950.15990.03810.10890.2153-0.03060.210917.89946.7658.321
30.8566-0.38450.01710.99340.33220.767-0.12590.0607-0.1890.1461-0.12290.510.5188-0.46720.16260.3794-0.06790.09590.3692-0.14110.35117.72919.6552.163
40.3459-0.2932-0.12190.64580.33170.7694-0.45230.1689-0.13030.41270.1330.17430.4338-0.40860.02190.52630.01040.12790.1047-0.26050.0523.1169.087-10.397
52.263-0.72920.70512.22720.54562.6829-0.2274-0.0204-0.1440.30710.0235-0.23880.2875-0.05750.11940.315-0.01180.04210.1341-0.04670.201537.1573.69-15.402
60.9133-0.0105-0.15190.1768-0.18490.6235-0.2872-0.019-0.04140.2113-0.007-0.51490.04720.18460.08560.31960.0197-0.14080.14420.03030.428152.5349.819-14.764
70.3207-0.2235-0.07620.4426-0.27490.4282-0.1936-0.08650.1690.2053-0.0145-0.4679-0.1390.2799-0.04440.3753-0.174-0.77060.2207-0.08210.891167.60718.781-7.967
80.78641.178-0.29372.8154-0.35750.13350.0223-0.1871-0.080.24510.1015-0.20120.20670.1632-0.11560.77150.0808-0.21370.271-0.21970.302335.07922.73831.554
96.71150.26620.79561.87463.13755.6376-0.1542-0.2881-0.3120.54670.10520.55470.1696-0.21940.02250.44150.01250.06090.1921-0.03370.29724.4616.03431.203
100.6929-0.0502-0.19491.9883-0.35691.1680.15730.0054-0.030.37610.0627-0.05460.12660.0141-0.11260.26460.0291-0.010.1727-0.06130.213929.91224.26220.001
111.2727-1.41650.11492.8483-1.17410.87410.1520.02380.04530.2959-0.0585-0.13690.16180.09-0.07990.26560.0563-0.05750.2299-0.09240.291531.4517.64714.22
120.7703-0.4752-0.2882.9302-1.04790.82370.17560.06030.08130.39610.0478-0.24020.2590.1399-0.03950.35010.0031-0.08520.2045-0.10230.226829.37821.41320.784
131.6095-0.29410.97362.21121.2681.55420.2032-0.13350.01560.37950.0083-0.06390.06740.1213-0.02820.34410.0062-0.15590.234-0.15920.306436.29119.58426.359
140.0008-0.00770.00130.0040.0019-0.00060.04650.0694-0.0095-0.08020.08220.06760.0472-0.08290.00010.51760.0244-0.05740.49730.02740.509625.24212.27817.039
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 27:59 )A27 - 59
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 60:260 )A60 - 260
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 261:346 )A261 - 346
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 347:433 )A347 - 433
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 434:466 )A434 - 466
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 467:563 )A467 - 563
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 564:618 )A564 - 618
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN C AND RESID 21:44 )C21 - 44
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN C AND RESID 45:55 )C45 - 55
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN C AND RESID 56:82 )C56 - 82
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN C AND RESID 83:102 )C83 - 102
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN C AND RESID 103:143 )C103 - 143
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN C AND RESID 144:156 )C144 - 156
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN A AND RESID 703:704 ) OR ( CHAIN C AND RESID 203:203 )A703 - 704
15X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN A AND RESID 703:704 ) OR ( CHAIN C AND RESID 203:203 )C203

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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