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- PDB-7azs: 70S thermus thermophilus ribosome with bound antibiotic lead SEQ-569 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7azs
タイトル70S thermus thermophilus ribosome with bound antibiotic lead SEQ-569
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 20
  • (50S ribosomal protein ...) x 28
  • (Phe-tRNA) x 5
  • 16S rRNA
  • 23S rRNA
  • 5S rRNA
  • mRNA
キーワードRIBOSOME / translation / RNA / antibiotics
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / cytosolic small ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding ...large ribosomal subunit / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / cytosolic small ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / : / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L31 type A ...30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / : / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / : / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / : / : / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / : / L28p-like / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24
類似検索 - ドメイン・相同性
: / osmium (III) hexammine / Chem-SJH / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL6 ...: / osmium (III) hexammine / Chem-SJH / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Small ribosomal subunit protein bTHX / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein bL17
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Jenner, L.B. / Yusupov, M. / Yusupova, G. / Rak, A.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2023
タイトル: Discovery of natural-product-derived sequanamycins as potent oral anti-tuberculosis agents.
著者: Jidong Zhang / Christine Lair / Christine Roubert / Kwame Amaning / María Belén Barrio / Yannick Benedetti / Zhicheng Cui / Zhongliang Xing / Xiaojun Li / Scott G Franzblau / Nicolas Baurin ...著者: Jidong Zhang / Christine Lair / Christine Roubert / Kwame Amaning / María Belén Barrio / Yannick Benedetti / Zhicheng Cui / Zhongliang Xing / Xiaojun Li / Scott G Franzblau / Nicolas Baurin / Florence Bordon-Pallier / Cathy Cantalloube / Stephanie Sans / Sandra Silve / Isabelle Blanc / Laurent Fraisse / Alexey Rak / Lasse B Jenner / Gulnara Yusupova / Marat Yusupov / Junjie Zhang / Takushi Kaneko / T J Yang / Nader Fotouhi / Eric Nuermberger / Sandeep Tyagi / Fabrice Betoudji / Anna Upton / James C Sacchettini / Sophie Lagrange /
要旨: The emergence of drug-resistant tuberculosis has created an urgent need for new anti-tubercular agents. Here, we report the discovery of a series of macrolides called sequanamycins with outstanding ...The emergence of drug-resistant tuberculosis has created an urgent need for new anti-tubercular agents. Here, we report the discovery of a series of macrolides called sequanamycins with outstanding in vitro and in vivo activity against Mycobacterium tuberculosis (Mtb). Sequanamycins are bacterial ribosome inhibitors that interact with the ribosome in a similar manner to classic macrolides like erythromycin and clarithromycin, but with binding characteristics that allow them to overcome the inherent macrolide resistance of Mtb. Structures of the ribosome with bound inhibitors were used to optimize sequanamycin to produce the advanced lead compound SEQ-9. SEQ-9 was efficacious in mouse models of acute and chronic TB as a single agent, and it demonstrated bactericidal activity in a murine TB infection model in combination with other TB drugs. These results support further investigation of this series as TB clinical candidates, with the potential for use in new regimens against drug-susceptible and drug-resistant TB.
履歴
登録2020年11月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月26日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年4月24日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 ..._chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.value_order

