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万見
- PDB-7brs: E.coli beta-galactosidase (E537Q) in complex with fluorescent pro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7brs
タイトルE.coli beta-galactosidase (E537Q) in complex with fluorescent probe KSA02
要素Beta-galactosidase
キーワードHYDROLASE / beta_galactosidase / fluorescent probe
機能・相同性
機能・相同性情報


alkali metal ion binding / lactose catabolic process / beta-galactosidase complex / beta-galactosidase / beta-galactosidase activity / carbohydrate binding / magnesium ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 2, beta-galactosidase / Beta galactosidase small chain/ domain 5 / Beta-galactosidase, domain 4 / Beta galactosidase small chain / Beta-galactosidase, domain 4 / Beta galactosidase small chain / : / Glycoside hydrolase, family 2, active site / Glycosyl hydrolases family 2 acid/base catalyst. / Glycoside hydrolase, family 2, conserved site ...Glycoside hydrolase, family 2, beta-galactosidase / Beta galactosidase small chain/ domain 5 / Beta-galactosidase, domain 4 / Beta galactosidase small chain / Beta-galactosidase, domain 4 / Beta galactosidase small chain / : / Glycoside hydrolase, family 2, active site / Glycosyl hydrolases family 2 acid/base catalyst. / Glycoside hydrolase, family 2, conserved site / Glycosyl hydrolases family 2 signature 1. / Glycoside hydrolase, family 2 / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain / Glycoside hydrolase, family 2, immunoglobulin-like beta-sandwich / Glycosyl hydrolases family 2 / Beta-Galactosidase/glucuronidase domain superfamily / Glycoside hydrolase-type carbohydrate-binding / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Galactose-binding-like domain superfamily / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-F4X / Beta-galactosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.67 Å
データ登録者Chen, X. / Hu, Y.L. / Gao, Y. / Yuan, R. / Guo, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21977082, 21472148, 21807088, 81872747 中国
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Two-Dimensional Design Strategy to Construct Smart Fluorescent Probes for the Precise Tracking of Senescence.
著者: Gao, Y. / Hu, Y. / Liu, Q. / Li, X. / Li, X. / Kim, C.Y. / James, T.D. / Li, J. / Chen, X. / Guo, Y.
履歴
登録2020年3月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22021年5月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-galactosidase
B: Beta-galactosidase
C: Beta-galactosidase
D: Beta-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)473,07070
ポリマ－466,7544
非ポリマー6,31666
水6,882382
1
A: Beta-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,59321
ポリマ－116,6891
非ポリマー1,90420
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,13316
ポリマ－116,6891
非ポリマー1,44515
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Beta-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,28918
ポリマ－116,6891
非ポリマー1,60117
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Beta-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,05515
ポリマ－116,6891
非ポリマー1,36614
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)246.653, 84.423, 240.650
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.430, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Beta-galactosidase / Beta-gal / Lactase


分子量: 116688.547 Da / 分子数: 4 / 変異: E537Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: lacZ, b0344, JW0335 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00722, beta-galactosidase

-
非ポリマー , 6種, 448分子

#2: 化合物
ChemComp-F4X / 8-[2-[(E)-2-[4-[(2S,3R,4S,5R,6R)-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxyphenyl]ethenyl]-3,3-dimethyl-indol-1-ium-1-yl]octanoic acid


分子量: 568.678 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H42NO8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物...
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 382 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.41 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 100mM Bis-Tris, pH=5.9, 200mM NaCl, 200mM MgCl2, 10% PEG8000, 10% glycerol, 0.1M guanidine hydrochloride, 10mM DTT

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13C1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年7月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.67→30.04 Å / Num. obs: 140020 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 1 % / CC1/2: 0.87 / Rpim(I) all: 0.068 / Rrim(I) all: 0.156 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 2.67→2.72 Å / 冗長度: 1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 6908 / CC1/2: 0.87 / CC star: 0.965 / Rpim(I) all: 0.307 / Rrim(I) all: 0.701 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6KUZ

6kuz


解像度: 2.67→30.04 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2444 6843 4.89 %
Rwork0.2003 133129 -
obs0.2024 139972 99.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 194.68 Å2 / Biso mean: 69.9823 Å2 / Biso min: 11.57 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.67→30.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数31727 0 369 382 32478
Biso mean--75.26 44.21 -
残基数----4063
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.67-2.70030.34452320.2832432399
2.7003-2.73210.31682150.268441899
2.7321-2.76540.30222370.2648437699
2.7654-2.80040.32632630.2604437599
2.8004-2.83720.30752260.25374389100
2.8372-2.8760.32072100.24824404100
2.876-2.91710.30192450.23534409100
2.9171-2.96060.2832190.23784424100
2.9606-3.00680.30342240.23934399100
3.0068-3.05610.28612230.23464422100
3.0561-3.10870.2972300.23544440100
3.1087-3.16520.26642220.21734428100
3.1652-3.2260.27122180.2174397100
3.226-3.29170.27852300.2194415100
3.2917-3.36320.22542310.2024461100
3.3632-3.44140.25542410.2154422100
3.4414-3.52730.23682060.20034471100
3.5273-3.62250.24782290.20274405100
3.6225-3.72890.22912280.19244455100
3.7289-3.8490.21742370.18744439100
3.849-3.98630.22382320.18914422100
3.9863-4.14550.22582230.18044450100
4.1455-4.33370.21672520.17524435100
4.3337-4.56140.19942390.15814410100
4.5614-4.84610.21952260.16244491100
4.8461-5.21850.23932090.18234518100
5.2185-5.74030.20812140.1894440898
5.7403-6.56340.26852220.2034543100
6.5634-8.24080.21262370.18824522100
8.2408-30.040.21542230.18784658100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0918-0.09360.4957-0.2306-0.07542.0233-0.016-0.40980.07680.0134-0.2202-0.14990.7284-1.06340.16370.9434-0.35820.18050.5964-0.23680.3672-15.8481-42.568734.0602
21.0720.0003-0.8176-0.16070.06882.06760.10030.5873-0.12310.0244-0.2353-0.15-0.697-1.09060.07760.80880.3572-0.01560.7107-0.2040.3267-19.385-13.794383.945
30.8967-0.06260.63310.1851-0.05711.9064-0.2737-0.42290.3680.0353-0.1610.056-0.1441-0.97350.34910.54480.0834-0.02520.6851-0.38570.6253-36.2727-18.4151-9.8235
41.4270.0427-0.92970.2842-0.13021.7198-0.23820.6798-0.57530.0249-0.16220.11820.183-0.92910.29660.4094-0.07840.02550.6994-0.42460.6826-46.607-38.0052124.2866
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq 4:1201)A4 - 1201
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resseq 4:1102)B4 - 1102
3X-RAY DIFFRACTION3(chain C and resseq 4:1102)C4 - 1102
4X-RAY DIFFRACTION4(chain D and resseq 4:1102)D4 - 1102

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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