PDB-7ere: Crystal structure of human Biliverdin IX-beta reductase B with Py...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ere

タイトル

Crystal structure of human Biliverdin IX-beta reductase B with Pyrantel Pamoate (PPA)

要素

Flavin reductase (NADPH)

キーワード

OXIDOREDUCTASE / platelets / Biliverdin reductase B / BLVRB / inhibitors / NADP / Pyrantel Pamoate

機能・相同性

機能・相同性情報

FMN reductase (NADH) activity / biliverdin reductase [NAD(P)H] activity / flavin reductase (NADPH) / FMN reductase (NADPH) activity / 酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; NADまたはNADPを用いる / 転移酵素; 含窒素の基を移すもの; その他の含窒素の基を移すもの / megakaryocyte differentiation / riboflavin reductase (NADPH) activity / heme catabolic process / Heme degradation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Griesinger, C. / Lee, D. / Ryu, K.S. / Kim, M. / Ha, J.H.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Repositioning Food and Drug Administration-Approved Drugs for Inhibiting Biliverdin IX beta Reductase B as a Novel Thrombocytopenia Therapeutic Target.
著者: Kim, M. / Ha, J.H. / Choi, J. / Kim, B.R. / Gapsys, V. / Lee, K.O. / Jee, J.G. / Chakrabarti, K.S. / de Groot, B.L. / Griesinger, C. / Ryu, K.S. / Lee, D.

履歴

登録	2021年5月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年1月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ere.cif.gz	421.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ere.ent.gz	286.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ere.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/7ere ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/7ere	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7er6C 7er7C 7er8C 7er9C 7eraC 7erbC 7ercC 7erdC 1he5S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7erb-1 7erb-2 7er6-d 7era-d 7erc-d 7er9-d 1vpa-d 1kaq-1 7er7-d 7er8-d 1n4m-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Flavin reductase (NADPH)

B: Flavin reductase (NADPH)

C: Flavin reductase (NADPH)

D: Flavin reductase (NADPH)

ヘテロ分子

94.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Flavin reductase (NADPH)

B: Flavin reductase (NADPH)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
47.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Flavin reductase (NADPH)

D: Flavin reductase (NADPH)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.982, 117.381, 81.970
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Flavin reductase (NADPH) / FR / Biliverdin reductase B / BVR-B / Biliverdin-IX beta-reductase / Green heme-binding protein / ...FR / Biliverdin reductase B / BVR-B / Biliverdin-IX beta-reductase / Green heme-binding protein / GHBP / NADPH-dependent diaphorase / NADPH-flavin reductase / FLR 分子量: 22286.494 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BLVRB, FLR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P30043, flavin reductase (NADPH), biliverdin reductase
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-JBR / 4-[(3-carboxy-2-oxidanyl-naphthalen-1-yl)methyl]-3-oxidanyl-naphthalene-2-carboxylic acid / パモ酸分子量: 388.370 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₁₆O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 792 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.38 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 1.9-2.0M Ammonium sulfate, 0.1M Bis-tris(pH 6.5)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 0.97942 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97942 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→47.72 Å / Num. obs: 107048 / % possible obs: 99.63 % / 冗長度: 10.2 % / B_iso Wilson estimate: 15.42 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.09368 / Net I/σ(I): 11.92
反射シェル	解像度: 1.6→1.657 Å / R_merge(I) obs: 0.3682 / Num. unique obs: 10523 / CC_1/2: 0.927

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000	1.16_3549	データ収集
HKL-2000	1.16_3549	データスケーリング
PHENIX		モデル構築
PHENIX	1.19.2	精密化
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1HE5

1he5

解像度: 1.6→47.72 Å / SU ML: 0.1718 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 20.1875
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.198	1999	1.87 %
R_work	0.1709	104890	-
obs	0.1714	106889	99.64 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→47.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6232	0	343	792	7367