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
16SA: 16S rRNA
S2A: 30S ribosomal protein S2
S3A: 30S ribosomal protein S3
S4A: 30S ribosomal protein S4
S5A: 30S ribosomal protein S5
S6A: 30S ribosomal protein S6
S7A: 30S ribosomal protein S7
S8A: 30S ribosomal protein S8
S9A: 30S ribosomal protein S9
S10A: 30S ribosomal protein S10
S11A: 30S ribosomal protein S11
S12A: 30S ribosomal protein S12
S13A: 30S ribosomal protein S13
S14A: 30S ribosomal protein S14 type Z
S15A: 30S ribosomal protein S15
S16A: 30S ribosomal protein S16
S17A: 30S ribosomal protein S17
S18A: 30S ribosomal protein S18
S19A: 30S ribosomal protein S19
S20A: 30S ribosomal protein S20
THXA: 30S ribosomal protein Thx
ASIA: Phe-tRNA
PSIA: Phe-tRNA
ESIA: Phe-tRNA
MRNA: mRNA
TRNA: Phe-tRNA
23SA: 23S rRNA
5SA: 5S rRNA
L2A: 50S ribosomal protein L2
L3A: 50S ribosomal protein L3
L4A: 50S ribosomal protein L4
L5A: 50S ribosomal protein L5
L6A: 50S ribosomal protein L6
L9A: 50S ribosomal protein L9
L13A: 50S ribosomal protein L13
L14A: 50S ribosomal protein L14
L15A: 50S ribosomal protein L15
L16A: 50S ribosomal protein L16
L17A: 50S ribosomal protein L17
L18A: 50S ribosomal protein L18
L19A: 50S ribosomal protein L19
L20A: 50S ribosomal protein L20
L21A: 50S ribosomal protein L21
L22A: 50S ribosomal protein L22
L23A: 50S ribosomal protein L23
L24A: 50S ribosomal protein L24
L25A: 50S ribosomal protein L25
L27A: 50S ribosomal protein L27
L28A: 50S ribosomal protein L28
L29A: 50S ribosomal protein L29
L30A: 50S ribosomal protein L30
L31A: 50S ribosomal protein L31
L32A: 50S ribosomal protein L32
L33A: 50S ribosomal protein L33
L34A: 50S ribosomal protein L34
L35A: 50S ribosomal protein L35
16SB: 16S rRNA
S2B: 30S ribosomal protein S2
S3B: 30S ribosomal protein S3
S4B: 30S ribosomal protein S4
S5B: 30S ribosomal protein S5
S6B: 30S ribosomal protein S6
S7B: 30S ribosomal protein S7
S8B: 30S ribosomal protein S8
S9B: 30S ribosomal protein S9
S10B: 30S ribosomal protein S10
S11B: 30S ribosomal protein S11
S12B: 30S ribosomal protein S12
S13B: 30S ribosomal protein S13
S14B: 30S ribosomal protein S14 type Z
S15B: 30S ribosomal protein S15
S16B: 30S ribosomal protein S16
S17B: 30S ribosomal protein S17
S18B: 30S ribosomal protein S18
S19B: 30S ribosomal protein S19
S20B: 30S ribosomal protein S20
THXB: 30S ribosomal protein Thx
ASIB: Phe-tRNA
PSIB: Phe-tRNA
ESIB: Phe-tRNA
MRNB: mRNA
23SB: 23S rRNA
5SB: 5S rRNA
L2B: 50S ribosomal protein L2
L3B: 50S ribosomal protein L3
L4B: 50S ribosomal protein L4
L5B: 50S ribosomal protein L5
L6B: 50S ribosomal protein L6
L9B: 50S ribosomal protein L9
L13B: 50S ribosomal protein L13
L14B: 50S ribosomal protein L14
L15B: 50S ribosomal protein L15
L16B: 50S ribosomal protein L16
L17B: 50S ribosomal protein L17
L18B: 50S ribosomal protein L18
L19B: 50S ribosomal protein L19
L20B: 50S ribosomal protein L20
L21B: 50S ribosomal protein L21
L22B: 50S ribosomal protein L22
L23B: 50S ribosomal protein L23
L24B: 50S ribosomal protein L24
L25B: 50S ribosomal protein L25
L27B: 50S ribosomal protein L27
L28B: 50S ribosomal protein L28
L29B: 50S ribosomal protein L29
L30B: 50S ribosomal protein L30
L31B: 50S ribosomal protein L31
L32B: 50S ribosomal protein L32
L33B: 50S ribosomal protein L33
L34B: 50S ribosomal protein L34
L35B: 50S ribosomal protein L35
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,717,5011789
ポリマ－4,513,417111
非ポリマー204,0841678
水31,9951776
1
16SA: 16S rRNA
S2A: 30S ribosomal protein S2
S3A: 30S ribosomal protein S3
S4A: 30S ribosomal protein S4
S5A: 30S ribosomal protein S5
S6A: 30S ribosomal protein S6
S7A: 30S ribosomal protein S7
