PDB-7a1q: FACTOR INHIBITING HIF-1 ALPHA IN COMPLEX WITH ZN(II), 3-(carboxyc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7a1q

タイトル

FACTOR INHIBITING HIF-1 ALPHA IN COMPLEX WITH ZN(II), 3-(carboxycarbonyl)cyclopentane-1-carboxylic acid, AND CONSENSUS ANKYRIN REPEAT DOMAIN (20-MER)

要素

CONSENSUS ANKYRIN REPEAT DOMAIN
Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Hypoxia-inducible factor asparagine hydroxylase / Dioxygenase

機能・相同性

機能・相同性情報

hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase / : / [protein]-asparagine 3-dioxygenase activity / peptidyl-histidine dioxygenase activity / peptidyl-aspartic acid 3-dioxygenase activity / Cellular response to hypoxia / carboxylic acid binding / positive regulation of vasculogenesis / ankyrin repeat binding / oxygen sensor activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Nakashima, Y. / Brewitz, L. / Schofield, C.J.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: 2-Oxoglutarate derivatives can selectively enhance or inhibit the activity of human oxygenases.
著者: Nakashima, Y. / Brewitz, L. / Tumber, A. / Salah, E. / Schofield, C.J.

履歴

登録	2020年8月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年8月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb7a1q.ent.gz	184 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7a1q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7a1q_validation.pdf.gz	335.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7a1q_full_validation.pdf.gz	337.6 KB	表示
XML形式データ	7a1q_validation.xml.gz	16.9 KB	表示
CIF形式データ	7a1q_validation.cif.gz	24 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/7a1q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/7a1q	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7a1jC 7a1kC 7a1lC 7a1mC 7a1nC 7a1oC 7a1pC 7a1sC 1h2kS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3p3n-1 2ilm-1 5jwk-1 2y0i-1 3p3p-1 1h2k-1 4z2w-1 5op8-1 5jwp-1 7a1p-1 1yci-1 6hkp-1 6ha6-1 4z1v-1 1h2m-1 7a1m-1 5opc-1 7a1o-1 7a1k-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (10) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor

B: CONSENSUS ANKYRIN REPEAT DOMAIN

ヘテロ分子

43 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor

B: CONSENSUS ANKYRIN REPEAT DOMAIN

ヘテロ分子

A: Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor

B: CONSENSUS ANKYRIN REPEAT DOMAIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
86.1 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	85.968, 85.968, 148.177
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor / Factor inhibiting HIF-1 / FIH-1 / Hypoxia-inducible factor asparagine hydroxylase 分子量: 40328.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HIF1AN, FIH1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q9NWT6, hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q9NWT6, hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む
#2: タンパク質・ペプチド	CONSENSUS ANKYRIN REPEAT DOMAIN 分子量: 2165.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

#1: タンパク質

Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor / Factor inhibiting HIF-1 / FIH-1 / Hypoxia-inducible factor asparagine hydroxylase

分子量: 40328.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HIF1AN, FIH1 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9NWT6, hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...

#2: タンパク質・ペプチド

CONSENSUS ANKYRIN REPEAT DOMAIN

分子量: 2165.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 190分子

#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-QVQ / 3-(carboxycarbonyl)cyclopentane-1-carboxylic acid / (1~{R},3~{S})-3-(carboxycarbonyl)cyclopentane-1-carboxylic acid 分子量: 186.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀O₅
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.82 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.6M AMMONIUM SULPHATE, 6% PEG 400, 0.1M HEPES PH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→56.122 Å / Num. obs: 56748 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.8 % / B_iso Wilson estimate: 42.96 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 26.6
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 28.1 % / R_merge(I) obs: 8.138 / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / Num. unique obs: 2782 / CC_1/2: 0.437 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
PHASER		位相決定
autoPROC		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1H2K

1h2k

解像度: 1.75→56.12 Å / SU ML: 0.2332 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.68
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2002	2766	4.93 %
R_work	0.1772	53291	-
obs	0.1783	56057	98.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→56.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2887	0	13	185	3085

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0048	3002
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8441	4086
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0523	417
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0056	543
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.5658	1103

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.78	0.4072	111	0.3908	2042	X-RAY DIFFRACTION	77.39
1.78-1.81	0.4017	133	0.376	2628	X-RAY DIFFRACTION	98.54
1.81-1.85	0.352	129	0.3281	2652	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.85-1.88	0.3436	143	0.2891	2641	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.88-1.93	0.2874	146	0.2676	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
1.93-1.97	0.2505	129	0.2218	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-2.02	0.2223	136	0.2144	2659	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.02-2.07	0.2556	123	0.1976	2670	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.07-2.14	0.2156	141	0.1881	2678	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.14-2.2	0.213	155	0.1797	2666	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.2-2.28	0.2246	131	0.1656	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
2.28-2.37	0.1712	143	0.1736	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.48	0.1862	150	0.1673	2688	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.48-2.61	0.1875	149	0.1694	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.61-2.78	0.2208	148	0.1812	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
2.78-2.99	0.1847	152	0.1858	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
2.99-3.29	0.2039	130	0.1781	2750	X-RAY DIFFRACTION	100
3.29-3.77	0.1793	142	0.1633	2744	X-RAY DIFFRACTION	100
3.77-4.75	0.1694	125	0.1381	2805	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.75-56.12	0.211	150	0.1946	2949	X-RAY DIFFRACTION	99.9