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0088	6839
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.042	9401
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0601	1079
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0065	1182
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.0881	5360

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.64	0.2782	144	0.2491	7386	X-RAY DIFFRACTION	98.94
1.64-1.68	0.2621	138	0.227	7393	X-RAY DIFFRACTION	99.68
1.68-1.73	0.2525	136	0.2155	7402	X-RAY DIFFRACTION	99.64
1.73-1.79	0.2314	145	0.1958	7439	X-RAY DIFFRACTION	99.71
1.79-1.85	0.1986	143	0.182	7409	X-RAY DIFFRACTION	99.67
1.85-1.93	0.2184	140	0.1708	7451	X-RAY DIFFRACTION	99.88
1.93-2.02	0.1871	139	0.1659	7451	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.02-2.12	0.2102	145	0.162	7485	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.12-2.26	0.1822	140	0.1571	7462	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.26-2.43	0.1822	147	0.1556	7508	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.43-2.67	0.1976	140	0.1599	7540	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.67-3.06	0.195	147	0.1676	7554	X-RAY DIFFRACTION	99.91
3.06-3.86	0.171	147	0.1539	7631	X-RAY DIFFRACTION	99.92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.00270774212	-0.935710729993	-0.277015675444	2.19042918693	-0.623109778256	0.878592880229	-0.408012280735	-0.116548676015	0.254032692338	0.253678095592	0.150810207039	-0.326438884417	-0.23295882717	0.284937035459	0.0951418138111	0.123563642232	0.0136027986428	-0.0160977220629	0.178594956449	-0.015718468465	0.137073508773	15.8344286387	-23.2749909059	20.8055957159
2	0.82197465418	-0.138874975696	-0.219476014059	0.759192573929	-0.0561493819401	1.57822570589	-0.076831788348	-0.0743469025789	0.0862682164651	0.0178264061266	0.0213613032756	-0.104568423089	-0.488021680705	0.226175654843	0.0271862412452	0.163897847303	-0.040530165423	-0.0283650792212	0.115104397884	-0.00184291467676	0.110805562219	11.8599415093	-17.8918384145	21.6421013351
3	1.66471145541	0.195053262821	0.114993452829	0.901024334598	0.326512387252	1.75592078142	-0.105937932712	0.189370755435	0.22192910238	-0.155367555303	0.00609925025749	0.0497994819339	-0.437398717539	0.0548909821216	0.0656505062626	0.129197039128	0.00619761403384	-0.0234668251095	0.110912471074	0.0220237233621	0.118471997893	7.25670110774	-21.4290778119	11.519138671
4	4.40772227478	-1.40248860591	-0.227570541056	1.36927635416	0.111525554108	0.939731797213	0.0580710015471	0.21177057501	-0.0339643775685	-0.0876559382934	-0.0437770333708	-0.0406008007266	-0.0296142044368	0.0838545843537	-0.0415530442719	0.0787699243048	0.00515707531467	0.00555254343001	0.128377229228	-0.00343250398118	0.0999374901771	8.57538627419	-33.9037849238	10.2420172268
5	1.32834134792	-0.302461815049	0.174559568342	0.805865345083	0.186575270016	1.39676623069	-0.0322609672925	-0.0470850358005	-0.0933324534617	0.0520535150487	0.0193690891199	0.059478809605	0.0727080187879	-0.164933258629	0.0241596648993	0.0618547599903	0.0180609038443	0.00391865093561	0.107716044037	0.00343099515022	0.110630896265	-2.02206574475	-34.3997572351	20.784273033
6	1.07093224469	0.461417337252	-0.0727052970903	3.26783678794	-0.2151918617	0.911302226704	0.111117958393	-0.138335366671	0.0552628802692	-0.0941688495249	-0.166881548687	0.0100526415941	-0.206907543351	-0.403498402825	0.0320438561344	0.137705891509	0.0619346511324	0.00818311848672	0.134553837742	-0.015269075017	0.0637609236467	-0.940509479836	-26.7606375482	34.8304382913
7	0.832418081244	0.219175798954	0.132042980785	1.27830370798	-0.0243570888626	1.08680172336	-0.0149498033326	-0.126173732037	-0.033639394971	0.172905027686	-0.0044472078118	-0.0355392147486	-0.0784608712015	0.0236472077836	0.022032452019	0.121734828942	0.0316241949288	-0.00148799156711	0.139019308742	0.0020525077973	0.0970843571396	5.13060700592	-27.4435973902	31.6884883326
8	0.744106283716	-0.434872154965	-0.304056306423	2.55886027811	-0.795828548836	1.52931690052	-0.056436537739	-0.109994272447	0.13743151687	-0.341713663628	-0.0405248082746	-0.412295983495	0.222434126613	0.306966202866	0.0574593460709	0.403575164975	-0.0644742835226	0.0582539762981	0.089788939944	0.0244759190241	0.213930820349	0.518762093225	-61.1137143926	2.79794019455