S8A: 30S ribosomal protein S8
S9A: 30S ribosomal protein S9
S10A: 30S ribosomal protein S10
S11A: 30S ribosomal protein S11
S12A: 30S ribosomal protein S12
S13A: 30S ribosomal protein S13
S14A: 30S ribosomal protein S14 type Z
S15A: 30S ribosomal protein S15
S16A: 30S ribosomal protein S16
S17A: 30S ribosomal protein S17
S18A: 30S ribosomal protein S18
S19A: 30S ribosomal protein S19
S20A: 30S ribosomal protein S20
THXA: 30S ribosomal protein Thx
ASIA: Phe-tRNA
PSIA: Phe-tRNA
ESIA: Phe-tRNA
MRNA: mRNA
TRNA: Phe-tRNA
23SA: 23S rRNA
5SA: 5S rRNA
L2A: 50S ribosomal protein L2
L3A: 50S ribosomal protein L3
L4A: 50S ribosomal protein L4
L5A: 50S ribosomal protein L5
L6A: 50S ribosomal protein L6
L9A: 50S ribosomal protein L9
L13A: 50S ribosomal protein L13
L14A: 50S ribosomal protein L14
L15A: 50S ribosomal protein L15
L16A: 50S ribosomal protein L16
L17A: 50S ribosomal protein L17
L18A: 50S ribosomal protein L18
L19A: 50S ribosomal protein L19
L20A: 50S ribosomal protein L20
L21A: 50S ribosomal protein L21
L22A: 50S ribosomal protein L22
L23A: 50S ribosomal protein L23
L24A: 50S ribosomal protein L24
L25A: 50S ribosomal protein L25
L27A: 50S ribosomal protein L27
L28A: 50S ribosomal protein L28
L29A: 50S ribosomal protein L29
L30A: 50S ribosomal protein L30
L31A: 50S ribosomal protein L31
L32A: 50S ribosomal protein L32
L33A: 50S ribosomal protein L33
L34A: 50S ribosomal protein L34
L35A: 50S ribosomal protein L35
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 2.37 MDa, 56 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,374,436970
ポリマ－2,269,03956
非ポリマー105,397914
水45025
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
16SB: 16S rRNA
S2B: 30S ribosomal protein S2
S3B: 30S ribosomal protein S3
S4B: 30S ribosomal protein S4
S5B: 30S ribosomal protein S5
S6B: 30S ribosomal protein S6
S7B: 30S ribosomal protein S7
S8B: 30S ribosomal protein S8
S9B: 30S ribosomal protein S9
S10B: 30S ribosomal protein S10
S11B: 30S ribosomal protein S11
S12B: 30S ribosomal protein S12
S13B: 30S ribosomal protein S13
S14B: 30S ribosomal protein S14 type Z
S15B: 30S ribosomal protein S15
S16B: 30S ribosomal protein S16
S17B: 30S ribosomal protein S17
S18B: 30S ribosomal protein S18
S19B: 30S ribosomal protein S19
S20B: 30S ribosomal protein S20
THXB: 30S ribosomal protein Thx
ASIB: Phe-tRNA
PSIB: Phe-tRNA
ESIB: Phe-tRNA
MRNB: mRNA
23SB: 23S rRNA
5SB: 5S rRNA
L2B: 50S ribosomal protein L2
L3B: 50S ribosomal protein L3
L4B: 50S ribosomal protein L4
L5B: 50S ribosomal protein L5
L6B: 50S ribosomal protein L6
L9B: 50S ribosomal protein L9
L13B: 50S ribosomal protein L13
L14B: 50S ribosomal protein L14
L15B: 50S ribosomal protein L15
L16B: 50S ribosomal protein L16
L17B: 50S ribosomal protein L17
L18B: 50S ribosomal protein L18
L19B: 50S ribosomal protein L19
L20B: 50S ribosomal protein L20
L21B: 50S ribosomal protein L21
L22B: 50S ribosomal protein L22
L23B: 50S ribosomal protein L23
L24B: 50S ribosomal protein L24
L25B: 50S ribosomal protein L25
L27B: 50S ribosomal protein L27
L28B: 50S ribosomal protein L28
L29B: 50S ribosomal protein L29
L30B: 50S ribosomal protein L30
L31B: 50S ribosomal protein L31
L32B: 50S ribosomal protein L32
L33B: 50S ribosomal protein L33
L34B: 50S ribosomal protein L34
L35B: 50S ribosomal protein L35
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 2.34 MDa, 55 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,343,064819
ポリマ－2,244,37755
非ポリマー98,687764
水28816
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)210.400, 450.100, 626.020
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

