+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7afx | ||||||
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Title | Crystal structure of the metallo-beta-lactamase VIM2 with 139 | ||||||
Components | Beta-lactamase VIM-2 | ||||||
Keywords | ANTIBIOTIC / HYDROLASE / HYDROLASES / MBL / ANTIBIOTIC RESISTANCE | ||||||
Function / homology | Function and homology information antibiotic catabolic process / beta-lactamase / hydrolase activity / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.636 Å | ||||||
Authors | Brem, J. / Schofield, C.J. | ||||||
Funding support | United Kingdom, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of the metallo-beta-lactamase VIM2 with 139 Authors: Brem, J. / Schofield, C.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7afx.cif.gz | 270.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7afx.ent.gz | 223.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7afx.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7afx_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7afx_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | 7afx_validation.xml.gz | 22.1 KB | Display | |
Data in CIF | 7afx_validation.cif.gz | 33 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/af/7afx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/af/7afx | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7afyC 4bz3S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 25693.488 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa (bacteria) Gene: blaVIM-2, bla vim-2, bla-VIM-2, blasVIM-2, blaVIM2, blm, VIM-2, vim-2, PAERUG_P32_London_17_VIM_2_10_11_06255 Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): pLysS / References: UniProt: Q9K2N0 #2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-FMT / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.11 Å3/Da / Density % sol: 41.82 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.2 M MAGNESIUM FORMATE, 20 % W/V |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04 / Wavelength: 0.91741 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Nov 16, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.91741 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.63→29.14 Å / Num. obs: 49690 / % possible obs: 96.2 % / Redundancy: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 14.14 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rpim(I) all: 0.065 / Rrim(I) all: 0.122 / Net I/σ(I): 9.3 / Num. measured all: 168749 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4BZ3 Resolution: 1.636→29.139 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 17.69 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 56.47 Å2 / Biso mean: 20.1999 Å2 / Biso min: 7.93 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.636→29.139 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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