9	0.586061731269	-0.123087606563	0.722132540405	2.55579811885	-0.767382792654	1.00959873855	0.0471861979131	0.00708869168923	-0.0132569106345	-0.296394364347	-0.0465338676035	0.0755369994181	0.488670761462	-0.212922953034	0.0262638298841	0.316216367817	-0.0863682516793	0.011920361482	0.155801361229	-0.0174297676365	0.130157276531	-9.09089928427	-51.2923460024	-3.49411133771
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11	0.512153704654	0.458109919956	0.444965071466	2.22502730055	-0.575041322854	0.890875193222	-0.397998813344	0.224544388409	-0.196791410492	-0.264960411833	0.19073127798	-0.282124787261	0.266555151791	0.383699952709	0.0991975484658	0.0751384233437	-0.0177139413856	0.0276352222423	0.216363410649	-0.0211207385865	0.110203335734	15.6064098069	-35.6353709696	-20.8654935926
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23	1.17091579627	-0.158042116995	-0.0259980528596	1.67251499878	-0.343447039615	0.555252392281	-0.0691485336375	0.184361490098	0.0546243986386	-0.328021431387	0.0427167329826	0.0780654816429	-0.159449294844	0.0633579442843	-0.036514772391	0.136128320852	-0.049915114105	0.0186498051815	0.150540211994	0.0139919760373	0.0831365566807	4.04315492446	-27.7550640111	-33.4619557651
24	1.16359822923	0.669909806694	0.384787322561	1.95318584847	-0.236183954983	1.39244009313	-0.0143797020372	-0.0154112605568	-0.0459884234204	0.147327506353	-0.018393089719	-0.227333056419	-0.142798229099	0.164289044013	0.0421657614066	0.248496095395	0.0468936096811	-0.0080473197913	0.0977884122304	0.0162132021677	0.158191776848	1.40278513024	2.78717114631	-2.83229672583
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26	2.2520390275	0.338364198824	-0.36610316158	2.44881071531	-0.144928096359	1.33824351664	-0.111952367727	0.342594224268	-0.0489917626018	-0.273005989883	0.122644057896	0.424501661787	-0.156865719287	-0.353517402989	0.0168118292554	0.244319364927	0.0678064004097	-0.0371656082843	0.224420068748	0.00717816307327	0.216515985824	-13.7807021702	-5.06956731115	-11.9684190841

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 13 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 14 through 34 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 35 through 85 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 86 through 101 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 102 through 155 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 156 through 174 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 175 through 206 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 1 through 57 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 58 through 122 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 123 through 206 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 0 through 13 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 14 through 34 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 35 through 48 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 49 through 57 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 58 through 73 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 74 through 85 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 86 through 101 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 102 through 122 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 123 through 142 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 143 through 155 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 156 through 174 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 175 through 190 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 191 through 206 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 1 through 57 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 58 through 142 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 143 through 206 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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