PDB-7b6j: Crystal structure of MurE from E.coli in complex with minifrag su...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7b6j

タイトル

Crystal structure of MurE from E.coli in complex with minifrag succinimide

要素

UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate--2,6-diaminopimelate ligase

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-2 / 6-diaminopimelate ligase cell wall biosynthesis ligase drug target / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / fragment screening

機能・相同性

機能・相同性情報

UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase / UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / magnesium ion binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.09 Å

データ登録者

Koekemoer, L. / Steindel, M. / Fairhead, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / von Delft, F. / Krojer, T. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of MurE from E.coli
著者: Koekemoer, L. / Steindel, M. / Fairhead, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / von Delft, F. / Krojer, T.

履歴

登録	2020年12月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年12月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_low

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7b6j.cif.gz	207.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7b6j.ent.gz	159.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7b6j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b6/7b6j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b6/7b6j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7b53SC 7b60C 7b61C 7b68C 7b6gC 7b6iC 7b6kC 7b6lC 7b6mC 7b6nC 7b6oC 7b6pC 7b6qC 7b9eC 7b9wC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7b6k-1 7b9e-1 7b6q-1 7b6l-2 7b6p-1 7b53-2 7b6i-1 7b61-2 7b6p-2 7b6m-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate--2,6-diaminopimelate ligase

B: UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate--2,6-diaminopimelate ligase

ヘテロ分子

108 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate--2,6-diaminopimelate ligase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
monomer
53.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate--2,6-diaminopimelate ligase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
monomer
53.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.258, 58.291, 74.633
Angle α, β, γ (deg.)	96.824, 91.360, 104.993
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate--2,6-diaminopimelate ligase / Meso-A2pm-adding enzyme / Meso-diaminopimelate-adding enzyme / UDP-MurNAc-L-Ala-D-Glu:meso- ...Meso-A2pm-adding enzyme / Meso-diaminopimelate-adding enzyme / UDP-MurNAc-L-Ala-D-Glu:meso-diaminopimelate ligase / UDP-MurNAc-tripeptide synthetase / UDP-N-acetylmuramyl-tripeptide synthetase 分子量: 53493.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: murE, b0085, JW0083 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 詳細 (発現宿主): N-terminal His6-tag -Twin-Strep-tag II -TEV-cleavage site 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): -R3-Rosetta 参照: UniProt: P22188, UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-SZB / succinimide / pyrrolidine-2,5-dione / pyrrole-2,5-dione / 2,5-pyrrolidinedione / マレイミド分子量: 97.072 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₃NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル分子量: 60.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O / コメント: alkaloid*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 320 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.78 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1M citrate pH 5.5 11.6% PEG4K 18.4% 2-propanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→47.61 Å / Num. obs: 68240 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.6 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 10.2
反射シェル	解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.823 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 4893 / CC_1/2: 0.599 / % possible all: 96.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7B53

7b53

解像度: 2.09→47.61 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 5.087 / SU ML: 0.137 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.162 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2361	3496	5.125 %
R_work	0.183	64712	-
all	0.186	-	-
obs	-	68208	99.534 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.526 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.159 Å²	2.354 Å²	0.502 Å²
2-	-	0.721 Å²	0.994 Å²
3-	-	-	-2.208 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.09→47.61 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7282	0	37	320	7639

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	7575
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	7204
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.487	1.632	10302
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.331	1.582	16529
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.831	5	987
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.682	21.902	389
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.866	15	1218
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.557	15	56
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	978
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	8822
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1706
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	1388
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.175	0.2	6498
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.152	0.2	3610
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	3664
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.194	0.2	328
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.158	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.133	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.205	0.2	94
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.341	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.013	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.059	4.158	3929
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.056	4.157	3926
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.22	6.216	4922
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.22	6.216	4922
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.952	4.69	3646
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.951	4.69	3647
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.936	6.849	5378
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.936	6.849	5379
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.229	49.57	8089
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.229	49.572	8090

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-2.001	0.317	262	0.302	4589	X-RAY DIFFRACTION	95.7371
2.001-2.056	0.31	253	0.271	4594	X-RAY DIFFRACTION	98.8377
2.056-2.115	0.286	226	0.247	4566	X-RAY DIFFRACTION	99.9374
2.115-2.18	0.286	240	0.217	4477	X-RAY DIFFRACTION	99.873
2.18-2.252	0.233	222	0.207	4278	X-RAY DIFFRACTION	99.889
2.252-2.331	0.239	237	0.192	4156	X-RAY DIFFRACTION	99.9772
2.331-2.419	0.27	187	0.188	4013	X-RAY DIFFRACTION	99.9762
2.419-2.517	0.243	210	0.193	3845	X-RAY DIFFRACTION	99.9507
2.517-2.629	0.243	219	0.19	3679	X-RAY DIFFRACTION	100
2.629-2.757	0.255	205	0.178	3531	X-RAY DIFFRACTION	100
2.757-2.906	0.241	182	0.179	3351	X-RAY DIFFRACTION	99.9717
2.906-3.082	0.244	164	0.173	3179	X-RAY DIFFRACTION	100
3.082-3.295	0.229	144	0.174	2980	X-RAY DIFFRACTION	100
3.295-3.558	0.218	153	0.173	2791	X-RAY DIFFRACTION	100
3.558-3.897	0.259	124	0.174	2576	X-RAY DIFFRACTION	99.963
3.897-4.355	0.193	126	0.15	2286	X-RAY DIFFRACTION	100
4.355-5.026	0.201	114	0.143	2047	X-RAY DIFFRACTION	100
5.026-6.148	0.246	105	0.193	1705	X-RAY DIFFRACTION	100
6.148-8.665	0.168	79	0.153	1333	X-RAY DIFFRACTION	100
8.665-73.985	0.251	44	0.207	736	X-RAY DIFFRACTION	99.6169

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