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万見
- PDB-7cl0: Crystal structure of human SIRT6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7cl0
タイトルCrystal structure of human SIRT6
要素
  • NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-6
  • THR-ALA-ARG-LYS-SER-THR-GLY
キーワードTRANSFERASE / deacylase
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3K56 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H3K18 deacetylase activity, NAD-dependent / ketone biosynthetic process / histone H3K9 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H3K9 deacetylase activity, NAD-dependent / protein delipidation / NAD+-protein-lysine ADP-ribosyltransferase activity / chromosome, subtelomeric region / regulation of lipid catabolic process / positive regulation of protein localization to chromatin ...histone H3K56 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H3K18 deacetylase activity, NAD-dependent / ketone biosynthetic process / histone H3K9 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H3K9 deacetylase activity, NAD-dependent / protein delipidation / NAD+-protein-lysine ADP-ribosyltransferase activity / chromosome, subtelomeric region / regulation of lipid catabolic process / positive regulation of protein localization to chromatin / NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase activity / DNA damage sensor activity / NAD-dependent protein demyristoylase activity / NAD-dependent protein depalmitoylase activity / positive regulation of stem cell differentiation / negative regulation of D-glucose import across plasma membrane / positive regulation of chondrocyte proliferation / transposable element silencing / cardiac muscle cell differentiation / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity / protein acetyllysine N-acetyltransferase / pericentric heterochromatin formation / protein deacetylation / histone deacetylase activity, NAD-dependent / positive regulation of blood vessel branching / protein localization to site of double-strand break / negative regulation of glycolytic process / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of protein localization to chromatin / histone deacetylase regulator activity / TORC2 complex binding / negative regulation of protein import into nucleus / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / regulation of protein secretion / positive regulation of double-strand break repair / DNA repair-dependent chromatin remodeling / positive regulation of stem cell proliferation / negative regulation of gene expression, epigenetic / lncRNA binding / NAD+-protein mono-ADP-ribosyltransferase activity / positive regulation of stem cell population maintenance / positive regulation of telomere maintenance / negative regulation of cellular senescence / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / regulation of lipid metabolic process / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / site of DNA damage / NAD+ poly-ADP-ribosyltransferase activity / NAD+ binding / negative regulation of gluconeogenesis / positive regulation of fat cell differentiation / subtelomeric heterochromatin formation / pericentric heterochromatin / regulation of protein localization to plasma membrane / response to UV / nucleosome binding / enzyme regulator activity / nucleotidyltransferase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / positive regulation of protein export from nucleus / determination of adult lifespan / circadian regulation of gene expression / positive regulation of insulin secretion / regulation of circadian rhythm / base-excision repair / protein destabilization / chromatin DNA binding / Pre-NOTCH Transcription and Translation / positive regulation of fibroblast proliferation / protein import into nucleus / transcription corepressor activity / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / double-strand break repair / glucose homeostasis / positive regulation of cold-induced thermogenesis / site of double-strand break / Processing of DNA double-strand break ends / damaged DNA binding / chromatin remodeling / negative regulation of cell population proliferation / intracellular membrane-bounded organelle / chromatin binding / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Sirtuin family / : / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AR6 / tetradecanethial / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / NAD-dependent protein deacylase sirtuin-6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.53 Å
データ登録者Song, K. / Zhang, J.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2021
タイトル: Reply to: Binding site for MDL-801 on SIRT6.
著者: Huang, Z. / Zhao, J. / Deng, W. / Chen, Y. / Shang, J. / Song, K. / Zhang, L. / Wang, C. / Lu, S. / Yang, X. / He, B. / Min, J. / Hu, H. / Tan, M. / Xu, J. / Zhang, Q. / Zhong, J. / Sun, X. / ...著者: Huang, Z. / Zhao, J. / Deng, W. / Chen, Y. / Shang, J. / Song, K. / Zhang, L. / Wang, C. / Lu, S. / Yang, X. / He, B. / Min, J. / Hu, H. / Tan, M. / Xu, J. / Zhang, Q. / Zhong, J. / Sun, X. / Mao, Z. / Lin, H. / Xiao, M. / Chin, Y.E. / Jiang, H. / Shen, H. / Xu, Y. / Chen, G. / Zhang, J.
履歴
登録2020年7月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年5月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42025年9月17日Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-6
D: THR-ALA-ARG-LYS-SER-THR-GLY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,31222
ポリマ－40,0882
非ポリマー2,22420
水4,216234
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4970 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area14310 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)161.795, 161.795, 161.795
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number213
Space group name H-MP4132
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-204-

HOH

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AD

#1: タンパク質 NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-6 / Regulatory protein SIR2 homolog 6 / SIR2-like protein 6


分子量: 39180.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIRT6, SIR2L6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8N6T7, protein acetyllysine N-acetyltransferase
#2: タンパク質・ペプチド THR-ALA-ARG-LYS-SER-THR-GLY


分子量: 906.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 7種, 254分子

#3: 化合物 ChemComp-AR6 / [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE / Adenosine-5-Diphosphoribose


分子量: 559.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N5O14P2
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-G4U / tetradecanethial


分子量: 228.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28S
#8: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.06 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M Mes pH 6.5, 20% W/v PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2019年1月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.53→114.41 Å / Num. obs: 24693 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 22.4 % / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 24
反射 シェル解像度: 2.53→2.62 Å / Num. unique obs: 2416 / CC1/2: 0.836

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
Cootモデル構築
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5X16

5x16


解像度: 2.53→114.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.897 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.868 / SU B: 6.606 / SU ML: 0.145 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.247 / ESU R Free: 0.217 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2479 1251 5.1 %RANDOM
Rwork0.2064 ---
obs0.2085 23434 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 154.33 Å2 / Biso mean: 45.614 Å2 / Biso min: 16.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.53→114.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2337 0 131 234 2702
Biso mean--60.6 44.38 -
残基数----301
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0192516
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022440
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0752.0243396
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1243.0015616
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0175301
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.71422.059102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.02415414
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7981528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2379
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212686
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02539
LS精密化 シェル解像度: 2.532→2.598 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.367 95 -
Rwork0.278 1673 -
all-1768 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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