PDB-7jhq: OXA-48 bound by Compound 2.3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7jhq

タイトル

OXA-48 bound by Compound 2.3

要素

Beta-lactamase OXA-48

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / beta-lactamase / carbapenemase / beta-lactamase inhibitor / complex / oxacillinase / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

penicillin binding / antibiotic catabolic process / cell wall organization / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Taylor, D.M. / Hu, L. / Prasad, B.V.V. / Palzkill, T.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2021
タイトル: Unique Diacidic Fragments Inhibit the OXA-48 Carbapenemase and Enhance the Killing of Escherichia coli Producing OXA-48.
著者: Taylor, D.M. / Anglin, J. / Hu, L. / Wang, L. / Sankaran, B. / Wang, J. / Matzuk, M.M. / Prasad, B.V.V. / Palzkill, T.

履歴

登録	2020年7月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年12月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2021年12月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.4	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb7jhq.ent.gz	346.7 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7jhq_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7jhq_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	7jhq_validation.xml.gz	42.1 KB	表示
CIF形式データ	7jhq_validation.cif.gz	59.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jh/7jhq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jh/7jhq	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6xqrC 7k5vC 7l8oC 7r6zC 3hbrS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7r6z-d 4s2p-d 7l8o-1 6zrj-2 4s2n-2 5oft-d 6uvk-2 5dts-4 4wmc-3 5dtk-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Beta-lactamase OXA-48

B: Beta-lactamase OXA-48

C: Beta-lactamase OXA-48

D: Beta-lactamase OXA-48

ヘテロ分子

115 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Beta-lactamase OXA-48

ヘテロ分子

D: Beta-lactamase OXA-48

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
57.4 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Beta-lactamase OXA-48

ヘテロ分子

B: Beta-lactamase OXA-48

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
57.3 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	120.680, 120.680, 159.769
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅
Space group name Hall	P6₅
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+5/6 #3: y,-x+y,z+1/6 #4: -y,x-y,z+2/3 #5: -x+y,-x,z+1/3 #6: -x,-y,z+1/2

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Beta-lactamase OXA-48 分子量: 28295.053 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Compound was expressed with His tag and TEV cleavage site. GHM residues were left after TEV cleavage and are present before the mature OXA-48 sequence 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) 遺伝子: bla OXA-48, bla_1, bla_2, bla_5, blaOXA-48, B6R99_29845, GJD56_28020, GJJ04_29145, KPE71T_00045, SAMEA3538918_02768, SAMEA3538961_03054, SAMEA3673128_05462 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6XEC0, beta-lactamase

#1: タンパク質

Beta-lactamase OXA-48

分子量: 28295.053 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Compound was expressed with His tag and TEV cleavage site. GHM residues were left after TEV cleavage and are present before the mature OXA-48 sequence
由来: (組換発現)

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
遺伝子: bla OXA-48, bla_1, bla_2, bla_5, blaOXA-48, B6R99_29845, GJD56_28020, GJJ04_29145, KPE71T_00045, SAMEA3538918_02768, SAMEA3538961_03054, SAMEA3673128_05462
発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6XEC0, beta-lactamase

-
非ポリマー , 6種, 635分子

#2: 化合物	ChemComp-VAJ / [1,1'-biphenyl]-3,4'-dicarboxylic acid / 1,1′-ビフェニル-3,4′-ジカルボン酸分子量: 242.227 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₀O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 619 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.73 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M Tris HCl pH 8.5, 30% v/v PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.999999 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月25日
放射	モノクロメーター: Double-crystal Si(111) and multilayer プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.999999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→43.8 Å / Num. obs: 88806 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.9 % / B_iso Wilson estimate: 30.58 Å² / R_merge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 9.27
反射シェル	解像度: 2→2.03 Å / R_merge(I) obs: 0.97 / Num. unique obs: 4424 / CC_1/2: 0.939 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3HBR

3hbr

解像度: 2→34.84 Å / SU ML: 0.2172 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.2102
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2127	4385	4.95 %
R_work	0.1696	84290	-
obs	0.1718	88675	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→34.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7952	0	36	619	8607

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0028	8176
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5507	11053
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0437	1152
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0026	1476
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	26.4053	1126

