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万見
- EMDB-7631: Cryo-electron microscopy structure of infectious bronchitis coron... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7631
タイトルCryo-electron microscopy structure of infectious bronchitis coronavirus spike protein
マップデータInfectious bronchitis coronavirus spike protein
試料
  • 複合体: homotrimer of infectious bronchitis coronavirus spike ectodomain
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


: / endocytosis involved in viral entry into host cell / membrane => GO:0016020 / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion membrane
類似検索 - 分子機能
: / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Infectious bronchitis virus (伝染性気管支炎ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.93 Å
データ登録者Shang J / Zheng Y / Yang Y / Liu C / Geng Q / Luo C / Zhang W / Li F
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI089728 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI110700 米国
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2018
タイトル: Cryo-EM structure of infectious bronchitis coronavirus spike protein reveals structural and functional evolution of coronavirus spike proteins.
著者: Jian Shang / Yuan Zheng / Yang Yang / Chang Liu / Qibin Geng / Chuming Luo / Wei Zhang / Fang Li /
要旨: As cell-invading molecular machinery, coronavirus spike proteins pose an evolutionary conundrum due to their high divergence. In this study, we determined the cryo-EM structure of avian infectious ...As cell-invading molecular machinery, coronavirus spike proteins pose an evolutionary conundrum due to their high divergence. In this study, we determined the cryo-EM structure of avian infectious bronchitis coronavirus (IBV) spike protein from the γ-genus. The trimeric IBV spike ectodomain contains three receptor-binding S1 heads and a trimeric membrane-fusion S2 stalk. While IBV S2 is structurally similar to those from the other genera, IBV S1 possesses structural features that are unique to different other genera, thereby bridging these diverse spikes into an evolutionary spectrum. Specifically, among different genera, the two domains of S1, the N-terminal domain (S1-NTD) and C-terminal domain (S1-CTD), diverge from simpler tertiary structures and quaternary packing to more complex ones, leading to different functions of the spikes in receptor usage and membrane fusion. Based on the above structural and functional comparisons, we propose that the evolutionary spectrum of coronavirus spikes follows the order of α-, δ-, γ-, and β-genus. This study has provided insight into the evolutionary relationships among coronavirus spikes and deepened our understanding of their structural and functional diversity.
履歴
登録2018年3月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年4月11日-
マップ公開2018年4月18日-
更新2020年7月29日-
現状2020年7月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0454
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0454
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6cv0
  • 表面レベル: 0.0454
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7631.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7631.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 129.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Infectious bronchitis coronavirus spike protein
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.02 Å/pix.
x 324 pix.
= 330.48 Å		1.02 Å/pix.
x 324 pix.
= 330.48 Å		1.02 Å/pix.
x 324 pix.
= 330.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.02 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0454 / ムービー #1: 0.0454
最小 - 最大-0.14730796 - 0.2232441
平均 (標準偏差)0.0003709477 (±0.0060635507)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ324324324
Spacing324324324
セルA=B=C: 330.47998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.021.021.02
M x/y/z324324324
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z330.480330.480330.480
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-128-128-128
NX/NY/NZ256256256
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS324324324
D min/max/mean-0.1470.2230.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : homotrimer of infectious bronchitis coronavirus spike ectodomain

全体名称: homotrimer of infectious bronchitis coronavirus spike ectodomain
要素
  • 複合体: homotrimer of infectious bronchitis coronavirus spike ectodomain
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: homotrimer of infectious bronchitis coronavirus spike ectodomain

超分子名称: homotrimer of infectious bronchitis coronavirus spike ectodomain
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Infectious bronchitis virus (伝染性気管支炎ウイルス)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
組換細胞: Sf9

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分子 #1: Spike glycoprotein

分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Infectious bronchitis virus (伝染性気管支炎ウイルス)
分子量理論値: 121.957703 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: ALYDSSSYVY YYQSAFRPPN GWHLHGGAYA VVNISSESNN AGSSPGCIVG TIHGGRVVNA SSIAMTAPSS GMAWSSSQFC TAHCNFSDT TVFVTHCYKY DGCPITGMLQ KNFLRVSAMK NGQLFYNLTV SVAKYPTFKS FQCVNNLTSV YLNGDLVYTS N ETTDVTSA ...文字列:
ALYDSSSYVY YYQSAFRPPN GWHLHGGAYA VVNISSESNN AGSSPGCIVG TIHGGRVVNA SSIAMTAPSS GMAWSSSQFC TAHCNFSDT TVFVTHCYKY DGCPITGMLQ KNFLRVSAMK NGQLFYNLTV SVAKYPTFKS FQCVNNLTSV YLNGDLVYTS N ETTDVTSA GVYFKAGGPI TYKVMREVKA LAYFVNGTAQ DVILCDGSPR GLLACQYNTG NFSDGFYPFI NSSLVKQKFI VY RENSVNT TFTLHNFTFH NETGANPNPS GVQNIQTYQT QTAQSGYYNF NFSFLSSFVY KESNFMYGSY HPSCNFRLET INN GLWFNS LSVSIAYGPL QGGCKQSVFS GRATCCYAYS YGGPSLCKGV YSGELDLNFE CGLLVYVTKS GGSRIQTATE PPVI TRHNY NNITLNTCVD YNIYGRTGQG FITNVTDSAV SYNYLADAGL AILDTSGSID IFVVQGEYGL TYYKVNPCED VNQQF VVSG GKLVGILTSR NETGSQLLEN QFYIKITNGT RRFRRSITEN VANCPYVSYG KFCIKPDGSI ATIVPKQLEQ FVAPLL NVT ENVLIPNSFN LTVTDEYIQT RMDKVQINCL QYVCGNSLDC RDLFQQYGPV CDNILSVVNS IGQKEDMELL NFYSSTK PA GFNTPFLSNV STGEFNISLL LTTPSSPRRR SFIEDLLFTS VESVGLPTDD AYKNCTAGPL GFLKDLACAR EYNGLLVL P PIITAEMQTL YTSSLVASMA FGGITAAGAI PFATQLQARI NHLGITQSLL LKNQEKIAAS FNKAIGRMQE GFRSTSLAL QQIQHVVNKQ NAILTETMAS LNKNFGAISS LIQEIYQQLD AIQANAQVDR LITGRLSSLS VLASAKQAEH IRVSQQRELA TQKINECVK SQSIRYSFCG NGRHVLTIPQ NAPNGIVFIH FSYTPDSFVN VTAIVGFCVK PANASQYAIV PANGRGIFIQ V NGSYYITA RDMYMPRAIT AGDIVTLTSC QANYVSVNKT VITTFVDNDD FDFNDELSKW WNDTKHELPD FDKFNYTVPI LD IDSEIDR IQGVIQGLND SVDIKQIEDK IEEILSKIYH IENEIARIKK LIGEIGGGGS HHHHHHHH

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 39 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 5.366 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.93 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 102471
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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