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- PDB-7l50: Crystal structure of human monoacylglycerol lipase in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7l50
タイトルCrystal structure of human monoacylglycerol lipase in complex with compound 4f
要素Monoglyceride lipase
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / Inhibitor / Serine hydrolase / HYDROLASE / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


acylglycerol metabolic process / monoacylglycerol lipase activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Serine aminopeptidase, S33 / Serine aminopeptidase, S33 / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-XOM / Monoglyceride lipase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Qin, L. / Lane, W. / Skene, R.J.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Design and Synthesis of Novel Spiro Derivatives as Potent and Reversible Monoacylglycerol Lipase (MAGL) Inhibitors: Bioisosteric Transformation from 3-Oxo-3,4-dihydro-2 H -benzo[ b ][1,4]oxazin-6-yl Moiety.
著者: Ikeda, S. / Sugiyama, H. / Tokuhara, H. / Murakami, M. / Nakamura, M. / Oguro, Y. / Aida, J. / Morishita, N. / Sogabe, S. / Dougan, D.R. / Gay, S.C. / Qin, L. / Arimura, N. / Takahashi, Y. / ...著者: Ikeda, S. / Sugiyama, H. / Tokuhara, H. / Murakami, M. / Nakamura, M. / Oguro, Y. / Aida, J. / Morishita, N. / Sogabe, S. / Dougan, D.R. / Gay, S.C. / Qin, L. / Arimura, N. / Takahashi, Y. / Sasaki, M. / Kamada, Y. / Aoyama, K. / Kimoto, K. / Kamata, M.
履歴
登録2020年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22021年9月15日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Monoglyceride lipase
B: Monoglyceride lipase
C: Monoglyceride lipase
D: Monoglyceride lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,86916
ポリマ－140,9374
非ポリマー1,93212
水2,828157
1
A: Monoglyceride lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7174
ポリマ－35,2341
非ポリマー4833
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Monoglyceride lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7174
ポリマ－35,2341
非ポリマー4833
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Monoglyceride lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7174
ポリマ－35,2341
非ポリマー4833
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Monoglyceride lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7174
ポリマ－35,2341
非ポリマー4833
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.894, 127.168, 119.675
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 73.673, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Monoglyceride lipase


分子量: 35234.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MGLL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0C4DFN3
#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物
ChemComp-XOM / (2s,4R)-2-{3-[(3-chloro-4-methylphenyl)methoxy]azetidine-1-carbonyl}-7-oxa-5-azaspiro[3.4]octan-6-one


分子量: 364.823 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H21ClN2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M NaOAc pH 5.5, 32-38% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→49.06 Å / Num. obs: 79270 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.9 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rpim(I) all: 0.072 / Rrim(I) all: 0.143 / Net I/σ(I): 4.1
反射 シェル解像度: 2.3→2.35 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.728 / Num. unique obs: 4493 / CC1/2: 0.868 / Rpim(I) all: 0.439 / Rrim(I) all: 0.854 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
HKL-2000データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ZUN

5zun


解像度: 2.3→48.191 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 31.945 / SU ML: 0.304 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.277 / ESU R Free: 0.222 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2689 3834 4.895 %
Rwork0.2392 74488 -
all0.241 --
obs-78322 97.734 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 82.049 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.257 Å2-0 Å2-2.694 Å2
2---8.109 Å2-0 Å2
3---7.501 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→48.191 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8864 0 132 157 9153
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0129209
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1271.64512504
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9651138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.52821.743436
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.327151506
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9031555
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.21150
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.027046
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.24378
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.26274
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1280.2307
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2010.273
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1290.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5644.3224584
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.2756.4565706
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9184.3464625
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7086.4636782
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it8.9957.70713707
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.360.4062910.4425379X-RAY DIFFRACTION95.858
2.36-2.4240.4332680.4075255X-RAY DIFFRACTION95.9687
2.424-2.4940.4292860.4065101X-RAY DIFFRACTION96.0935
2.494-2.5710.4182500.3574952X-RAY DIFFRACTION96.7454
2.571-2.6550.3442380.3174859X-RAY DIFFRACTION96.6622
2.655-2.7480.3272550.34684X-RAY DIFFRACTION96.8621
2.748-2.8520.2722220.2774565X-RAY DIFFRACTION96.7657
2.852-2.9680.3222070.2514392X-RAY DIFFRACTION97.6848
2.968-3.0990.3012200.2594237X-RAY DIFFRACTION98.3017
3.099-3.250.2412150.2244069X-RAY DIFFRACTION98.3697
3.25-3.4250.2812040.2363886X-RAY DIFFRACTION98.7446
3.425-3.6320.2482020.2193682X-RAY DIFFRACTION99.0311
3.632-3.8810.2161530.2043501X-RAY DIFFRACTION99.5098
3.881-4.1910.2021750.1983271X-RAY DIFFRACTION99.6818
4.191-4.5880.2051320.1733015X-RAY DIFFRACTION99.4313
4.588-5.1250.1991400.1662690X-RAY DIFFRACTION99.4378
5.125-5.9090.2691290.22395X-RAY DIFFRACTION99.5268
5.909-7.2170.2461010.2122050X-RAY DIFFRACTION99.5833
7.217-10.1190.2341030.1751579X-RAY DIFFRACTION99.8812
10.119-48.1910.164430.187927X-RAY DIFFRACTION99.0807
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.54470.06060.1752.35010.38060.1320.0227-0.03380.2427-0.12-0.06880.03030.0438-0.00310.04610.19330.00670.06490.44650.01690.649697.6509-33.2935167.5382
20.56930.1347-0.08612.75960.31140.06040.08970.0574-0.18420.1766-0.0694-0.1183-0.0268-0.0127-0.02040.1814-0.00320.06220.42450.00340.6677129.0034-11.2513177.2518
30.7863-0.25950.22122.1775-0.27970.09940.1012-0.02020.23420.049-0.12070.00630.04780.01150.01950.7744-0.01920.48440.0385-0.03130.4616112.223527.7195119.7576
40.86440.1649-0.07532.70540.06110.0120.087-0.0265-0.1880.0934-0.0984-0.0162-0.03750.00020.01140.8088-0.00790.51470.01750.00670.4391112.3432-13.7347119.5722
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelectionAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLA1 - 701
2X-RAY DIFFRACTION2ALLB1 - 701
3X-RAY DIFFRACTION3ALLC1 - 701
4X-RAY DIFFRACTION4ALLD1 - 701

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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