PDB-7fb7: Crystal structure of human UHRF1 TTD in complex with 5-amino-2,4-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7fb7

タイトル

Crystal structure of human UHRF1 TTD in complex with 5-amino-2,4-dimethylpyridine

要素

E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / DNA methylation / histone modification / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H3 ubiquitin ligase activity / H3K9me3 modified histone binding / positive regulation of DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing) activity / DNA damage sensor activity / hemi-methylated DNA-binding / homologous recombination / regulation of epithelial cell proliferation / methyl-CpG binding / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / mitotic spindle assembly ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Kori, S. / Arita, K. / Yoshimi, S.

資金援助

日本, 4件

組織	認可番号	国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	JP18H02392	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	JP19H05294	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	JP19H05741	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	JP19J22030	日本

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structure-based screening combined with computational and biochemical analyses identified the inhibitor targeting the binding of DNA Ligase 1 to UHRF1.
著者: Kori, S. / Shibahashi, Y. / Ekimoto, T. / Nishiyama, A. / Yoshimi, S. / Yamaguchi, K. / Nagatoishi, S. / Ohta, M. / Tsumoto, K. / Nakanishi, M. / Defossez, P.A. / Ikeguchi, M. / Arita, K.

履歴

登録	2021年7月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年1月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7fb7.cif.gz	188.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7fb7.ent.gz	124.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7fb7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7fb7_validation.pdf.gz	995.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7fb7_full_validation.pdf.gz	998.8 KB	表示
XML形式データ	7fb7_validation.xml.gz	21.2 KB	表示
CIF形式データ	7fb7_validation.cif.gz	32.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/7fb7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fb/7fb7	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5yyaS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2l6g-d 3ltl-1 6ved-d 6o8k-1 4oiy-2 6hoe-d 6bpi-d 6ho8-d 3u3z-d 6vyj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (2) #139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#116 - 2009年8月
硫酸転移酵素 (Sulfotransferases)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (2)
#139 - 2011年7月
DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase)
類似性 (1)
#56 - 2004年8月
カスパーゼ (Caspases)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1

B: E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1

ヘテロ分子

37.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry
18.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	147.120, 147.120, 110.440
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32
Space group name Hall	R32"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z #3: -x+y,-x,z #4: x-y,-y,-z #5: -x,-x+y,-z #6: y,x,-z #7: x+1/3,y+2/3,z+2/3 #8: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3 #9: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3 #10: x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/3 #11: -x+1/3,-x+y+2/3,-z+2/3 #12: y+1/3,x+2/3,-z+2/3 #13: x+2/3,y+1/3,z+1/3 #14: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3 #15: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3 #16: x-y+2/3,-y+1/3,-z+1/3 #17: -x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/3 #18: y+2/3,x+1/3,-z+1/3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-430- HOH
2	1	A-493- HOH
3	1	A-575- HOH
4	1	B-409- HOH
5	1	B-583- HOH

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1 / Inverted CCAAT box-binding protein of 90 kDa / Nuclear protein 95 / Nuclear zinc finger protein ...Inverted CCAAT box-binding protein of 90 kDa / Nuclear protein 95 / Nuclear zinc finger protein Np95 / HuNp95 / hNp95 / RING finger protein 106 / RING-type E3 ubiquitin transferase UHRF1 / Transcription factor ICBP90 / Ubiquitin-like PHD and RING finger domain-containing protein 1 / hUHRF1 / Ubiquitin-like-containing PHD and RING finger domains protein 1 分子量: 18249.287 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UHRF1, ICBP90, NP95, RNF106 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96T88, RING-type E3 ubiquitin transferase

#1: タンパク質

E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1 / Inverted CCAAT box-binding protein of 90 kDa / Nuclear protein 95 / Nuclear zinc finger protein ...

