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- PDB-7lps: Crystal structure of DDB1-CRBN-ALV1 complex bound to Helios (IKZF... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lps
タイトルCrystal structure of DDB1-CRBN-ALV1 complex bound to Helios (IKZF2 ZF2)
要素
  • DNA damage-binding protein 1
  • Protein cereblon
  • Zinc finger protein Helios
キーワードLIGASE / CRBN / DDB1 / IKZF2 / ALV / Degradation / E3 ligase
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / spindle assembly involved in female meiosis / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / UV-damage excision repair / biological process involved in interaction with symbiont / regulation of mitotic cell cycle phase transition / WD40-repeat domain binding / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex ...negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / spindle assembly involved in female meiosis / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / UV-damage excision repair / biological process involved in interaction with symbiont / regulation of mitotic cell cycle phase transition / WD40-repeat domain binding / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin ligase complex scaffold activity / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / locomotory exploration behavior / cullin family protein binding / viral release from host cell / positive regulation of Wnt signaling pathway / ectopic germ cell programmed cell death / negative regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of viral genome replication / proteasomal protein catabolic process / positive regulation of gluconeogenesis / nucleotide-excision repair / positive regulation of protein-containing complex assembly / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / regulation of circadian rhythm / DNA Damage Recognition in GG-NER / Dual Incision in GG-NER / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Formation of Incision Complex in GG-NER / Wnt signaling pathway / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / positive regulation of protein catabolic process / cellular response to UV / rhythmic process / site of double-strand break / Neddylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / Potential therapeutics for SARS / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / damaged DNA binding / transmembrane transporter binding / chromosome, telomeric region / protein ubiquitination / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA repair / apoptotic process / DNA damage response / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / protein-containing complex binding / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / extracellular space / DNA binding / extracellular exosome / zinc ion binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Yippee/Mis18/Cereblon / Yippee zinc-binding/DNA-binding /Mis18, centromere assembly / CULT domain / CULT domain profile. / Lon N-terminal domain profile. / Lon protease, N-terminal domain / Lon protease, N-terminal domain superfamily / ATP-dependent protease La (LON) substrate-binding domain / Found in ATP-dependent protease La (LON) ...: / Yippee/Mis18/Cereblon / Yippee zinc-binding/DNA-binding /Mis18, centromere assembly / CULT domain / CULT domain profile. / Lon N-terminal domain profile. / Lon protease, N-terminal domain / Lon protease, N-terminal domain superfamily / ATP-dependent protease La (LON) substrate-binding domain / Found in ATP-dependent protease La (LON) / RSE1/DDB1/CPSF1 second beta-propeller / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / : / CPSF A subunit region / RSE1/DDB1/CPSF1 first beta-propeller / PUA-like superfamily / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / Zinc finger C2H2-type / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-RN9 / DNA damage-binding protein 1 / Protein cereblon / Zinc finger protein Helios
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.78 Å
データ登録者Nowak, R.P. / Fischer, E.S.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA214608 米国
Damon Runyon Cancer Research FoundationDRR-50-18 米国
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2021
タイトル: Acute pharmacological degradation of Helios destabilizes regulatory T cells.
著者: Wang, E.S. / Verano, A.L. / Nowak, R.P. / Yuan, J.C. / Donovan, K.A. / Eleuteri, N.A. / Yue, H. / Ngo, K.H. / Lizotte, P.H. / Gokhale, P.C. / Gray, N.S. / Fischer, E.S.
履歴
登録2021年2月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月9日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA damage-binding protein 1
B: Protein cereblon
C: Zinc finger protein Helios
D: DNA damage-binding protein 1
E: Protein cereblon
F: Zinc finger protein Helios
G: DNA damage-binding protein 1
H: Protein cereblon
I: Zinc finger protein Helios
J: DNA damage-binding protein 1
K: Protein cereblon
L: Zinc finger protein Helios
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)703,33724
ポリマ－700,83412
非ポリマー2,50312
水00
1
A: DNA damage-binding protein 1
B: Protein cereblon
C: Zinc finger protein Helios
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: fluorescence resonance energy transfer, TR-FRET dimerization assay performed between CRBN-DDB1 and IKZF2 ZnF2 by titrating in ALV1. Dose dependent increase of signal indicating complex ...根拠: fluorescence resonance energy transfer, TR-FRET dimerization assay performed between CRBN-DDB1 and IKZF2 ZnF2 by titrating in ALV1. Dose dependent increase of signal indicating complex formation was observed., gel filtration, Size exclusion chromatography of CRBN-DDB1 indicated monomeric form of the CRBN-DDB1 protein., gel filtration, Size exclusion chromatography of IKZF2 ZnF2 indicated monomeric form of the IKZF2 ZnF2 protein.
  • 176 kDa, 3 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,8346
ポリマ－175,2093
非ポリマー6263
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: DNA damage-binding protein 1
E: Protein cereblon
F: Zinc finger protein Helios
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,8346
ポリマ－175,2093
非ポリマー6263
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
G: DNA damage-binding protein 1
H: Protein cereblon
I: Zinc finger protein Helios
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,8346
ポリマ－175,2093
非ポリマー6263
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
J: DNA damage-binding protein 1
K: Protein cereblon
L: Zinc finger protein Helios
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,8346
ポリマ－175,2093
非ポリマー6263
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)151.800, 117.292, 196.713
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.30, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
DNA damage-binding protein 1 / DDB p127 subunit / DNA damage-binding protein a / DDBa / Damage-specific DNA-binding protein 1 / ...DDB p127 subunit / DNA damage-binding protein a / DDBa / Damage-specific DNA-binding protein 1 / HBV X-associated protein 1 / XAP-1 / UV-damaged DNA-binding factor / UV-damaged DNA-binding protein 1 / UV-DDB 1 / XPE-binding factor / XPE-BF / Xeroderma pigmentosum group E-complementing protein / XPCe


