PDB-7bfa: 4-(2-(3-(4-iodophenyl)thioureido)ethyl)benzenesulfonamide in comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7bfa

タイトル

4-(2-(3-(4-iodophenyl)thioureido)ethyl)benzenesulfonamide in complex with Carbonic Anhydrase II

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

LYASE / carbonic anhydrase II / inhibitors / sulfonamide

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / regulation of chloride transport / arylesterase activity / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Angeli, A. / Ferraroni, M.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structural Insights into Schistosoma mansoni Carbonic Anhydrase (SmCA) Inhibition by Selenoureido-Substituted Benzenesulfonamides.
著者: Angeli, A. / Ferraroni, M. / Da'dara, A.A. / Selleri, S. / Pinteala, M. / Carta, F. / Skelly, P.J. / Supuran, C.T.

履歴

登録	2021年1月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年1月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年5月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7bfa.cif.gz	76.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7bfa.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7bfa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7bfa_validation.pdf.gz	715.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7bfa_full_validation.pdf.gz	715.7 KB	表示
XML形式データ	7bfa_validation.xml.gz	13.8 KB	表示
CIF形式データ	7bfa_validation.cif.gz	20.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bf/7bfa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bf/7bfa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6qqmC 7bg5C 7bhhC 7bm4C 7nexC 7ng1C 7nwyC 7o2sC 7o48C 7oa1C 4fikS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4qsa-d 5dsp-d 1eou-d 6sys-d 3caj-d 6ymb-d 3qyk-d 2pov-d 1cnb-d 1ccu-d 6rvf-d 3p5l-d 5jep-d 2h15-d 6oum-d 4e3h-d 4knj-d 4qsi-d 6u4q-d 3n3j-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

29.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.450, 41.600, 72.250
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.500, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II 分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-TKE / 1-(4-iodophenyl)-3-[2-(4-sulfamoylphenyl)ethyl]thiourea 分子量: 461.341 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₆IN₃O₂S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.67 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 1.5-1.7 M sodium citrate 0.1 M Tris pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 0.9999 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→41.6 Å / Num. obs: 31428 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 12.3 % / CC_1/2: 0.89 / R_merge(I) obs: 0.063 / R_pim(I) all: 0.019 / R_rim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 28.5
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / R_merge(I) obs: 0.122 / Num. unique obs: 1482 / CC_1/2: 0.65 / R_pim(I) all: 0.052 / R_rim(I) all: 0.133

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4FIK

4fik

解像度: 1.6→40.121 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 1.307 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.084 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.182	1531	4.878 %
R_work	0.1461	29856	-
all	0.148	-	-
obs	-	31387	96.62 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.924 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.108 Å²	-0 Å²	0.056 Å²
2-	-	-0.235 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.086 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→40.121 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2036	0	30	205	2271

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	2199
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2024
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.87	1.637	3004
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.464	1.597	4701
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.054	5	280
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.228	23.796	108
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.46	15	361
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.541	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	271
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	2594
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	500
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.245	0.2	407
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.195	0.2	1920
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	1025
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	1003
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.14	0.2	132
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.003	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.046	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.219	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.172	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.113	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.466	1.076	1055
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.467	1.079	1056
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.263	1.606	1320
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.283	1.609	1321
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.013	1.317	1144
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.011	1.317	1145
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.584	1.879	1672
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.583	1.88	1673
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.993	13.121	2429
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.992	13.127	2430

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.642	0.21	97	0.132	2147	X-RAY DIFFRACTION	94.2066
1.642-1.687	0.2	93	0.148	2127	X-RAY DIFFRACTION	95.6484
1.687-1.735	0.274	109	0.184	2043	X-RAY DIFFRACTION	95.4324
1.735-1.789	0.204	104	0.173	1976	X-RAY DIFFRACTION	95.2381
1.789-1.847	0.177	100	0.144	1968	X-RAY DIFFRACTION	95.5196
1.847-1.912	0.184	101	0.144	1874	X-RAY DIFFRACTION	96.9087
1.912-1.984	0.201	120	0.141	1818	X-RAY DIFFRACTION	96.6102
1.984-2.065	0.192	98	0.146	1750	X-RAY DIFFRACTION	96.7539
2.065-2.157	0.183	91	0.144	1672	X-RAY DIFFRACTION	96.7618
2.157-2.262	0.168	78	0.141	1650	X-RAY DIFFRACTION	97.0787
2.262-2.384	0.163	78	0.145	1545	X-RAY DIFFRACTION	97.1275
2.384-2.529	0.208	79	0.146	1468	X-RAY DIFFRACTION	97.4181
2.529-2.703	0.167	86	0.14	1378	X-RAY DIFFRACTION	97.6651
2.703-2.919	0.152	68	0.152	1289	X-RAY DIFFRACTION	97.6962
2.919-3.198	0.199	54	0.157	1221	X-RAY DIFFRACTION	98.0769
3.198-3.574	0.164	56	0.15	1081	X-RAY DIFFRACTION	98.0172
3.574-4.125	0.152	38	0.119	983	X-RAY DIFFRACTION	98.6473
4.125-5.048	0.104	20	0.104	845	X-RAY DIFFRACTION	98.4073
5.048-7.12	0.215	42	0.167	647	X-RAY DIFFRACTION	98.5694
7.12-40.121	0.169	19	0.169	374	X-RAY DIFFRACTION	97.7612

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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