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.70268913268	1.85743032389	-1.60297113188	5.6792684978	3.70268247795	9.69126620676	-0.411729110756	-1.21030287161	0.0884382958378	1.58146317744	-0.310701212709	1.3079106869	0.136675544957	0.749764852333	0.492033451417	0.746501385228	0.068219937215	0.270898294822	0.676009079596	-0.0701974497804	0.821188149435	4.42863197035	-26.2352479268	23.8593686442
2	1.57349865936	-0.261380223488	-0.220047957584	3.0770993358	1.13964465498	1.76963492164	-0.080454648807	-0.0454593033023	0.0463695968898	0.350175521258	0.000245431130123	0.139009055825	0.0279771366821	-0.110572611949	0.0479645723366	0.537008485134	0.0306211334295	0.110053519934	0.365941705313	0.013431445357	0.446877617111	18.5609287498	-22.1937254486	20.1444125918
3	2.63381150083	-0.932590858201	-0.338124916681	2.67250547658	0.933260836096	2.20615745147	0.0429999248866	0.510053591988	-0.0948666974528	-0.375326331097	-0.118780312352	0.00825683789052	-0.410741056746	-0.406657768414	0.0243747430008	0.658712594368	0.0978044234181	-6.7696962081E-5	0.559148764699	0.020794568168	0.483509560691	15.5536076084	-22.4707106	-1.99531213222
4	4.620118155	-2.32001418782	-0.924442863564	4.754284144	0.742789310742	1.70015146783	0.410227818529	0.920472055935	0.0602659461904	-0.916625339129	-0.528269573616	0.321627151223	-0.683315020803	-0.377566530373	0.114508746143	0.771215633146	0.183890433452	-0.101208143616	0.669290293986	0.0204615681571	0.437124878365	13.7199241997	-21.9133740491	-6.2221914043
5	1.12861615569	0.0954345311692	0.266547769789	2.8362138782	1.30570552809	3.4824131548	0.00821089061774	0.207085633267	0.107737674154	-0.661825134907	-0.0717149035819	0.116765543537	-0.675816213531	-0.257514416709	0.0933962482687	0.665655179818	0.114254329552	0.0620392152498	0.416619424909	0.0487917840345	0.509704729785	16.4287994693	-12.4953891471	5.62538170532
6	4.60459449023	-0.781609022714	0.501192577425	2.69374081852	0.666324794135	1.25526784971	0.0639885474505	-0.154219389817	0.375909427982	-0.0646305384264	0.133287835734	-0.335128227106	-0.225491137887	0.0604265690782	-0.231176434138	0.497329462661	-0.00987852870176	0.0702866048966	0.349172563791	-0.00737001042382	0.454666862399	29.5296756336	-16.7367627698	15.9195421352
7	0.835935621538	-0.395277054257	-0.0130183053562	2.36270185122	0.774317272754	1.47409306349	0.0405409160472	0.0727015668675	0.00641070242668	0.0397784087751	-0.0255994798862	0.247147022647	-0.0395046294822	-0.127888663572	-0.0169608173304	0.503283059264	0.0140718765514	0.0736248282197	0.369896156726	0.0132477365872	0.458341216907	19.9273555117	-32.5239955188	10.0312102055
8	2.12183525001	-0.487103331625	0.079121961088	2.58083388576	0.781845793066	1.54494318597	0.054665442177	-0.187447830811	0.111337416703	0.094926141598	0.233261881032	-0.288263916065	0.0192770017285	0.296869978346	-0.290228121913	0.47518463482	0.0182423475015	0.044203242115	0.449645198889	-0.0502554361209	0.516808427038	40.6396692616	-36.2397045604	8.04836797834
9	2.61062283757	-1.33635759559	1.16453678647	3.11798913957	-3.87672062838	4.95359276235	0.0273810794387	0.292253468778	-0.0903411275785	-0.290642167883	0.0911648090462	0.16365236922	-0.0380853608249	-0.157545553797	-0.106618389665	0.481631365875	0.0184767885003	0.0356101599829	0.520537097074	-0.0824662434541	0.411500456138	37.7068393993	-49.2989203408	-5.33064515176
10	2.08476398214	1.8786767125	-0.0191658434604	9.7424238082	-4.50411411037	6.82549670426	0.479643193424	0.215928461431	0.551157746372	0.608241503407	-0.0138376334415	-0.998250239641	-0.142965438949	0.702886381591	-0.483281605597	0.572700304471	-0.0167174635891	-0.0133826516837	0.533038774996	-0.121777829592	0.713556771166	47.562502082	-35.6530872676	6.86929822322
11	7.56640842261	-5.34734918658	3.86285148818	8.17770688376	-1.45194479281	6.5860062154	-0.441122185229	0.927245205587	1.03739812088	-0.633376325652	-0.0149099551974	-0.619071564422	-0.675547682317	0.26799504804	0.497286908436	0.587742518447	-0.0460508645342	0.106176867677	0.392332836311	0.0752831669054	0.535139567763	31.1938762447	-25.2919198559	1.64509838778

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 12 through 31 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 32 through 84 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 85 through 104 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 105 through 137 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 138 through 166 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 167 through 190 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 191 through 297 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 298 through 329 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 330 through 349 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 3 through 9 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 10 through 20 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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