PDB-7lx8: T4 lysozyme mutant L99A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7lx8

タイトル

T4 lysozyme mutant L99A

要素

Lysozyme

キーワード

PROTEIN BINDING / mutant / lysozyme / small molecule / L99A / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacteria phage T4 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.03 Å

データ登録者

Kamenik, A.S. / Singh, I. / Lak, P. / Balius, T.E. / Liedl, K.R. / Shoichet, B.K.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Energy penalties enhance flexible receptor docking in a model cavity.
著者: Kamenik, A.S. / Singh, I. / Lak, P. / Balius, T.E. / Liedl, K.R. / Shoichet, B.K.

履歴

登録	2021年3月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年5月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7lx8.cif.gz	51.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7lx8.ent.gz	33.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7lx8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7lx8_validation.pdf.gz	705.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7lx8_full_validation.pdf.gz	705.3 KB	表示
XML形式データ	7lx8_validation.xml.gz	9.2 KB	表示
CIF形式データ	7lx8_validation.cif.gz	12.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/7lx8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/7lx8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7loaC 7lobC 7locC 7lodC 7loeC 7lofC 7logC 7lojC 7lx6C 7lx7C 7lx9C 7lxaC 4w57S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	220l-d 222l-d 227l-d 2rbp-d 1g0m-d 1qth-1 3ht9-d 1l0j-d 5jwt-d 2rbq-d 210l-d 2rb1-d 1c6i-d 1pqm-d 1c64-d 4w59-d 2ray-d 1c69-d 1qt3-d 219l-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (6) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (4) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (5) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (5) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Lysozyme

ヘテロ分子

20 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.289, 60.289, 96.328
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Lysozyme / Lysis protein / Endolysin / Muramidase 分子量: 19691.541 Da / 分子数: 1 / 変異: L99A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 遺伝子: e, T4Tp126 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: D9IEF7, lysozyme
#2: 化合物	ChemComp-YGV / 1-chloro-2-(methylsulfanyl)benzene / メチル(2-クロロフェニル)スルフィド分子量: 158.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₇ClS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.07 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: Isopropanol, PEG 4000, Tris-Cl pH 8.0, Beta-mercaptoethanol, 2-hyrdoxyethyl disulfide

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.9537 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月24日

放射

モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9537 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.03→48.16 Å / Num. obs: 99343 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 17.4 % / B_iso Wilson estimate: 14.2 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.048 / R_pim(I) all: 0.011 / R_rim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 21.5 / Num. measured all: 1733212 / Scaling rejects: 5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.03-1.05	7.9	2.634	33145	4185	0.355	0.974	2.817	0.7	86.7
5.64-48.16	18.5	0.028	13315	721	1	0.006	0.028	74.7	99.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless	0.5.32	データスケーリング
MOLREP		位相決定
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4W57

4w57

解像度: 1.03→45.903 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.44 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2122	5034	5.07 %
R_work	0.2063	94205	-
obs	0.2066	99239	98.71 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 38.36 Å² / B_iso mean: 17.1019 Å² / B_iso min: 10.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.03→45.903 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1274	0	17	116	1407
B_iso mean	-	-	18.7	24.11	-
残基数	-	-	-	-	162

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	1333
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.756	1796
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	196
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	230
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	2.57	805

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.03-1.0417	0.3741	150	0.3698	2629	84
1.0417-1.054	0.3587	142	0.3526	2782	89
1.054-1.0668	0.2948	153	0.3262	2901	93
1.0668-1.0803	0.306	183	0.2984	3043	97
1.0803-1.0946	0.2759	182	0.2819	3115	99
1.0946-1.1095	0.2548	155	0.2602	3141	100
1.1095-1.1254	0.2428	203	0.2466	3102	100
1.1254-1.1422	0.2271	185	0.2296	3166	100
1.1422-1.16	0.2245	176	0.2233	3160	100
1.16-1.1791	0.248	188	0.221	3096	100
1.1791-1.1994	0.234	176	0.2131	3140	100
1.1994-1.2212	0.21	158	0.2131	3147	100
1.2212-1.2447	0.2037	167	0.2134	3205	100
1.2447-1.2701	0.2211	176	0.209	3123	100
1.2701-1.2977	0.1936	173	0.2024	3142	100
1.2977-1.3279	0.1896	169	0.2071	3187	100
1.3279-1.3611	0.2368	181	0.2035	3152	100
1.3611-1.3979	0.1851	159	0.2051	3193	100
1.3979-1.4391	0.1988	159	0.2048	3177	100
1.4391-1.4855	0.218	161	0.2017	3164	100
1.4855-1.5386	0.2024	161	0.1921	3200	100
1.5386-1.6002	0.1972	165	0.1922	3199	100
1.6002-1.6731	0.2107	178	0.1962	3185	100
1.6731-1.7613	0.2006	174	0.1992	3169	100
1.7613-1.8716	0.2277	173	0.196	3211	100
1.8716-2.0161	0.1886	124	0.2032	3264	100
2.0161-2.219	0.2293	136	0.1963	3269	100
2.219-2.5401	0.2095	171	0.203	3233	100
2.5401-3.2001	0.249	181	0.2151	3277	100
3.2001-45.903	0.1794	175	0.1983	3433	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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