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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7a4b | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human protein kinase CK2alpha (CSNK2A1 gene product) in complex with the ATP-competitive inhibitor 5,6-dibromo-1H-triazolo[4,5-b]pyridine | ||||||
要素 | Casein kinase II subunit alpha | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / protein kinase CK2 / casein kinase 2 / ATP-competitive inhibitor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of chromosome separation / positive regulation of aggrephagy / WNT mediated activation of DVL / Condensation of Prometaphase Chromosomes / protein kinase CK2 complex / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / Receptor Mediated Mitophagy / Synthesis of PC / Sin3-type complex / Maturation of hRSV A proteins ...regulation of chromosome separation / positive regulation of aggrephagy / WNT mediated activation of DVL / Condensation of Prometaphase Chromosomes / protein kinase CK2 complex / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / Receptor Mediated Mitophagy / Synthesis of PC / Sin3-type complex / Maturation of hRSV A proteins / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / negative regulation of apoptotic signaling pathway / positive regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / chaperone-mediated protein folding / Signal transduction by L1 / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / peptidyl-threonine phosphorylation / Hsp90 protein binding / PML body / Wnt signaling pathway / Regulation of PTEN stability and activity / positive regulation of protein catabolic process / rhythmic process / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / KEAP1-NFE2L2 pathway / double-strand break repair / kinase activity / peptidyl-serine phosphorylation / positive regulation of cell growth / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / protein stabilization / regulation of cell cycle / non-specific serine/threonine protein kinase / negative regulation of translation / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of cell population proliferation / DNA damage response / apoptotic process / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å | ||||||
データ登録者 | Niefind, K. / Lindenblatt, D. / Toelzer, C. / Bretner, M. / Chojnacki, K. / Wielechowska, M. / Winska, P. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Bioorg.Chem. / 年: 2021 タイトル: Synthesis, biological properties and structural study of new halogenated azolo[4,5-b]pyridines as inhibitors of CK2 kinase. 著者: Chojnacki, K. / Lindenblatt, D. / Winska, P. / Wielechowska, M. / Toelzer, C. / Niefind, K. / Bretner, M. #1: ジャーナル: Bioorg. Chem. / 年: 2018 タイトル: Biological properties and structural study of new aminoalkyl derivatives of benzimidazole and benzotriazole, dual inhibitors of CK2 and PIM1 kinases. 著者: Chojnacki, K. / Winska, P. / Wielechowska, M. / Lukowska-Chojnacka, E. / Toelzer, C. / Niefind, K. / Bretner, M. #2: ジャーナル: ACS Omega / 年: 2019 タイトル: Diacritic Binding of an Indenoindole Inhibitor by CK2alpha Paralogs Explored by a Reliable Path to Atomic Resolution CK2alpha' Structures. 著者: Lindenblatt, D. / Nickelsen, A. / Applegate, V.M. / Hochscherf, J. / Witulski, B. / Bouaziz, Z. / Marminon, C. / Bretner, M. / Le Borgne, M. / Jose, J. / Niefind, K. #3: ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2020 タイトル: Structural and Mechanistic Basis of the Inhibitory Potency of Selected 2-Aminothiazole Compounds on Protein Kinase CK2. 著者: Lindenblatt, D. / Nickelsen, A. / Applegate, V.M. / Jose, J. / Niefind, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7a4b.cif.gz | 361.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7a4b.ent.gz | 247.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7a4b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7a4b_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7a4b_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7a4b_validation.xml.gz | 28.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7a4b_validation.cif.gz | 40.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a4/7a4b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a4/7a4b | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.0100894481208, -0.995769123504, 0.0913348548625), (0.999920155022, 0.00935200542842, -0.00849844543709), (0.00760832550556, 0.0914133068573, 0.995783972914) ...NCS oper: (Code: given Matrix: (0.0100894481208, -0.995769123504, 0.0913348548625), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40066.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSNK2A1, CK2A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P68400, non-specific serine/threonine protein kinase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.3 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 1 MIKROLITER OF THE CK2ALPHA/INHIBITOR MIXTURE (COMPOSITION: 7 MG/ML CK2ALPHA ENZYME, 1 MILLIMOLAR INHIBITOR, 10 % DIMETHYL SULFOXIDE, 450 MM NACL, 22.5 MM TRIS/HCL, PH 8.5) WAS MIXED WITH 1 ...詳細: 1 MIKROLITER OF THE CK2ALPHA/INHIBITOR MIXTURE (COMPOSITION: 7 MG/ML CK2ALPHA ENZYME, 1 MILLIMOLAR INHIBITOR, 10 % DIMETHYL SULFOXIDE, 450 MM NACL, 22.5 MM TRIS/HCL, PH 8.5) WAS MIXED WITH 1 MIKROLITER RESERVOIR SOLUTION (COMPOSITION: 25 % PEG3350, 0.2 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M BIS-TRIS BUFFER, PH 5.5) FOLLOWED BY VAPOUR DIFFUSION EQUILIBRATION AGAINST THE RESERVOIR SOLUTION. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976251 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.976251 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.06→90.035 Å / Num. obs: 46838 / % possible obs: 73.3 % / 冗長度: 25.7 % / Biso Wilson estimate: 33.21 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.178 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.181 / Rsym value: 0.178 / Net I/σ(I): 14.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.06→2.26 Å / 冗長度: 18.1 % / Rmerge(I) obs: 2.105 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 2341 / CC1/2: 0.483 / Rpim(I) all: 0.492 / Rrim(I) all: 2.166 / Rsym value: 2.105 / % possible all: 15.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2PVR 解像度: 2.06→90.035 Å / SU ML: 0.1917 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.3157 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.63 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.06→90.035 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.560662666119 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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