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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7dyy | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of VIM-2 MBL in complex with 1-((2-aminobenzo[d]thiazol-6-yl)methyl)-1H-imidazole-2-carboxylic acid | ||||||||||||
要素 | Beta-lactamase class B VIM-2 | ||||||||||||
キーワード | HYDROLASE / Metallo-beta-lactamase VIM-2 / VIM-2 | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.798 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Yan, Y.-H. / Li, G.-B. | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2022 タイトル: Structure-guided optimization of 1H-imidazole-2-carboxylic acid derivatives affording potent VIM-Type metallo-beta-lactamase inhibitors. 著者: Yan, Y.H. / Li, W. / Chen, W. / Li, C. / Zhu, K.R. / Deng, J. / Dai, Q.Q. / Yang, L.L. / Wang, Z. / Li, G.B. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7dyy.cif.gz | 105.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7dyy.ent.gz | 78.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7dyy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7dyy_validation.pdf.gz | 994.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7dyy_full_validation.pdf.gz | 1003 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7dyy_validation.xml.gz | 20.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7dyy_validation.cif.gz | 28.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/7dyy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/7dyy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7du1C 7dubC 7dueC 7duxC 7duyC 7duzC 7dv0C 7dv1C 7dyzC 7dz0C 7dz1C 5lcaS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24679.439 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Pseudomonas aeruginosa / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: blaVIM-2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9K2N0 #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.05 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.2M Magnesium Formate, 23-30% (v/v) Polyethylene glycol 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 195 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 X CdTe 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月29日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.798→98.03 Å / Num. obs: 26848 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 23.35 Å2 / CC1/2: 0.919 / Rmerge(I) obs: 0.482 / Rpim(I) all: 0.221 / Rrim(I) all: 0.532 / Net I/σ(I): 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5LCA 解像度: 1.798→51.841 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 40.35 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 88.34 Å2 / Biso mean: 29.013 Å2 / Biso min: 10.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.798→51.841 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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