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万見
- PDB-7bay: Crystal structure of CbpF from Streptococcus pneumoniae complexed... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bay
タイトルCrystal structure of CbpF from Streptococcus pneumoniae complexed with a Ytterbium derivative
要素Choline-binding protein F
キーワードCHOLINE-BINDING PROTEIN
機能・相同性Choline-binding repeat / Putative cell wall binding repeat / Cell wall/choline-binding repeat / Cell wall-binding repeat profile. / CHOLINE ION / TRIETHYLENE GLYCOL / neutral Yb(III)-caged complex / Choline-binding protein F
機能・相同性情報
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Martinez Caballero, S. / Hermoso, J.A.
引用ジャーナル: Acs Appl Bio Mater / 年: 2021
タイトル: First Lanthanide Complex for De Novo Phasing in Native Protein Crystallography at 1 angstrom Radiation
著者: Prieto-Castaneda, A. / Martinez-Caballero, S. / Agarrabeitia, A.R. / Garcia-Moreno, I. / Moya, S.D.L. / Ortiz, M.J. / Hermoso, J.A.
履歴
登録2020年12月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.country / _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AA: Choline-binding protein F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,99712
ポリマ－36,3231
非ポリマー1,67411
水79344
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2740 Å2
ΔGint39 kcal/mol
Surface area17690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.904, 52.207, 73.990
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 AA

#1: タンパク質 Choline-binding protein F


分子量: 36322.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (strain ATCC BAA-255 / R6) (肺炎レンサ球菌)
株: ATCC BAA-255 / R6 / 遺伝子: cbpF, spr0337 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8DR52

-
非ポリマー , 5種, 55分子

#2: 化合物
ChemComp-CHT / CHOLINE ION


分子量: 104.171 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H14NO
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-T7K / neutral Yb(III)-caged complex / 8-[(4-hydroxyphenyl)methyl]-2,17,18-trioxa-5,8,11,14-tetraza-1(gamma)-ytterbatricyclo[9.6.3.25,14]docosane-3,16,19-trione / Yb(III) clathrochelate


分子量: 622.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N4O7Yb
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.74 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: ammonium sulfate PEG 8000 sodium cacodylate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→47.53 Å / Num. obs: 13491 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.4 % / Biso Wilson estimate: 55.52 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rpim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2.65→2.78 Å / Rmerge(I) obs: 0.708 / Num. unique obs: 1761 / Rpim(I) all: 0.262

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18_3855精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2V05

2v05


解像度: 2.65→47.53 Å / SU ML: 0.3217 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.1208
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2419 613 4.56 %
Rwork0.2008 12841 -
obs0.2028 13454 99.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 58.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→47.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2580 0 103 44 2727
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00182763
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.39583744
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0375337
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0016465
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.4762396
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.65-2.920.3341560.29413151X-RAY DIFFRACTION99.82
2.92-3.340.25851370.24833164X-RAY DIFFRACTION99.79
3.34-4.210.2361540.19173186X-RAY DIFFRACTION99.61
4.21-47.530.22041660.17033340X-RAY DIFFRACTION99.32
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.23785835409-1.34993945386-1.37697368594.26901667494-1.182439390073.808879467620.3586554704450.525477827161.15709600483-0.517878826064-0.01906451238460.111340292414-0.4471023563770.0332372134873-0.3391676569870.5715537482360.05902458877420.1415237965990.4664182679260.1531853333720.7303171116589.4940372170645.2113281422-5.92439369001
24.02295527228-1.3224351578-0.451152561012.21324818707-0.6924252947823.157711470230.368197124406-0.0007212922075040.568920485155-0.1138187266310.004339046964350.230191279096-0.115601070272-0.0599191991079-0.3292731778170.315933835301-0.01702563722410.02276632340680.3136210780970.01890961264460.49862892950411.423707707135.4319400377-0.286646393142
32.121313414720.616832675664-0.3507735826480.548386749742-0.1007637546650.9608280403510.2553123623980.08303364956820.5529253615110.320439465128-0.1277546190140.00677753897027-0.186942114515-0.111677860898-0.02079445994650.4502069073360.04932033593020.1358353808830.5180951504080.021729939910.465581148222-0.36403639920535.77324422313.1089504024
43.10120015965-0.614476805285-1.083457033822.46798883593-2.136487881114.089320020740.02669012225590.3694666346280.6006756693060.062241012648-0.0723302566921-0.384502832081-0.0667474152410.3684103867450.1026951602980.3248135502630.02837990354330.06281648283180.4101020826390.07398322803380.43843206468719.891310584930.18490088252.68525366625
51.36614251989-0.7570949924770.6990102024782.96796219368-1.654633641284.105137964310.372680177082-0.02023059880110.00964244115886-0.129666311162-0.275499480604-0.430749390441-0.0284314219410.00520692301552-0.06869042393730.2756443512530.03917239558480.005383536981330.3544975173120.05375839960080.31647324976819.158759935716.45653262686.95018713602
61.39575516660.4336599008050.3143730148351.34538490602-0.6314510762650.492828280904-0.268576546094-0.2334266685190.4242210878210.5617407728840.4958584380390.0265985634456-0.571008705380.0874824605725-0.2178210604120.5109466177010.0375969621931-0.05185736239970.5702597391430.03278233617280.43797630897417.360503064621.562933901719.9587543899
71.176196605971.008506664721.01014374843.072957238970.2024245699163.119134015320.142646355005-0.296864018168-0.278587774560.0664511703748-0.0575784820110.640734691169-0.376125720205-0.267610621457-0.1530854852690.4301177157610.02312410282210.05949101276480.506543855130.06430141365810.33249728460213.366460679710.59984580819.1779967436
80.348543269688-0.00520677145615-0.137896277073.08442519611-2.340257041732.389035077860.0579574964920.07554936851940.0797558619467-0.0945642064920.1579851751940.09001608731810.0601245908509-0.0715613598353-0.2045974513740.331886571218-0.0237179987759-0.01806010891280.4557630328780.04844242776090.35403320523618.1255500118-8.5918914322634.4104698189
91.67892771456-0.9908364556751.75304355491.44552669332-2.485090696744.49278134104-0.243780542360.338138777046-0.145925769762-0.4594592429280.5109216511790.5370305885210.863228899569-0.938387765465-0.08894084769920.470815619214-0.05245019561510.005515760101050.5887399223830.1518308344170.5712232203649.93030581428-24.480844174846.0934650454
103.28763901506-1.296236650512.796170618374.487626162080.2085091272975.47430286242-0.142245868673-0.53912204914-0.7631086414140.774784834309-0.00366037496888-0.1929320252371.019563378480.1184221888220.0003686141526860.5817959096090.1024260967880.1554104729750.6501786013230.1150083666150.53271333686814.9205281874-28.49337912955.9332980661
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: AA / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'AA' and (resid 1 through 25 )1 - 251 - 25
22chain 'AA' and (resid 26 through 50 )26 - 5026 - 50
33chain 'AA' and (resid 51 through 72 )51 - 7251 - 72
44chain 'AA' and (resid 73 through 109 )73 - 10973 - 109
55chain 'AA' and (resid 110 through 144 )110 - 144110 - 144
66chain 'AA' and (resid 145 through 165 )145 - 165145 - 165
77chain 'AA' and (resid 166 through 193 )166 - 193166 - 193
88chain 'AA' and (resid 194 through 265 )194 - 265194 - 265
99chain 'AA' and (resid 266 through 286 )266 - 286266 - 286
1010chain 'AA' and (resid 287 through 311 )287 - 311287 - 311

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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