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.02	0.3552	175	0.3031	2784	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.02-2.05	0.2824	130	0.2713	2817	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.05-2.07	0.2744	130	0.2479	2828	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.07-2.1	0.2755	119	0.2162	2800	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.13	0.2163	158	0.2178	2797	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.13-2.15	0.2567	139	0.2021	2828	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.19	0.2575	120	0.201	2793	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.22	0.254	112	0.2083	2878	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.22-2.25	0.2629	135	0.2097	2758	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.25-2.29	0.2644	150	0.1892	2813	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.29-2.33	0.2368	167	0.1908	2822	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.33-2.37	0.2348	139	0.1841	2800	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.42	0.2326	147	0.1849	2810	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.42-2.47	0.2412	143	0.1862	2786	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.47-2.52	0.232	137	0.1839	2809	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.52-2.58	0.2656	162	0.1811	2796	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.58-2.64	0.2219	148	0.1886	2795	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.64-2.71	0.2059	144	0.1776	2808	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.79	0.2189	160	0.1715	2800	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.79-2.88	0.2177	140	0.1787	2810	X-RAY DIFFRACTION	100
2.88-2.99	0.2193	170	0.1818	2816	X-RAY DIFFRACTION	100
2.99-3.11	0.2175	148	0.1841	2797	X-RAY DIFFRACTION	100
3.11-3.25	0.2629	164	0.1877	2808	X-RAY DIFFRACTION	100
3.25-3.42	0.2111	136	0.1642	2802	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.42-3.63	0.2147	151	0.1483	2824	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.63-3.91	0.1929	126	0.1439	2830	X-RAY DIFFRACTION	100
3.91-4.31	0.1791	166	0.1333	2812	X-RAY DIFFRACTION	100
4.31-4.93	0.1699	166	0.1259	2783	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.93-6.2	0.1709	160	0.1568	2817	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2-34.84	0.1817	143	0.1519	2869	X-RAY DIFFRACTION	99.44

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.58792778004	0.802370361372	1.2096789297	3.4429813987	0.892169089592	3.48138518742	-0.0195296190432	0.145722345616	-0.0675093569163	0.488809296025	-0.199312697591	0.893125810563	0.245108299824	-0.671956547577	0.121079550312	0.343901840878	-0.166223251399	0.115133731205	0.410421306672	-0.0921491331911	0.502688324794	22.1446554438	-45.8589845187	30.8066284087
2	3.34705980118	1.26645398046	0.17171710561	2.9461565244	-0.0955347295786	2.1080194924	0.0569209022094	-0.0534175653003	-0.207369503734	0.206269017096	-0.132711178671	0.0944722696194	0.454670840002	0.0346129662642	0.0528344208221	0.273154358156	-0.0513188663758	-0.00648892546122	0.220026832	-0.033287503017	0.202922427968	39.5619754469	-47.2537796241	23.959831742
3	1.93352471053	-0.319764412249	0.659201934097	1.91022580849	-0.182608869067	3.55713010577	0.0285568045198	0.15269967194	0.0483849042475	0.0498481438848	0.0362612434549	-0.236071002947	-0.355230686237	0.577927495684	-0.0104491560316	0.285755466566	-0.0904323750696	0.000160644752775	0.395073851358	-0.0288129910443	0.2918986881	51.8268275606	-32.9529205956	15.679834915
4	3.2072110135	0.818116483113	0.333898971534	1.73082782056	1.8362396225	4.28526350103	-0.0788406342718	0.317871265733	0.13880225275	-0.302572074466	0.116424914513	0.00922859505813	-0.365720529561	0.155398739783	-0.019412120483	0.311321736043	-0.0809967461028	-0.0401524819591	0.30361089796	0.022262704169	0.265673140564	44.6110627243	-31.0439415794	16.3849705338
5	2.09067667079	-0.517086646855	0.00327713615864	3.54020431898	-1.75164729209	3.55131857841	0.10197878549	0.248717384452	-0.145953568611	0.204504565665	-0.25568622575	-0.346047597752	0.229116453345	0.858045795861	0.131713680853	0.310808101468	0.0110045855516	-0.0682187290078	0.43398008243	-0.0473309981809	0.293904114301	51.8945435764	-46.6890144799	21.0260867155
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 25 through 58 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 59 through 82 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 83 through 102 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 103 through 119 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 120 through 142 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 143 through 194 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 195 through 218 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 219 through 243 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 244 through 265 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 25 through 58 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 59 through 119 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 120 through 141 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 142 through 243 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 244 through 265 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 25 through 58 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 59 through 82 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 83 through 102 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 103 through 119 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 120 through 141 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 142 through 194 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 195 through 218 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 219 through 265 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 25 through 58 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 59 through 119 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 120 through 141 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 142 through 243 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 244 through 265 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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