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- PDB-7jju: Crystal structure of en exoribonuclease-resistant RNA (xrRNA) fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jju
タイトルCrystal structure of en exoribonuclease-resistant RNA (xrRNA) from Potato leafroll virus (PLRV)
要素Potato leafroll virus xrRNA
キーワードRNA / RNA structure viral RNA exonuclease resistance RNA pseudoknot polerovirus plant virus
機能・相同性CACODYLATE ION / Guanidinium / IRIDIUM HEXAMMINE ION / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Potato leafroll virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.604 Å
データ登録者Steckelberg, A.-L. / Vicens, Q. / Auffinger, P. / Costantino, D.C. / Nix, J.C. / Kieft, J.S.
資金援助 米国, ドイツ, 7件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM118070 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI133348 米国
German Research Foundation (DFG)STE2509/201 ドイツ
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30GM124169-01 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-05CH11231 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30CA046934 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Rna / 年: 2020
タイトル: The crystal structure of a Polerovirus exoribonuclease-resistant RNA shows how diverse sequences are integrated into a conserved fold.
著者: Steckelberg, A.L. / Vicens, Q. / Costantino, D.A. / Nix, J.C. / Kieft, J.S.
履歴
登録2020年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Potato leafroll virus xrRNA
B: Potato leafroll virus xrRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,59026
ポリマ－33,3442
非ポリマー4,24724
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6930 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area17760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.190, 72.190, 137.140
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-511-

IRI

21B-511-

IRI

31B-511-

IRI

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要素

#1: RNA鎖 Potato leafroll virus xrRNA


分子量: 16671.771 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Potato leafroll virus (ウイルス)
#2: 化合物
ChemComp-GZ6 / Guanidinium / グアニジニウム


分子量: 60.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH6N3
#3: 化合物
ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#4: 化合物
ChemComp-IRI / IRIDIUM HEXAMMINE ION


分子量: 294.400 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: H18IrN6
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1 microL RNA solution (5 mg/mL RNA in 30 mM HEPES pH 7.5, 20 mM MgCl2, 100 mM KCl) + 1 microL crystallization solution (10% 2-methyl-2,4-pentanediol, 40 mM Sodium Cacodylate (pH 6.0), 12 mM ...詳細: 1 microL RNA solution (5 mg/mL RNA in 30 mM HEPES pH 7.5, 20 mM MgCl2, 100 mM KCl) + 1 microL crystallization solution (10% 2-methyl-2,4-pentanediol, 40 mM Sodium Cacodylate (pH 6.0), 12 mM Spermine, 150 mM KCl, 100 mM Guanidinium HCl) over a reservoir of 500 microL of 30% 2-methyl-2,4-pentanediol and 100mM Guanidinium HCl.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 0.9234 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2019年9月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9234 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.604→49.72 Å / Num. obs: 11689 / % possible obs: 99.64 % / 冗長度: 41.3 % / Biso Wilson estimate: 63.33 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.09956 / Rpim(I) all: 0.01561 / Rrim(I) all: 0.1008 / Net I/σ(I): 30.86
反射 シェル解像度: 2.604→2.697 Å / 冗長度: 38 % / Rmerge(I) obs: 1.663 / Mean I/σ(I) obs: 2.53 / Num. unique obs: 1135 / CC1/2: 0.914 / CC star: 0.977 / Rrim(I) all: 1.685 / % possible all: 99.56

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS20191015data processing
PHENIXdev_3885精密化
XDS20191015データ削減
XSCALE20191015データスケーリング
PHENIX1.13_2998位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.604→49.72 Å / SU ML: 0.4318 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.4161
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2534 1097 5.19 %
Rwork0.2246 20043 -
obs0.2261 11669 99.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 62.95 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.43 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.604→49.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 2162 178 0 2340
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00122576
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.44064058
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0202504
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0018110
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.59621274
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.720.38931340.37922491X-RAY DIFFRACTION99.36
2.72-2.870.4181150.38342543X-RAY DIFFRACTION99.77
2.87-3.040.32131230.31952521X-RAY DIFFRACTION99.77
3.05-3.280.24971410.23052512X-RAY DIFFRACTION99.85
3.28-3.610.26671630.23592483X-RAY DIFFRACTION99.85
3.61-4.130.27051420.20542488X-RAY DIFFRACTION99.85
4.13-5.210.21391530.18682508X-RAY DIFFRACTION99.92
5.21-49.720.21181260.18582497X-RAY DIFFRACTION98.87
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 36.2585465093 Å / Origin y: 34.4735384395 Å / Origin z: 50.0891628021 Å
111213212223313233
T0.371293507091 Å2-0.0579352098153 Å2-0.0197157645462 Å2-0.57778040642 Å20.0273952723862 Å2--0.424772021271 Å2
L1.75714935257 °2-0.0473451211635 °22.03503727268 °2-0.550821517128 °20.186423207295 °2--1.22750660508 °2
S0.249402707224 Å °-0.0550833055514 Å °-0.176059854106 Å °0.0172582673651 Å °0.0705787461172 Å °0.0255333603242 Å °-0.0374251346067 Å °0.0093560229534 Å °-0.376246256221 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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