PDB-7b9w: Crystal structure of MurE from E.coli in complex with Z757284380

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7b9w

タイトル

Crystal structure of MurE from E.coli in complex with Z757284380

要素

UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-2 / 6-diaminopimelate ligase cell wall biosynthesis ligase drug target / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / fragment screening

機能・相同性

機能・相同性情報

UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase / UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / magnesium ion binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.82 Å

データ登録者

Koekemoer, L. / Steindel, M. / Fairhead, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / von Delft, F. / Krojer, T. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of MurE from E.coli
著者: Koekemoer, L. / Steindel, M. / Fairhead, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / von Delft, F. / Krojer, T.

履歴

登録	2020年12月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7b9w.cif.gz	208.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7b9w.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7b9w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7b9w_validation.pdf.gz	762.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7b9w_full_validation.pdf.gz	768.4 KB	表示
XML形式データ	7b9w_validation.xml.gz	36.7 KB	表示
CIF形式データ	7b9w_validation.cif.gz	53.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/7b9w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/7b9w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7b53SC 7b60C 7b61C 7b68C 7b6gC 7b6iC 7b6jC 7b6kC 7b6lC 7b6mC 7b6nC 7b6oC 7b6pC 7b6qC 7b9eC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7b6o-1 7b6m-1 7b6g-1 7b60-1 7b68-1 7b6n-1 7b9e-2 7b6k-2 7b6o-2 7b61-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase

BBB: UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase

ヘテロ分子

107 kDa, 2 ポリマー
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1

AAA: UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
53.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
53.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.409, 58.621, 74.438
Angle α, β, γ (deg.)	97.110, 91.540, 104.841
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase / Meso-A2pm-adding enzyme / Meso-diaminopimelate-adding enzyme / UDP-MurNAc-L-Ala-D-Glu:meso- ...Meso-A2pm-adding enzyme / Meso-diaminopimelate-adding enzyme / UDP-MurNAc-L-Ala-D-Glu:meso-diaminopimelate ligase / UDP-MurNAc-tripeptide synthetase / UDP-N-acetylmuramyl-tripeptide synthetase 分子量: 53493.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: murE, b0085, JW0083 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 詳細 (発現宿主): N-terminal His6-tag -Twin-Strep-tag II -TEV-cleavage site 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): -R3-Rosetta 参照: UniProt: P22188, UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-T4H / 3-Chloro-N-[2-(2,4-dioxo-1,3-thiazolidin-3-yl)ethyl]benzamide / ~{N}-[2-[2,4-bis(oxidanylidene)-1,3-thiazolidin-3-yl]ethyl]-3-chloranyl-benzamide 分子量: 298.745 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₁ClN₂O₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 303 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.07 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1M citrate pH 5.5 11.9% PEG4K 20.1% 2-propanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96862 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96862 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.78→56.36 Å / Num. obs: 88411 / % possible obs: 97.57 % / 冗長度: 3.3 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.074 / R_pim(I) all: 0.048 / R_rim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 8.9
反射シェル	解像度: 1.78→1.81 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 1.619 / Mean I/σ(I) obs: 0.3 / Num. unique obs: 11841 / CC_1/2: 0.314 / R_rim(I) all: 1.93 / % possible all: 96.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7B53

7b53

解像度: 1.82→56.34 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 5.005 / SU ML: 0.138 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.13 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2311	4460	5.112 %
R_work	0.1929	82786	-
all	0.195	-	-
obs	-	87246	96.243 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.71 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.332 Å²	0.914 Å²	-0.362 Å²
2-	-	0.592 Å²	0.244 Å²
3-	-	-	-0.825 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.82→56.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7282	0	27	303	7612

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	7576
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	7202
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.505	1.632	10306
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.317	1.581	16528
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.528	5	989
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.327	21.846	390
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.018	15	1224
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.045	15	57
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	979
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	8855
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1711
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	1366
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.173	0.2	6448
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.152	0.2	3589
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	3690
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	296
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.012	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.241	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.206	0.2	78
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.17	3.88	3928
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.16	3.879	3927
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.576	5.801	4928
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.575	5.801	4929
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.277	4.569	3648
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.276	4.569	3649
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.702	6.613	5376
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.701	6.613	5377
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.596	46.548	8010
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.587	46.441	7970

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.82-1.826	0.4	270	0.392	5270	X-RAY DIFFRACTION	82.1593
1.826-1.876	0.374	293	0.369	5779	X-RAY DIFFRACTION	93.3867
1.876-1.931	0.354	334	0.326	5781	X-RAY DIFFRACTION	96.3144
1.931-1.99	0.297	309	0.297	5625	X-RAY DIFFRACTION	96.645
1.99-2.055	0.308	312	0.269	5500	X-RAY DIFFRACTION	96.8667
2.055-2.127	0.296	263	0.245	5332	X-RAY DIFFRACTION	96.7324
2.127-2.207	0.261	272	0.218	5145	X-RAY DIFFRACTION	97.2706
2.207-2.297	0.248	263	0.21	4961	X-RAY DIFFRACTION	97.4991
2.297-2.4	0.247	246	0.19	4850	X-RAY DIFFRACTION	97.7744
2.4-2.516	0.221	248	0.189	4540	X-RAY DIFFRACTION	97.8941
2.516-2.652	0.242	260	0.188	4373	X-RAY DIFFRACTION	98.0944
2.652-2.813	0.228	230	0.181	4084	X-RAY DIFFRACTION	98.2688
2.813-3.007	0.257	211	0.188	3874	X-RAY DIFFRACTION	98.4812
3.007-3.248	0.227	183	0.184	3677	X-RAY DIFFRACTION	98.6455
3.248-3.557	0.215	171	0.176	3334	X-RAY DIFFRACTION	98.7602
3.557-3.975	0.211	154	0.165	3015	X-RAY DIFFRACTION	98.6613
3.975-4.588	0.193	143	0.147	2678	X-RAY DIFFRACTION	99.1216
4.588-5.614	0.199	132	0.156	2252	X-RAY DIFFRACTION	99.3333
5.614-7.916	0.204	102	0.195	1747	X-RAY DIFFRACTION	99.5156
7.916-56.34	0.162	64	0.161	969	X-RAY DIFFRACTION	99.7104

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