PDB-7l0k: Crystal structure of Plasmodium falciparum dihydroorotate dehydro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7l0k

タイトル

Crystal structure of Plasmodium falciparum dihydroorotate dehydrogenase bound with Inhibitor DSM784 (3-(1-(3-methyl-4-((6-(trifluoromethyl)pyridin-3-yl)methyl)-1H-pyrrole-2-carboxamido)ethyl)-1H-pyrazole-5-carboxamide)

要素

Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial

キーワード

OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / Alpha-Beta Barrel / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Pyrimidine biosynthesis / pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / dihydroorotate dehydrogenase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / mitochondrial inner membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.96 Å

データ登録者

Deng, X. / Phillips, M. / Tomchick, D.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Potent Antimalarials with Development Potential Identified by Structure-Guided Computational Optimization of a Pyrrole-Based Dihydroorotate Dehydrogenase Inhibitor Series.
著者: Palmer, M.J. / Deng, X. / Watts, S. / Krilov, G. / Gerasyuto, A. / Kokkonda, S. / El Mazouni, F. / White, J. / White, K.L. / Striepen, J. / Bath, J. / Schindler, K.A. / Yeo, T. / Shackleford, ...

履歴

登録	2020年12月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年5月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7l0k.cif.gz	555.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7l0k.ent.gz	383.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7l0k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l0/7l0k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l0/7l0k	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7kykC 7kyvC 7kyyC 7kz4C 7kzyC 7l01C 3i65S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5del-d 5boo-1 3i65-d 7kz4-1 7l01-2 5boo-2 7kyv-d 3i6r-d 2pkk-d 6i55-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial

B: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial

ヘテロ分子

92.8 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
46.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	52.117, 158.335, 62.767
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 107.278, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial / DHOdehase / Dihydroorotate oxidase 分子量: 45385.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫) 株: isolate 3D7 / 遺伝子: PFF0160c / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 参照: UniProt: Q08210, dihydroorotate dehydrogenase (quinone)
#2: 化合物	ChemComp-XE7 / 3-{(1R)-1-[(3-methyl-4-{[6-(trifluoromethyl)pyridin-3-yl]methyl}-1H-pyrrole-2-carbonyl)amino]ethyl}-1H-pyrazole-5-carboxamide 分子量: 420.388 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₁₉F₃N₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-ORO / OROTIC ACID / オロチン酸分子量: 156.096 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₄N₂O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 316 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.9 % / 解説: prism
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.8 / 詳細: PEG4000 v/v 24%, 100 mM Tris-HCl, pH 8.8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.96→36.21 Å / Num. obs: 68810 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 24.55 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_pim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 12.23
反射シェル	解像度: 1.96→2 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 3388 / CC_1/2: 0.503 / R_pim(I) all: 0.604 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3I65

3i65

解像度: 1.96→36.21 Å / SU ML: 0.213 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.49 / 位相誤差: 22.6982
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2134	1016	1.7 %
R_work	0.1788	58731	-
obs	0.1794	59747	85.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.75 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.96→36.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5965	0	144	316	6425

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0073	6313
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9869	8533
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0494	931
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0055	1081
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.2999	2345

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.96-2.06	0.2738	69	0.2305	4029	X-RAY DIFFRACTION	41.41
2.06-2.19	0.2297	118	0.1974	6766	X-RAY DIFFRACTION	69.42
2.19-2.36	0.2132	158	0.1852	9137	X-RAY DIFFRACTION	93.47
2.36-2.6	0.228	168	0.1829	9719	X-RAY DIFFRACTION	99.41
2.6-2.97	0.2188	166	0.1827	9595	X-RAY DIFFRACTION	98.1
2.97-3.74	0.2224	168	0.1779	9752	X-RAY DIFFRACTION	99.51
3.74-36.21	0.1906	169	0.1673	9733	X-RAY DIFFRACTION	98.86