-
RNA鎖 , 9種, 15分子 16SA16SBASIAPSIAPSIBESIAESIBMRNAMRNBTRNA23SA23SB5SA5SBASIB

#1: RNA鎖 16S rRNA


分子量: 491071.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
#22: RNA鎖 Phe-tRNA


分子量: 24645.881 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#23: RNA鎖 Phe-tRNA


分子量: 24746.986 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#24: RNA鎖 Phe-tRNA


分子量: 24599.748 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#25: RNA鎖 mRNA


分子量: 9442.393 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
#26: RNA鎖 Phe-tRNA


分子量: 24629.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
#27: RNA鎖 23S rRNA


分子量: 946779.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
#28: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 40152.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579
#57: RNA鎖 Phe-tRNA


分子量: 24613.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)

-
30S ribosomal protein ... , 20種, 40分子 S2AS2BS3AS3BS4AS4BS5AS5BS6AS6BS7AS7BS8AS8BS9AS9BS10AS10BS11AS11BS12AS12BS13AS13BS14AS14BS15AS15BS16AS16B...

#2: タンパク質 30S ribosomal protein S2


分子量: 29317.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80371
#3: タンパク質 30S ribosomal protein S3


分子量: 26751.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80372
#4: タンパク質 30S ribosomal protein S4


分子量: 24373.447 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80373
#5: タンパク質 30S ribosomal protein S5


分子量: 17583.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHQ5
#6: タンパク質 30S ribosomal protein S6 / TS9


分子量: 11988.753 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SLP8
#7: タンパク質 30S ribosomal protein S7


分子量: 18050.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P17291
#8: タンパク質 30S ribosomal protein S8


分子量: 15868.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P0DOY9
#9: タンパク質 30S ribosomal protein S9


分子量: 14410.614 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80374
#10: タンパク質 30S ribosomal protein S10


分子量: 11954.968 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHN7
#11: タンパク質 30S ribosomal protein S11


分子量: 13737.868 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80376
#12: タンパク質 30S ribosomal protein S12


分子量: 14683.476 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHN3
#13: タンパク質 30S ribosomal protein S13


分子量: 14338.861 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80377
#14: タンパク質 30S ribosomal protein S14 type Z


分子量: 7158.725 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P0DOY6
#15: タンパク質 30S ribosomal protein S15


分子量: 10578.407 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SJ76
#16: タンパク質 30S ribosomal protein S16


分子量: 10409.983 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SJH3
#17: タンパク質 30S ribosomal protein S17


分子量: 12325.655 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P0DOY7
#18: タンパク質 30S ribosomal protein S18


分子量: 10258.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SLQ0
#19: タンパク質 30S ribosomal protein S19


分子量: 10605.464 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHP2
#20: タンパク質 30S ribosomal protein S20


分子量: 11736.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80380
#21: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein Thx / S31


分子量: 3350.030 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SIH3

+
50S ribosomal protein ... , 28種, 56分子 L2AL2BL3AL3BL4AL4BL5AL5BL6AL6BL9AL9BL13AL13BL14AL14BL15AL15BL16AL16BL17AL17BL18AL18BL19AL19BL20AL20BL21AL21B...

#29: タンパク質 50S ribosomal protein L2


分子量: 30532.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P60405
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L3


分子量: 22450.213 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHN8
#31: タンパク質 50S ribosomal protein L4 / L1e


分子量: 23271.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHN9
#32: タンパク質 50S ribosomal protein L5


分子量: 21061.596 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHQ0
#33: タンパク質 50S ribosomal protein L6


分子量: 19568.926 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P0DOY8
#34: タンパク質 50S ribosomal protein L9


分子量: 16422.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SLQ1
#35: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 15927.903 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P60488
#36: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 13323.612 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHP8
#37: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 16319.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHQ7
#38: タンパク質 50S ribosomal protein L16


分子量: 15993.909 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P60489
#39: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 13750.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q9Z9H5
#40: タンパク質 50S ribosomal protein L18 / TL24


分子量: 12639.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHQ4
#41: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 17188.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P60490
#42: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 13779.275 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P60491
#43: タンパク質 50S ribosomal protein L21


分子量: 11069.153 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P60492
#44: タンパク質 50S ribosomal protein L22


分子量: 12808.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHP3
#45: タンパク質 50S ribosomal protein L23


分子量: 10759.808 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHP0
#46: タンパク質 50S ribosomal protein L24


分子量: 12085.611 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHP9
#47: タンパク質 50S ribosomal protein L25 / TL5


分子量: 23238.572 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHZ1
#48: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 9529.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P60493
#49: タンパク質 50S ribosomal protein L28


分子量: 11004.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P60494
#50: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 8670.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHP6
#51: タンパク質 50S ribosomal protein L30


分子量: 6799.126 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHQ6
#52: タンパク質 50S ribosomal protein L31


分子量: 8300.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SJE1
#53: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 6722.050 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80339
#54: タンパク質 50S ribosomal protein L33


分子量: 6632.896 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P35871
#55: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 6132.449 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80340
#56: タンパク質 50S ribosomal protein L35


分子量: 7506.178 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SKU1

-
非ポリマー , 5種, 3454分子

#58: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 790 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#59: 化合物...
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#60: 化合物...
ChemComp-OHX / osmium (III) hexammine / osmium(6+) hexaazanide


