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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7log | ||||||
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タイトル | T4 lysozyme mutant L99A in complex with 3-butylpyridine | ||||||
![]() | Lysozyme | ||||||
![]() | PROTEIN BINDING / HYDROLASE / mutant / lysozyme / small molecule / L99A / complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kamenik, A.S. / Singh, I. / Lak, P. / Balius, T.E. / Liedl, K.R. / Shoichet, B.K. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Energy penalties enhance flexible receptor docking in a model cavity. 著者: Kamenik, A.S. / Singh, I. / Lak, P. / Balius, T.E. / Liedl, K.R. / Shoichet, B.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 52.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 34.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7loaC ![]() 7lobC ![]() 7locC ![]() 7lodC ![]() 7loeC ![]() 7lofC ![]() 7lojC ![]() 7lx6C ![]() 7lx7C ![]() 7lx8C ![]() 7lx9C ![]() 7lxaC ![]() 4w57S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19691.541 Da / 分子数: 1 / 変異: L99A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: e, T4Tp126 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: D9IEF7, lysozyme | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-Y8J / | ||||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-TRS / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.9 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: Isopropanol, PEG 4000, Tris-Cl pH 8.0, Beta-mercaptoethanol, 2-hyrdoxyethyl disulfide |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月24日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9539 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 0.99→52.18 Å / Num. obs: 108816 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 16.5 % / Biso Wilson estimate: 11.96 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Rpim(I) all: 0.009 / Rrim(I) all: 0.037 / Net I/σ(I): 30.2 / Num. measured all: 1792794 / Scaling rejects: 290 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4W57 解像度: 0.99→52.176 Å / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.17 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 34.15 Å2 / Biso mean: 13.7836 Å2 / Biso min: 7.45 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 0.99→52.176 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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