PDB-7kre: Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7kre

タイトル

Crystal Structure of HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with 4-((6-cyanonaphthalen-1-yl)oxy)-3-(2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy)phenyl sulfurofluoridate (JLJ704)

要素

HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE, P51 SUBUNIT
HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE, P66 SUBUNIT

キーワード

TRANSFERASE / Hydrolase/Inhibitor / Polymerase / reverse transcriptase / non-nucleoside inhibitor / Hydrolase-Inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...
類似検索 - 分子機能

Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.728 Å

データ登録者

Bertoletti, N. / Ippolito, J.A. / Jorgensen, W.L. / Anderson, K.S.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM49551	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	AI155072	米国

引用

ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2021
タイトル: Covalent Inhibition of Wild-Type HIV-1 Reverse Transcriptase Using a Fluorosulfate Warhead.
著者: Ippolito, J.A. / Niu, H. / Bertoletti, N. / Carter, Z.J. / Jin, S. / Spasov, K.A. / Cisneros, J.A. / Valhondo, M. / Cutrona, K.J. / Anderson, K.S. / Jorgensen, W.L.

履歴

登録	2020年11月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年1月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年3月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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PDB形式	pdb7kre.ent.gz	325.3 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7kre_validation.pdf.gz	752.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7kre_full_validation.pdf.gz	762.2 KB	表示
XML形式データ	7kre_validation.xml.gz	33.6 KB	表示
CIF形式データ	7kre_validation.cif.gz	45.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kr/7kre ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kr/7kre	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7krcC 7krdC 7krfC 5tw3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4lsn-d 7krf-d 1bqm-d 1s6p-d 1tv6-d 5hbm-d 7krc-d 2ban-d 2ic3-d 4rw8-d 2be2-d 4lsl-d 3hvt-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (2) #33 - 2002年9月 HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE, P66 SUBUNIT

B: HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE, P51 SUBUNIT

ヘテロ分子

115 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	226.573, 69.554, 104.859
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.900, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE, P66 SUBUNIT / p66 RT 分子量: 63989.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, retroviral ribonuclease H
#2: タンパク質	HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE, P51 SUBUNIT 分子量: 50039.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03366
#3: 化合物	ChemComp-X2V / 4-[(6-cyanonaphthalen-1-yl)oxy]-3-[2-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)ethoxy]phenyl sulfurofluoridate 分子量: 497.452 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₁₆FN₃O₇S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.7 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 50 mM imidazole pH 6.5, 18% PEG 8,000, 100 mM ammonium sulfate, 15 mM magnesium sulfate, and 5 mM spermine

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.728→57.624 Å / Num. obs: 41954 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.421 % / B_iso Wilson estimate: 98.46 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.046 / R_rim(I) all: 0.051 / Χ²: 1.194 / Net I/σ(I): 19.92

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.728-2.89	6.337	0.981	1.45	42602	6805	6723	0.825	1.068	98.8
2.89-3.09	6.642	0.496	3.02	42053	6346	6331	0.946	0.538	99.8
3.09-3.34	6.246	0.234	6.2	36682	5937	5873	0.984	0.255	98.9
3.34-3.66	6.818	0.12	12.93	37337	5497	5476	0.996	0.129	99.6
3.66-4.09	6.545	0.062	24.46	32416	4970	4953	0.998	0.067	99.7
4.09-4.72	6.206	0.04	37.45	27064	4387	4361	0.999	0.043	99.4
4.72-5.78	6.333	0.035	45.68	23349	3725	3687	0.999	0.039	99
5.78-8.16	6.295	0.031	51.27	18261	2916	2901	0.999	0.034	99.5
8.16-57.624	5.845	0.025	59.32	9639	1680	1649	0.999	0.027	98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.14_3260	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5TW3

5tw3

解像度: 2.728→57.624 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.93 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2608	2092	4.99 %
R_work	0.2104	39802	-
obs	0.2129	41894	99.23 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 317.48 Å² / B_iso mean: 126.1265 Å² / B_iso min: 65.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.728→57.624 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7447	0	35	0	7482
B_iso mean	-	-	95.93	-	-
残基数	-	-	-	-	940