分子量: 286.365 Da / 分子数: 598 / 由来タイプ: 合成 / 式: H12N6Os
#61: 化合物 ChemComp-SJH / (2R,3S,4R,5R,7S,9S,10S,11R,12S,13R)-12-(((2R,4R,5S,6S)-4,5-dihydroxy-4,6-dimethyltetrahydro-2H-pyran-2-yl)oxy)-2-((S)-1-(((2R,3R,4R,5R,6R)-5-hydroxy-3,4-dimethoxy-6-methyltetrahydro-2H-pyran-2-yl)oxy)propan-2-yl)-10-(((2S,3R,6R,E)-3-hydroxy-4-(methoxyimino)-6-methyltetrahydro-2H-pyran-2-yl)oxy)-3,5,7,9,11,13-hexamethyl-7-(((2-(2-methyl-5-nitro-1H-imidazol-1-yl)ethyl)carbamoyl)oxy)-6,14-dioxooxacyclotetradecan-4-yl 3-methylbutanoate / [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},7~{S},9~{S},10~{S},11~{R},12~{S},13~{R})-2-[(2~{S})-1-[(2~{R},3~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-3,4-dimethoxy-6-methyl-5-oxidanyl-oxan-2-yl]oxypropan-2-yl]-12-[(2~{R},4~{R},5~{S},6~{S})-4,6-dimethyl-4,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-10-[(2~{S},3~{R},4~{E},6~{R})-4-methoxyimino-6-methyl-3-oxidanyl-oxan-2-yl]oxy-3,5,7,9,11,13-hexamethyl-7-[2-(2-methyl-5-nitro-imidazol-1-yl)ethylcarbamoyloxy]-6,14-bis(oxidanylidene)-1-oxacyclotetradec-4-yl] 3-methylbutanoate


分子量: 1188.358 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C56H93N5O22
#62: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1776 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEGMMES 2000, KSCN, Tris-HAc

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 12M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→300 Å / Num. obs: 1062572 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19 % / Biso Wilson estimate: 86.84 Å2 / Rrim(I) all: 0.39 / Net I/σ(I): 9.59
反射 シェル解像度: 3.1→3.2 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.59 / Num. unique obs: 95901 / Rrim(I) all: 3.61

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4v6f

4v6f


解像度: 3.1→256.98 Å / SU ML: 0.4608 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.1134
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2748 31851 3 %
Rwork0.2467 1030644 -
obs0.2475 1062495 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 93.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→256.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数92222 206848 7206 0 306276
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0049330865
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1692500289
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056161795
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007525836
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.747152044
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.140.381810410.351134081X-RAY DIFFRACTION99.89
3.14-3.170.365910960.338734079X-RAY DIFFRACTION99.99
3.17-3.210.35110580.322934134X-RAY DIFFRACTION100
3.21-3.250.34610700.316834165X-RAY DIFFRACTION100
3.25-3.290.342410240.308734232X-RAY DIFFRACTION100
3.29-3.340.323410300.296134245X-RAY DIFFRACTION99.99
3.34-3.390.321210910.289334118X-RAY DIFFRACTION99.99
3.39-3.440.305610490.287934151X-RAY DIFFRACTION99.99
3.44-3.490.301510780.285834144X-RAY DIFFRACTION100
3.49-3.550.324710550.287334188X-RAY DIFFRACTION100
3.55-3.610.307710450.282834164X-RAY DIFFRACTION100
3.61-3.680.323411300.274534207X-RAY DIFFRACTION100
3.68-3.750.290610400.262534267X-RAY DIFFRACTION99.99
3.75-3.820.296610500.257834279X-RAY DIFFRACTION99.99
3.82-3.910.270610290.250334250X-RAY DIFFRACTION99.99
3.91-40.27510340.249734263X-RAY DIFFRACTION100
4-4.10.277110060.248634301X-RAY DIFFRACTION100
4.1-4.210.272810750.245534371X-RAY DIFFRACTION100
4.21-4.330.263810980.245634165X-RAY DIFFRACTION100
4.33-4.470.280510790.248734354X-RAY DIFFRACTION100
4.47-4.630.274910360.244934313X-RAY DIFFRACTION99.99
4.63-4.820.255110770.238334401X-RAY DIFFRACTION100
4.82-5.040.270510250.233234412X-RAY DIFFRACTION99.99
5.04-5.30.26110700.226234419X-RAY DIFFRACTION100
5.3-5.630.237710890.218834458X-RAY DIFFRACTION100
5.63-6.070.236110840.216634521X-RAY DIFFRACTION100
6.07-6.680.25210610.224534610X-RAY DIFFRACTION100
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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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