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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7juj | ||||||
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タイトル | Cruzain bound to Gallinamide inhibitor | ||||||
要素 | Cruzipain | ||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Cysteine protease / Cruzain / Gallinamide / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cruzipain / proteolysis involved in protein catabolic process / lysosome / cysteine-type endopeptidase activity / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Silva, E.B. / Sharma, V. / Alvarez, L.H. / Gerwick, W.H. / McKerrow, J.H. / Podust, L.M. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022 タイトル: Intramolecular Interactions Enhance the Potency of Gallinamide A Analogues against Trypanosoma cruzi . 著者: Barbosa Da Silva, E. / Sharma, V. / Hernandez-Alvarez, L. / Tang, A.H. / Stoye, A. / O'Donoghue, A.J. / Gerwick, W.H. / Payne, R.J. / McKerrow, J.H. / Podust, L.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7juj.cif.gz | 502.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7juj.ent.gz | 418.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7juj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7juj_validation.pdf.gz | 6.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7juj_full_validation.pdf.gz | 6.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7juj_validation.xml.gz | 51.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7juj_validation.cif.gz | 69.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/7juj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/7juj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22715.133 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: S of CYS25 forms covalent bond with gallinamide 由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) プラスミド: PET21A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ARCTIC EXPRESS / 参照: UniProt: P25779, cruzipain #2: 化合物 | ChemComp-GN9 / #3: 化合物 | ChemComp-K / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.67 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.7 詳細: 0.82 M Potassium phosphate, pH 9.7; 0.01 M Betaine hydrochloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K / Ambient temp details: Liquid Nitrogen flow / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月24日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.11587 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→9.84 Å / Num. obs: 82446 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0.43 / 冗長度: 26.6 % / Biso Wilson estimate: 57.29 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rsym value: 0.33 / Χ2: 99.8 / Net I/σ(I): 11.83 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 26.8 % / Mean I/σ(I) obs: 0.43 / Num. unique obs: 6011 / CC1/2: 0.212 / Rsym value: 8.826 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3KKU 解像度: 2.2→9.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 18.884 / SU ML: 0.218 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.233 / ESU R Free: 0.215 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 150.34 Å2 / Biso mean: 64.595 Å2 / Biso min: 35.67 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.2→9.84 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.257 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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