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- PDB-7bdq: MAPK14 bound with SR300 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bdq
タイトルMAPK14 bound with SR300
要素Mitogen-activated protein kinase 14
キーワードTRANSFERASE / p38a / Inhibitor / MAPK14 / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


p38MAPK events / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Platelet sensitization by LDL / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / ERK/MAPK targets / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / NOD1/2 Signaling Pathway / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Oxidative Stress Induced Senescence / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation ...p38MAPK events / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Platelet sensitization by LDL / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / ERK/MAPK targets / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / NOD1/2 Signaling Pathway / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Oxidative Stress Induced Senescence / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / Myogenesis / VEGFA-VEGFR2 Pathway / regulation of synaptic membrane adhesion / stress-induced premature senescence / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / cartilage condensation / positive regulation of myoblast fusion / cellular response to UV-B / mitogen-activated protein kinase p38 binding / positive regulation of myotube differentiation / NFAT protein binding / glucose import / negative regulation of hippo signaling / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / p38MAPK cascade / fatty acid oxidation / cellular response to lipoteichoic acid / response to muramyl dipeptide / response to dietary excess / MAP kinase activity / regulation of ossification / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / mitogen-activated protein kinase / positive regulation of myoblast differentiation / chondrocyte differentiation / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / stress-activated MAPK cascade / skeletal muscle tissue development / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / striated muscle cell differentiation / response to muscle stretch / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of brown fat cell differentiation / Neutrophil degranulation / osteoclast differentiation / positive regulation of erythrocyte differentiation / DNA damage checkpoint signaling / positive regulation of glucose import / stem cell differentiation / cellular response to ionizing radiation / response to insulin / bone development / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / cell morphogenesis / placenta development / cellular response to virus / spindle pole / positive regulation of protein import into nucleus / osteoblast differentiation / glucose metabolic process / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / MAPK cascade / cellular response to tumor necrosis factor / kinase activity / peptidyl-serine phosphorylation / cellular response to lipopolysaccharide / protein phosphatase binding / angiogenesis / transcription by RNA polymerase II / response to lipopolysaccharide / protein kinase activity / intracellular signal transduction / nuclear speck / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / glutamatergic synapse / DNA damage response / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / : / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. ...Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / : / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-TJZ / Mitogen-activated protein kinase 14
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Schroeder, M. / Roehm, S. / Joerger, A. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Development of a Selective Dual Discoidin Domain Receptor (DDR)/p38 Kinase Chemical Probe.
著者: Rohm, S. / Berger, B.T. / Schroder, M. / Chatterjee, D. / Mathea, S. / Joerger, A.C. / Pinkas, D.M. / Bufton, J.C. / Tjaden, A. / Kovooru, L. / Kudolo, M. / Pohl, C. / Bullock, A.N. / Muller, ...著者: Rohm, S. / Berger, B.T. / Schroder, M. / Chatterjee, D. / Mathea, S. / Joerger, A.C. / Pinkas, D.M. / Bufton, J.C. / Tjaden, A. / Kovooru, L. / Kudolo, M. / Pohl, C. / Bullock, A.N. / Muller, S. / Laufer, S. / Knapp, S.
履歴
登録2020年12月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,3875
ポリマ－41,3951
非ポリマー9924
水50428
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area800 Å2
ΔGint14 kcal/mol
Surface area15980 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)65.027, 73.041, 74.347
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 14 / MAPK 14 / CRK1 / Mitogen-activated protein kinase p38 alpha / MAP kinase p38 alpha


分子量: 41395.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mapk14, Crk1, Csbp1, Csbp2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P47811, mitogen-activated protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-TJZ / ~{N}-[(2~{S})-4-cyclohexyl-1-[[(3~{R})-1-methylsulfonylpiperidin-3-yl]amino]-1-oxidanylidene-butan-2-yl]-4-[[(1-phenylpyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-yl)amino]methyl]benzamide


分子量: 672.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H44N8O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.32 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 14% HMW PgSmear, 0.1M MES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→48.95 Å / Num. obs: 9622 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.4 % / CC1/2: 0.977 / Rmerge(I) obs: 0.217 / Rpim(I) all: 0.11 / Rrim(I) all: 0.244 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.75-2.94.61.544628413760.4460.7741.7352.799.7
8.7-48.953.90.09114143610.9870.0470.1038.899.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
Aimless0.7.4データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5lar

5lar


解像度: 2.75→48.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU B: 36.044 / SU ML: 0.35 / SU R Cruickshank DPI: 0.3594 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.398 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2616 461 4.8 %RANDOM
Rwork0.2155 ---
obs0.2178 9124 99.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 110 Å2 / Biso mean: 47.177 Å2 / Biso min: 19.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.4 Å20 Å2-0 Å2
2---0.49 Å20 Å2
3----0.91 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.75→48.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2596 0 68 28 2692
Biso mean--56.81 43.93 -
残基数----336
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0132730
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172525
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3991.6333725
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.191.65781
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9865334
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.6522.385130
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.50115407
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4891514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0550.2363
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023198
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02622
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.822 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.437 27 -
Rwork0.311 674 -
all-701 -
obs--99.57 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.8552-1.1173-1.69993.54382.53994.450.20620.0620.6962-0.3238-0.03950.2956-0.5245-0.4733-0.16670.06650.00990.01310.50040.06770.21734.48933.19519.681
25.36811.44890.6822.12770.64312.9289-0.115-0.21670.42370.0689-0.00110.2217-0.1553-0.02270.11610.01980.0298-0.00390.34970.0030.041320.21832.37723.671
33.99882.54053.32941.78210.686715.1675-0.62150.79590.3217-0.51640.54170.25920.59930.52480.07980.2467-0.05450.02110.52510.05160.440832.70832.8167.298
42.62750.12721.20131.23140.76662.9066-0.04130.0723-0.0918-0.12560.1078-0.4725-0.2030.5878-0.06650.02610.00970.02350.5202-0.06490.231939.7733.25215.422
54.5061-0.4153-2.40444.7326-0.502411.2482-0.22290.1164-0.2282-0.09070.06150.32960.5222-0.41490.16140.1575-0.0255-0.0820.3214-0.03480.14566.97719.50712.388
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 78
2X-RAY DIFFRACTION2A79 - 185
3X-RAY DIFFRACTION3A186 - 202
4X-RAY DIFFRACTION4A203 - 324
5X-RAY DIFFRACTION5A325 - 353

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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