分子量: 127097.469 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDB1, XAP1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q16531
#2: タンパク質
Protein cereblon


分子量: 44867.398 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRBN, AD-006 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q96SW2
#3: タンパク質・ペプチド
Zinc finger protein Helios / Ikaros family zinc finger protein 2


分子量: 3243.704 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IKZF2, HELIOS, ZNFN1A2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UKS7
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物
ChemComp-RN9 / 3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide


分子量: 494.927 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H23ClN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.57 / 詳細: 30% (w/v) PEG3350, 0.1 M Tris pH 8.57

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月12日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.78→150.57 Å / Num. obs: 67972 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 82.75 Å2 / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.367 / Rpim(I) all: 0.286 / Net I/σ(I): 3.2
反射 シェル解像度: 3.78→3.86 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 1.813 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 4033 / CC1/2: 0.28 / Rpim(I) all: 1.439 / % possible all: 87.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4 (11-DEC-2020)精密化
XDSVERSION Mar 15, 2019 BUILT=20190315データ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5fqd

5fqd


解像度: 3.78→150.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.89 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.87 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.827
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3031 3410 5.07 %RANDOM
Rwork0.2887 ---
obs0.2895 67299 97.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 124.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.5162 Å20 Å20.5111 Å2
2---3.1434 Å20 Å2
3---5.6596 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.67 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.78→150.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数37402 0 148 0 37550
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00438294HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.751900HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d13312SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes6476HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it38142HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.01
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.27
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion5048SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact24428SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.78→3.82 Å / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4572 -4.9 %
Rwork0.3808 1280 -
all0.3846 1346 -
obs--64.47 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6612-0.54090.14780.7704-0.11760.36520.1850.07410.11-0.0072-0.0547-0.08360.139-0.0452-0.13040.14420.056-0.097-0.05550.06630.281772.052112.0052-14.2263
20.1936-0.0094-0.23680.1983-0.04491.50460.0427-0.11130.011-0.16730.05370.1643-0.0920.0307-0.09640.20180.0511-0.13710.00140.00490.270564.412912.12126.3687
38.5025-2.7285-0.32838.14572.58451.5977-0.22990.14350.3505-0.5109-0.0072-0.29490.4991-0.53030.23710.170.1348-0.1691-0.1195-0.04240.262870.83119.162454.9437
40.02730.2035-0.134900.04840.44250.1987-0.121-0.0620.2397-0.2528-0.0812-0.1127-0.40990.05410.1642-0.1419-0.16140.3040.05060.197213.790446.071116.7248
51.24940.22360.120500.03241.12380.2165-0.20340.1116-0.1708-0.1055-0.04320.16160.0213-0.1110.12560.0551-0.14380.00610.16030.267624.669846.433-23.2006
60.0333.2568-0.13916.9591-2.51681.8907-0.14690.53530.0591-0.5685-0.05230.47580.50780.10480.19920.0960.0063-0.0642-0.07250.1540.290924.773156.5579-50.6647
70.75040.17530.08590.9995-0.20030.06440.1511-0.10190.06220.07050.0220.14220.03870.0571-0.17310.1762-0.09880.0142-0.1462-0.05120.3097-8.848710.6893111.9342
80.4843-0.0239-0.39140.41030.21251.50830.08780.08180.0039-0.01060.05390.07760.00980.0919-0.14170.1324-0.059-0.14150.02540.00830.2705-0.509110.800871.5421
97.24821.79712.53223.5782-2.70398.9820.0580.1408-0.4522-0.2310.01660.51910.5628-0.4557-0.07470.1416-0.1326-0.15370.1237-0.1610.1155-6.12098.603842.6348
101.03110.2370.10030.78820.44340.2644-0.08220.0999-0.0037-0.0380.0348-0.0614-0.0702-0.02690.04740.05850.0134-0.056-0.06170.02910.293648.616742.608981.784
110.5803-0.0628-0.27940.0006-0.11081.39910.0994-0.01290.02810.1-0.14770.07530.1878-0.04450.04840.227-0.0847-0.0419-0.1148-0.10220.294538.219945.5493121.4284
122.7229-3.2568-2.56158.31482.5168-0.70130.0638-0.54820.5046-0.4840.1478-0.5050.5968-0.0042-0.2116-0.0798-0.0129-0.07260.0706-0.15490.291737.759556.4469148.6659
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }
7X-RAY DIFFRACTION7{ G|* }
8X-RAY DIFFRACTION8{ H|* }
9X-RAY DIFFRACTION9{ I|* }
10X-RAY DIFFRACTION10{ J|* }
11X-RAY DIFFRACTION11{ K|* }
12X-RAY DIFFRACTION12{ L|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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