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- PDB-7bia: Crystal structure of human GSTP1 bound to iberin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bia
タイトルCrystal structure of human GSTP1 bound to iberin
要素Glutathione S-transferase P
キーワードTRANSFERASE / Glutathione transferase / ligandin
機能・相同性
機能・相同性情報


S-nitrosoglutathione binding / nitric oxide storage / negative regulation of biosynthetic process / TRAF2-GSTP1 complex / kinase regulator activity / negative regulation of leukocyte proliferation / dinitrosyl-iron complex binding / common myeloid progenitor cell proliferation / glutathione derivative biosynthetic process / hepoxilin biosynthetic process ...S-nitrosoglutathione binding / nitric oxide storage / negative regulation of biosynthetic process / TRAF2-GSTP1 complex / kinase regulator activity / negative regulation of leukocyte proliferation / dinitrosyl-iron complex binding / common myeloid progenitor cell proliferation / glutathione derivative biosynthetic process / hepoxilin biosynthetic process / negative regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / negative regulation of JUN kinase activity / nitric oxide binding / linoleic acid metabolic process / Glutathione conjugation / negative regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / JUN kinase binding / Paracetamol ADME / glutathione peroxidase activity / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / negative regulation of interleukin-1 beta production / negative regulation of MAPK cascade / regulation of stress-activated MAPK cascade / prostaglandin metabolic process / Detoxification of Reactive Oxygen Species / negative regulation of acute inflammatory response / glutathione transferase / negative regulation of tumor necrosis factor production / glutathione transferase activity / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / negative regulation of fibroblast proliferation / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / xenobiotic metabolic process / glutathione metabolic process / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of superoxide anion generation / negative regulation of MAP kinase activity / central nervous system development / fatty acid binding / response to reactive oxygen species / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of protein kinase activity / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cellular response to lipopolysaccharide / secretory granule lumen / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, Pi class / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase, C-terminal / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTATHIONE / 1-isothiocyanato-3-methylsulfinyl-propane / Glutathione S-transferase P
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å
データ登録者Schwartz, M. / Neiers, F.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR) フランス
引用ジャーナル: Food Chem / 年: 2022
タイトル: Role of human salivary enzymes in bitter taste perception.
著者: Schwartz, M. / Brignot, H. / Feron, G. / Hummel, T. / Zhu, Y. / von Koskull, D. / Heydel, J.M. / Lirussi, F. / Canon, F. / Neiers, F.
履歴
登録2021年1月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutathione S-transferase P
B: Glutathione S-transferase P
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9247
ポリマ－46,7562
非ポリマー1,1685
水7,314406
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4470 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area17540 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)77.410, 89.780, 68.854
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.052, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-624-

HOH

21B-502-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Glutathione S-transferase P / GST class-pi / GSTP1-1


分子量: 23377.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GSTP1, FAEES3, GST3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09211, glutathione transferase
#2: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-TVQ / 1-isothiocyanato-3-methylsulfinyl-propane / iberin


分子量: 163.261 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NOS2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 406 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M MES pH 6.0, 25% PEG8000, 0.02M CaCl2, 5mM DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→46.84 Å / Num. obs: 48004 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 22.22 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rpim(I) all: 0.026 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 1.73→1.76 Å / Rmerge(I) obs: 0.362 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique obs: 2189 / CC1/2: 0.957 / Rpim(I) all: 0.154 / % possible all: 82.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17_3644精密化
pointlessデータ削減
pointlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5X79

5x79


解像度: 1.73→44.89 Å / SU ML: 0.1728 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.0075
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2138 2482 5.17 %
Rwork0.1775 45481 -
obs0.1794 47963 99.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 27.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.73→44.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3274 0 73 406 3753
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00693413
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.90064624
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0522508
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051597
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.54211288
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.73-1.770.26451200.20342136X-RAY DIFFRACTION83.99
1.77-1.80.22551210.19932560X-RAY DIFFRACTION99.7
1.8-1.840.2771300.20192515X-RAY DIFFRACTION99.89
1.84-1.880.24781410.20952531X-RAY DIFFRACTION99.81
1.88-1.930.27961540.20442525X-RAY DIFFRACTION99.85
1.93-1.980.21451470.19012546X-RAY DIFFRACTION99.78
1.98-2.040.22921390.19172559X-RAY DIFFRACTION100
2.04-2.110.23051520.18822507X-RAY DIFFRACTION99.85
2.11-2.180.20381400.1862532X-RAY DIFFRACTION99.93
2.18-2.270.2151420.17952553X-RAY DIFFRACTION99.93
2.27-2.370.21071470.18412552X-RAY DIFFRACTION100
2.37-2.50.22221360.18672540X-RAY DIFFRACTION99.96
2.5-2.650.19281420.18262535X-RAY DIFFRACTION99.81
2.65-2.860.25381220.19012576X-RAY DIFFRACTION99.96
2.86-3.150.22641270.18922568X-RAY DIFFRACTION99.96
3.15-3.60.22131490.17062551X-RAY DIFFRACTION100
3.6-4.540.18381410.15022590X-RAY DIFFRACTION99.96
4.54-44.890.18361320.16352605X-RAY DIFFRACTION99.71

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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