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.98479729383	0.0342195558523	1.05981911031	3.33336127334	-1.40908041053	2.03940101298	0.419599076796	-0.263209923736	-0.708014499834	0.222776665211	-0.0951266969853	-0.329161748936	0.683680237531	0.253925030492	-0.16844592949	0.504048746775	0.00733520283861	-0.150655659338	0.260722338101	0.0702870669442	0.454621315305	4.4408879785	-55.8244300477	0.621228148528
2	1.8946483108	0.414964688364	0.568443048942	2.04028257403	-0.422166270904	0.676055348733	0.2692272121	-0.308420736648	-0.292783919053	0.313519839892	-0.0653834706496	-0.0494921079177	0.357825420471	-0.0804302566435	-0.0624898251591	0.229646942329	-0.0406406146051	0.0017733029828	0.163222264348	0.0445797382062	0.161083961038	-1.25681153476	-40.7492029752	-2.52993951701
3	2.57986812853	-0.483764619752	1.44663405866	3.72186574037	0.0779847338815	2.50214851574	-0.0614758841278	-0.141779394187	-0.021026595529	0.0383603820582	-0.0108199660942	0.00673004772421	-0.253508300452	-0.0338721379018	0.0706314192851	0.176186995704	-0.0127658543599	0.0580909018615	0.159739837343	0.0118748522938	0.08856121747	1.68016816526	-27.4164633775	-6.37793235823
4	2.027897361	-0.249246605702	0.655673927089	2.42723838546	0.0689676981335	1.9641961607	0.174787017004	0.0336628783928	0.443144290178	-0.208332162945	0.0924168402169	-0.389301963104	-0.295676087766	0.434665174857	-0.00656730126346	0.255669924386	-0.0207868579124	0.0937331497748	0.217500303907	-0.0174381982042	0.186191331112	2.47096327807	-27.7950984992	-14.3170153815
5	1.62340745668	-0.193507595125	0.899473925657	2.21910997989	-0.3642736203	2.15069498548	0.101853795024	-0.372754600815	-0.231668622013	0.283235626388	0.0822841478337	0.430056117007	0.164122774074	-0.579187645157	-0.114555713945	0.193706069997	-0.053732202574	0.0675035214735	0.307693593993	0.0493474425748	0.191561432597	-15.7640924942	-38.5374906805	-5.37735482895
6	0.778104721855	-0.651579402846	-0.619527644079	2.27759114043	-0.138234141503	1.36493615025	0.166085469167	0.219505320344	-0.598874459621	-0.373274802988	0.0254313612436	0.255064720787	0.701703767437	-0.673961837856	-0.0738720031632	0.508015686952	-0.0977089730426	-0.132274344662	0.142055297822	-0.0141882610298	0.395673474686	-12.2317949807	-52.3182701966	-17.2300266244
7	2.10120812748	0.70672542866	0.356347392549	4.4985215926	1.18837954304	3.60570981358	-0.267729342297	-0.418049718502	0.572859601052	0.448424427189	0.0437048779815	-0.0275950565011	-0.936740271216	0.0785332890542	0.175365249134	0.547246001521	-0.000433016257752	-0.123548860533	0.271025682555	-0.064491931246	0.370942423386	15.4698245689	7.23831605401	34.0029050151
8	0.680831350534	0.0547007082388	0.330504819853	2.87855244668	-0.671255805809	3.56387672878	-0.110537839731	-0.143511425585	0.170743146161	0.225655511855	-0.0492720227031	-0.0959046723217	-0.393822254617	0.0816215153587	0.0670838885298	0.146056961425	0.0121485191857	-0.0247090906052	0.166148735755	-0.00278172917358	0.186748101678	12.9296707479	-9.59995636466	29.0637204266
9	0.59436614815	-0.585438388406	1.31609544785	4.59988774617	0.610557211988	4.5614667116	0.103540339441	0.14550474399	0.153875578817	-0.208168528636	0.0243256634904	-0.588795120136	0.34666767214	0.657903671941	-0.0737499576201	0.149555894274	0.0303880765892	0.00769729517736	0.236817007034	0.0279542912299	0.227509297981	14.3731740728	-24.7959023297	23.6809174836
10	1.72229313986	-0.380789325085	0.545900566536	2.57510681441	0.093044035001	2.74922503303	-0.0893027468231	0.211956275623	0.200416618393	-0.21724076572	-0.0399223484399	-0.325280053793	-0.226357016426	0.439800962247	0.0126251524052	0.119953417316	-0.0338383882488	-0.0118219119767	0.242444200621	0.0650365356185	0.193223204223	18.1865217189	-11.8023151562	14.3774443048
11	0.954285361796	-0.515118806663	-0.0496042987671	2.33269665328	-0.433742892457	1.15311105983	-0.234626927528	0.258334655116	0.408293712025	-0.366194408855	-0.0211468900313	0.0206410902798	-0.830398040487	0.190336544195	0.158098213463	0.50052964108	-0.0368673858046	-0.116936928806	0.206174156901	0.084666260713	0.39193290788	10.5225952363	4.6807026145	12.7183818639

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid -1 through 205 )	A	A	-1 - 205	1 - 49
2	2	chain 'A' and (resid 206 through 282 )	A	A	206 - 282	50 - 128
3	3	chain 'A' and (resid 283 through 376 )	A	A	283 - 376	129 - 225
4	4	chain 'A' and (resid 377 through 435 )	A	A	377 - 435	226 - 254
5	5	chain 'A' and (resid 436 through 534 )	A	A	436 - 534	255 - 353
6	6	chain 'A' and (resid 535 through 567 )	A	A	535 - 567	354 - 386
7	7	chain 'B' and (resid 159 through 205 )	B	E	159 - 205	1 - 47
8	8	chain 'B' and (resid 206 through 320 )	B	E	206 - 320	48 - 164
9	9	chain 'B' and (resid 321 through 375 )	B	E	321 - 375	165 - 219
10	10	chain 'B' and (resid 376 through 528 )	B	E	376 - 528	220 - 335
11	11	chain 'B' and (resid 529 through 566 )	B	E	529 - 566	336 - 376

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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