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.728-2.7911	0.5325	138	0.5055	2614	98
2.7911-2.8609	0.4337	137	0.3661	2613	99
2.8609-2.9382	0.3635	138	0.3181	2622	99
2.9382-3.0247	0.3407	141	0.2831	2669	99
3.0247-3.1223	0.2895	138	0.274	2640	100
3.1223-3.2339	0.3325	137	0.2718	2638	99
3.2339-3.3634	0.3354	136	0.2542	2607	98
3.3634-3.5164	0.2855	140	0.2386	2653	100
3.5164-3.7018	0.3153	141	0.2283	2671	99
3.7018-3.9336	0.2497	139	0.2185	2637	100
3.9336-4.2373	0.2673	141	0.2006	2674	100
4.2373-4.6635	0.2435	140	0.1742	2665	100
4.6635-5.3379	0.2382	139	0.1753	2646	99
5.3379-6.7236	0.2778	143	0.2198	2708	100
6.7236-57.624	0.2062	144	0.1837	2745	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5693	-0.0859	-0.4884	0.4459	-0.2209	0.3444	-0.3209	0.3257	0.3217	-0.1099	-0.1358	0.2312	0.0802	0.3263	-0.0032	0.9679	0.2177	-0.1841	1.002	-0.1945	0.7554	491.896	9.802	137.922
2	0.2073	0.372	-0.2499	0.4056	-0.1146	0.3365	-0.2789	-1.556	-0.5702	-0.0872	-0.3724	0.0204	0.695	1.1806	-0.0104	1.0353	0.4333	-0.2601	2.0688	-0.0552	1.1569	499.972	2.332	141.803
3	0.0444	0.0001	-0.0117	0.0157	0.011	-0.0267	0.4518	-0.1857	-0.6475	1.1085	0.8844	-0.6602	0.169	0.5162	0.002	1.0018	0.0423	-0.2726	2.1247	-0.0524	2.7459	491.353	-11.923	148.638
4	2.5483	0.1675	-0.1156	0.6064	0.6488	0.6279	-0.3638	-0.7089	-0.522	0.1346	0.1305	0.0414	0.4438	0.2631	0.1238	1.046	0.3066	-0.0102	0.9542	0.1661	0.7378	478.049	-7.996	132
5	0.0708	-0.0288	-0.077	0.0511	-0.0243	0.1229	0.4117	-0.6484	0.2711	-0.6391	-0.6	-0.1364	-0.6386	0.0926	0.0004	2.0755	0.0751	0	1.8223	-0.0644	1.637	454.782	2.196	153.824
6	2.9071	0.82	-0.1861	-0.7568	-0.5555	0.2074	-0.35	-0.3205	-0.6528	0.0979	-0.0829	-0.0531	0.5639	-0.1621	0.0004	1.2649	-0.0176	0.3403	0.7515	0.0735	1.0421	448.965	-10.894	131.925
7	3.3962	-0.0791	-2.2953	0.3861	0.5096	1.4654	-0.1599	-0.2256	-0.0066	0.0306	0.1633	-0.0763	0.5908	-0.2181	0.0038	0.7044	-0.0082	0.0304	1.0181	0.034	1.003	424.793	7.667	136.377
8	2.6687	-0.9119	0.9153	0.7336	0.0966	1.6371	-0.3602	0.1545	0.5453	0.3034	0.2582	-0.0338	0.0571	0.1047	0.0021	0.9251	-0.0291	-0.043	0.7613	0.0309	0.782	468.31	14.742	114.013
9	3.0403	-0.8328	1.3187	0.063	-0.7759	0.8457	-0.2216	0.1833	0.1758	0.714	0.2717	-0.1995	-0.3777	0.0052	-0.0001	0.8081	0.0707	0.0199	0.7514	0.1008	0.7498	467.849	18.225	110.52
10	1.398	0.7424	0.3139	0.6845	0.3193	2.08	-0.3286	0.4454	-0.0304	-0.0932	0.5321	0.1746	-0.3917	-0.6801	-0.0039	0.9907	-0.0503	-0.0072	1.1958	0.2635	1.0604	457.628	30.024	95.472
11	0.8412	0.5443	-0.7808	0.986	-0.1499	0.6876	-0.1678	0.9304	1.0402	0.339	0.6665	0.4537	-1.0816	-0.4253	-0.3096	1.2103	0.217	0.3775	1.5228	0.3	1.3633	422.526	29.681	123.815
12	1.0437	0.2797	-1.8262	0.6585	-1.8224	1.2942	0.4899	0.5812	1.2699	0.3653	0.3922	0.7061	-0.4137	-0.9022	0.0969	0.9485	0.193	0.09	1.1098	0.2993	1.4923	431.97	29.565	121.197
13	0.0221	0.0619	0.0011	0.0127	-0.0385	0.0006	-1.0834	0.0626	-0.101	0.3737	-0.2991	0.0086	-0.8631	-0.5105	0.0014	0.6515	-0.0218	-0.3633	1.0087	-0.1765	0.6992	440.605	9.27	110.478
14	1.7613	1.4761	-0.0222	2.2344	0.2642	0.7606	0.0802	0.049	-0.2601	0.3355	0.0226	-0.0047	0.0999	-0.4283	-0	0.8681	0.0576	0.0033	0.8174	0.1247	0.8715	447.346	17.669	118.242

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 3:29 )	A	3 - 29
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 30:63 )	A	30 - 63
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 64:72 )	A	64 - 72
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 73:282 )	A	73 - 282
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 283:290 )	A	283 - 290
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 291:392 )	A	291 - 392
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 393:538 )	A	393 - 538
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 5:95 )	B	5 - 95
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 96:159 )	B	96 - 159
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 160:237 )	B	160 - 237
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN B AND RESID 238:281 )	B	238 - 281
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN B AND RESID 286:356 )	B	286 - 356
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN B AND RESID 357:369 )	B	357 - 369
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN B AND RESID 370:428 )	B	370 - 428

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

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新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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