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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7k5m | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF HBV CAPSID Y132A MUTANT IN COMPLEX WITH N-(3-chloro-4-fluorophenyl)-3-phenyl-1,4,6,7-tetrahydro-5H-pyrazolo[4,3-c]pyridine-5-carboxamide AT 2.65A RESOLUTION | ||||||
要素 | Capsid protein | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / HVB capsid | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / T=4 icosahedral viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / structural molecule activity / DNA binding / RNA binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Hepatitis B virus genotype D subtype adw (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å | ||||||
データ登録者 | Kuduk, S.D. / Stoops, B. / Alexander, R. / Lam, A.M. / Espiritu, C. / Vogel, R. / Lau, V. / Klumpp, K. / Flores, O.A. / Hartman, G.D. ...Kuduk, S.D. / Stoops, B. / Alexander, R. / Lam, A.M. / Espiritu, C. / Vogel, R. / Lau, V. / Klumpp, K. / Flores, O.A. / Hartman, G.D. / Lukacs, C.M. / Abendroth, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2021 タイトル: Identification of a new class of HBV capsid assembly modulator. 著者: Kuduk, S.D. / Stoops, B. / Alexander, R. / Lam, A.M. / Espiritu, C. / Vogel, R. / Lau, V. / Klumpp, K. / Flores, O.A. / Hartman, G.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7k5m.cif.gz | 319.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7k5m.ent.gz | 261.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7k5m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7k5m_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7k5m_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7k5m_validation.xml.gz | 30.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7k5m_validation.cif.gz | 38.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k5/7k5m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k5/7k5m | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17816.332 Da / 分子数: 6 / 変異: Y132A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Hepatitis B virus genotype D subtype adw (isolate United Kingdom/adyw/1979) (ウイルス) 株: isolate United Kingdom/adyw/1979 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P03147 #2: 化合物 | ChemComp-VXJ / #3: 化合物 | ChemComp-IPA / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M ammonium citrate/citric acid pH 6.5, 9% isopropanol, 10% PEG 3350, 10% MPD |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.65→48.035 Å / Num. obs: 37097 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 2.93 % / Biso Wilson estimate: 42.14 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rrim(I) all: 0.091 / Χ2: 1.006 / Net I/σ(I): 10.37 / Num. measured all: 108596 / Scaling rejects: 10 |
反射 シェル | 解像度: 2.65→48.035 Å / 冗長度: 2.87 % / Rmerge(I) obs: 0.489 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. measured obs: 1234 / Num. possible: 486 / Num. unique obs: 421 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.024 / % possible all: 95.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: internal model 解像度: 2.65→48.035 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 38.06 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 162.32 Å2 / Biso mean: 75.6629 Å2 / Biso min: 40.02 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.65→48.035 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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