分子量: 18249.287 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UHRF1, ICBP90, NP95, RNF106 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96T88, RING-type E3 ubiquitin transferase

-
非ポリマー , 5種, 564分子

#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-8NF / 5-amino-2,4-dimethylpyridine 分子量: 122.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₀N₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 554 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.97 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES (pH7.5), 45% v/v MPD, 0.2 M Ammonium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→44.14 Å / Num. obs: 157937 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.7 % / B_iso Wilson estimate: 21.62 Å² / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 21.2
反射シェル	解像度: 1.45→1.48 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 80771 / CC_1/2: 0.768 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データスケーリング
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
Coot		モデル構築
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5YYA

5yya

解像度: 1.45→44.14 Å / SU ML: 0.1528 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.5686
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1733	7925	5.02 %
R_work	0.1576	150012	-
obs	0.1584	157937	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→44.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2513	0	67	554	3134

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0138	2682
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.4926	3650
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1192	382
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.016	481
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.5036	376

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.45-1.47	0.2632	232	0.2698	4984	X-RAY DIFFRACTION	100
1.47-1.48	0.2589	252	0.2594	5020	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.48-1.5	0.2542	283	0.2457	4982	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5-1.52	0.2588	276	0.2412	5028	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.52-1.54	0.2573	261	0.2283	4973	X-RAY DIFFRACTION	99.92
1.54-1.56	0.234	266	0.2114	5035	X-RAY DIFFRACTION	99.92
1.56-1.58	0.2083	254	0.2126	4962	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.58-1.61	0.2245	252	0.2089	5051	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.61-1.63	0.259	286	0.2212	4998	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.63-1.66	0.2238	232	0.225	4998	X-RAY DIFFRACTION	100
1.66-1.69	0.2434	304	0.2147	5004	X-RAY DIFFRACTION	100
1.69-1.72	0.2414	294	0.2038	4931	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.72-1.75	0.205	283	0.1871	5064	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.75-1.79	0.1731	296	0.1792	4905	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.83	0.2098	242	0.1769	5021	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.83-1.87	0.1783	295	0.1713	4985	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.87-1.92	0.2194	276	0.1724	4976	X-RAY DIFFRACTION	99.83
1.92-1.97	0.1856	251	0.1706	5013	X-RAY DIFFRACTION	99.91
1.97-2.03	0.1977	243	0.1777	5010	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.03-2.09	0.1657	277	0.1669	4993	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.09-2.17	0.1804	277	0.1543	5017	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.17-2.25	0.2057	242	0.1559	5012	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.25-2.36	0.1873	277	0.1589	4966	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.36-2.48	0.1781	246	0.1613	5006	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.48-2.63	0.1579	237	0.1584	5034	X-RAY DIFFRACTION	99.77
2.63-2.84	0.1593	247	0.1499	5020	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.84-3.12	0.1729	280	0.143	4995	X-RAY DIFFRACTION	99.92
3.12-3.58	0.1543	238	0.1345	5016	X-RAY DIFFRACTION	99.79
3.58-4.5	0.1426	258	0.1157	5001	X-RAY DIFFRACTION	99.92
4.51-44.14	0.1369	268	0.1535	5012	X-RAY DIFFRACTION	99.79

