PDB-7c8a: Peroxiredoxin from Aeropyrum pernix K1 (ApPrx) C50S/F80C/C207S/C2...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7c8a

タイトル

Peroxiredoxin from Aeropyrum pernix K1 (ApPrx) C50S/F80C/C207S/C213S mutant modified with 2-(bromoacetyl)naphthalene(Naph@ApPrx*)

要素

Peroxiredoxin

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Peroxiredoxin

機能・相同性

機能・相同性情報

thioredoxin-dependent peroxiredoxin / peroxiredoxin activity / thioredoxin peroxidase activity / antioxidant activity / cell redox homeostasis / hydrogen peroxide catabolic process / cellular response to hydrogen peroxide / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Aeropyrum pernix K1 (好気性超好熱古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Himiyama, T. / Nakamura, T.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Bioconjug.Chem. / 年: 2021
タイトル: Rebuilding Ring-Type Assembly of Peroxiredoxin by Chemical Modification.
著者: Himiyama, T. / Tsuchiya, Y. / Yonezawa, Y. / Nakamura, T.

履歴

登録	2020年5月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年12月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年2月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7c8a.cif.gz	517.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7c8a.ent.gz	414.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7c8a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7c8a_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7c8a_full_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示
XML形式データ	7c8a_validation.xml.gz	98.6 KB	表示
CIF形式データ	7c8a_validation.cif.gz	133.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/7c8a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/7c8a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7c87C 7c89C 7cqjC 6krkS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6krp-d 7c89-d 6krm-d 6krq-d 3a2x-d 2cv4-d 6krs-d 3a2v-d 2e2m-d 6krk-d 2e2g-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Peroxiredoxin

B: Peroxiredoxin

C: Peroxiredoxin

D: Peroxiredoxin

E: Peroxiredoxin

F: Peroxiredoxin

G: Peroxiredoxin

H: Peroxiredoxin

I: Peroxiredoxin

J: Peroxiredoxin

ヘテロ分子

290 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.999, 103.081, 105.029
Angle α, β, γ (deg.)	105.936, 104.945, 92.381
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Peroxiredoxin / Thioredoxin peroxidase / ApTPx 分子量: 28651.797 Da / 分子数: 10 / 変異: C50S, F80C, C207S, C213S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aeropyrum pernix K1 (好気性超好熱古細菌) 株: K1 / 遺伝子: APE_2278 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y9L0, peroxiredoxin
#2: 化合物	ChemComp-FL3 / 1-naphthalen-2-ylethanone / 2-アセチルナフタレン分子量: 170.207 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₀O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 854 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.56 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: The reservoir solution contained 0.10 M sodium citrate (pH5.5) 0.20 M lithium sulfate 15% (v/v) reagent alcohol.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 169516 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.7 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 11.8
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / R_merge(I) obs: 0.535 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 8322 / CC_1/2: 0.833

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6KRK

6krk

解像度: 2.1→49.244 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 4.967 / SU ML: 0.127 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.184 / ESU R Free: 0.168 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2172	8444	4.986 %
R_work	0.1661	160920	-
all	0.169	-	-
obs	-	169364	97.842 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.142 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.002 Å²	0.004 Å²	0 Å²
2-	-	0.005 Å²	0.003 Å²
3-	-	-	-0.004 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→49.244 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19680	0	260	854	20794

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	20490
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	19180
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.594	1.657	27870
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.097	1.582	44180
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.957	5	2430
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.599	19.829	1170
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.229	15	3340
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	14.629	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.593	15	220
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	2570
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	22820
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	4780
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	4384
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	19382
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	9828
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.094	0.2	9532
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	877
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.103	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.306	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.255	0.2	96
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.265	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.904	3.83	9750
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.903	3.829	9749
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.988	5.727	12170
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.987	5.728	12171
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.14	4.358	10740
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.139	4.358	10737
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.217	6.338	15700
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.217	6.338	15701
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.038	45.206	23330
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.033	45.107	23235

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.094-2.148	0.309	613	0.27	11637	X-RAY DIFFRACTION	95.6807
2.148-2.207	0.274	590	0.237	11551	X-RAY DIFFRACTION	97.2447
2.207-2.271	0.272	601	0.217	11222	X-RAY DIFFRACTION	97.4932
2.271-2.341	0.253	552	0.197	10975	X-RAY DIFFRACTION	97.5542
2.341-2.418	0.257	541	0.191	10569	X-RAY DIFFRACTION	97.5931
2.418-2.503	0.252	505	0.182	10343	X-RAY DIFFRACTION	97.8708
2.503-2.597	0.231	511	0.178	9876	X-RAY DIFFRACTION	97.9536
2.597-2.703	0.233	505	0.172	9607	X-RAY DIFFRACTION	98.1462
2.703-2.823	0.238	464	0.176	9224	X-RAY DIFFRACTION	98.2157
2.823-2.961	0.224	479	0.17	8741	X-RAY DIFFRACTION	98.3572
2.961-3.121	0.245	446	0.175	8346	X-RAY DIFFRACTION	98.4326
3.121-3.31	0.224	419	0.164	7956	X-RAY DIFFRACTION	98.5874
3.31-3.538	0.211	378	0.158	7420	X-RAY DIFFRACTION	98.3727
3.538-3.821	0.2	359	0.15	6756	X-RAY DIFFRACTION	96.0448
3.821-4.185	0.181	354	0.14	6341	X-RAY DIFFRACTION	98.3257
4.185-4.678	0.163	324	0.122	5766	X-RAY DIFFRACTION	99.0244
4.678-5.4	0.173	287	0.131	5107	X-RAY DIFFRACTION	99.2639
5.4-6.609	0.222	221	0.163	4329	X-RAY DIFFRACTION	99.2799
6.609-9.325	0.181	196	0.147	3324	X-RAY DIFFRACTION	99.4069
9.325-49.244	0.246	99	0.178	1830	X-RAY DIFFRACTION	98.5692

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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