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.20404449329	1.43389698891	0.164417377119	1.16608018816	0.082128381271	1.39664432605	-0.0536785042448	-0.0605187860245	0.245575931701	-0.0893666026006	0.0414802412622	0.000581887185269	-0.0677048001467	-0.0057986870658	-0.00630084083473	0.187299824586	0.0220370597828	0.00097717156895	0.175979093368	0.00968251317638	0.148020126987	29.9273627593	40.5196372874	47.4460008266
2	5.93990637196	-1.72112627915	-1.6430301811	9.12425158514	1.7568617605	3.62517940667	0.0179424809844	-0.0393560988758	-0.333752651403	0.213667378387	-0.199503905302	-0.656130946549	0.356967881263	0.10563221908	0.122156841985	0.202055582605	0.000451589188001	-0.0181996663227	0.211884537407	-0.0249377517438	0.21719634119	24.8752336798	22.2482616389	45.4165031988
3	0.87241747627	0.279127994112	0.195181514363	1.83126801344	0.383338222257	0.968737433911	-0.052370084954	0.0811972060471	-0.0727092139656	-0.0620122373345	-0.0272809479244	-0.0213948685297	0.116030620224	0.0378002793506	0.0836729471058	0.171699726196	0.0239395579377	0.00921391241873	0.193890472483	-0.0109801173636	0.142706735883	26.9682223769	31.9688021496	47.2201863727
4	3.98001274655	1.83613650249	2.22525253192	9.35432364854	5.66935049189	3.77720238662	-0.222131829762	-0.126024491155	0.248291664064	-0.6053942243	-0.29563550467	0.600068382888	-0.535016666518	-0.657634739807	0.657783641729	0.256776247009	0.0140261001774	-0.0494775988218	0.221723173459	-0.0411667691419	0.289186582997	12.3185041722	23.5360881693	33.8659121489
5	4.96833656383	0.371625231878	1.22530375591	4.96321837439	1.12926486318	5.05679126755	0.00178855126642	0.333657867394	-0.214490626863	-0.384249042359	0.0624198648718	0.136076396237	-0.063368344434	-0.0260105300768	-0.00408913427527	0.220817637095	0.00270902209735	0.0100610794489	0.179003147234	-0.0464855508259	0.22018198256	17.3070799973	14.9587666954	29.0923364224
6	2.81857417335	-2.27804087712	-0.481190867484	2.4945215279	-0.500340176763	7.29410065067	0.0304637441483	-0.73282684292	-1.08910937402	0.810291177024	-0.187813797558	-0.00835290835232	1.42124998096	0.00862153780579	-0.0266384387349	0.514125074542	-0.0306344700738	0.00337352604943	0.319246295227	0.0946989787792	0.422299906274	19.1751599312	5.76559194416	43.6256968466
7	3.8039067861	1.14109920136	0.429723218909	6.03011511416	2.79715332473	5.00783809664	-0.0574181259725	0.225120190294	-0.368810194671	-0.384482717023	0.2338890132	-0.106558399594	-0.00227245456633	0.236222042603	-0.162976469785	0.194191008875	0.0313890260127	0.0125221196317	0.1412646654	-0.0255838113377	0.219023981985	20.4216407135	11.3821891786	31.6355413773
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12	1.23816504745	-0.307651302104	-0.949517071796	1.24756979107	-0.587425884198	1.60624614162	-0.0669854415514	-0.308705843123	-0.209490885517	-0.0666535082505	-0.106165858294	-0.0145875804311	0.119323095296	0.332461328885	0.204728381855	0.177583479662	0.0636488061942	-0.00868151579548	0.279975369153	0.01618270087	0.213867633086	60.2656698998	18.2447556774	48.7970023728
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14	4.94983879433	-2.55314959351	0.443468085528	2.47209994531	-0.452976043831	5.56375677375	0.0196210206714	-0.331990906014	-1.25724538262	0.0329271415814	0.184181034384	0.555454679801	0.750039017723	0.161705692581	-0.0839607172987	0.2358760165	0.0505523823599	-0.0146958916156	0.263821220143	0.0653276238771	0.414250650468	46.6136625302	19.2154707999	53.7667057033

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 122 through 139 )	A	A	122 - 139	1 - 18
2	2	chain 'A' and (resid 140 through 150 )	A	A	140 - 150	19 - 29
3	3	chain 'A' and (resid 151 through 206 )	A	A	151 - 206	30 - 76
4	4	chain 'A' and (resid 207 through 213 )	A	A	207 - 213	77 - 83
5	5	chain 'A' and (resid 214 through 227 )	A	A	214 - 227	84 - 97
6	6	chain 'A' and (resid 228 through 236 )	A	A	228 - 236	98 - 106
7	7	chain 'A' and (resid 237 through 248 )	A	A	237 - 248	107 - 118
8	8	chain 'A' and (resid 249 through 261 )	A	A	249 - 261	119 - 131
9	9	chain 'A' and (resid 262 through 271 )	A	A	262 - 271	132 - 141
10	10	chain 'A' and (resid 272 through 285 )	A	A	272 - 285	142 - 155
11	11	chain 'B' and (resid 128 through 180 )	B	B	128 - 180	1 - 44
12	12	chain 'B' and (resid 181 through 213 )	B	B	181 - 213	45 - 77
13	13	chain 'B' and (resid 214 through 274 )	B	B	214 - 274	78 - 138
14	14	chain 'B' and (resid 275 through 285 )	B	B	275 - 285	139 - 149

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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