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- EMDB-7542: Structure of the nvTRPM2 channel in complex with Ca2+ -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7542
タイトルStructure of the nvTRPM2 channel in complex with Ca2+
マップデータStructure of the nvTRPM2 channel in complex with Ca2+
試料
  • 複合体: nvTRPM2 tetramer
    • タンパク質・ペプチド: Predicted protein
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: SODIUM ION
機能・相同性
機能・相同性情報


ligand-gated sodium channel activity / ADP-ribose diphosphatase activity / ligand-gated calcium channel activity / monoatomic cation transmembrane transport / plasma membrane => GO:0005886 / sodium ion transmembrane transport / monoatomic cation channel activity / calcium ion transmembrane transport / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
TRPM, SLOG domain / SLOG in TRPM / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Transient receptor potential cation channel subfamily M member-like 2
類似検索 - 構成要素
生物種Nematostella vectensis (イソギンチャク)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.07 Å
データ登録者Zhang Z / Toth B / Szollosi A / Chen J / Csanady L
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
The Rockefeller University 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Structure of a TRPM2 channel in complex with Ca explains unique gating regulation.
著者: Zhe Zhang / Balázs Tóth / Andras Szollosi / Jue Chen / László Csanády /
要旨: Transient receptor potential melastatin 2 (TRPM2) is a Ca-permeable cation channel required for immune cell activation, insulin secretion, and body heat control. TRPM2 is activated by cytosolic Ca, ...Transient receptor potential melastatin 2 (TRPM2) is a Ca-permeable cation channel required for immune cell activation, insulin secretion, and body heat control. TRPM2 is activated by cytosolic Ca, phosphatidyl-inositol-4,5-bisphosphate and ADP ribose. Here, we present the ~3 Å resolution electron cryo-microscopic structure of TRPM2 from , 63% similar in sequence to human TRPM2, in the Ca-bound closed state. Compared to other TRPM channels, TRPM2 exhibits unique structural features that correlate with its function. The pore is larger and more negatively charged, consistent with its high Ca selectivity and larger conductance. The intracellular Ca binding sites are connected to the pore and cytosol, explaining the unusual dependence of TRPM2 activity on intra- and extracellular Ca. In addition, the absence of a post-filter motif is likely the cause of the rapid inactivation of human TRPM2. Together, our cryo-EM and electrophysiology studies provide a molecular understanding of the unique gating mechanism of TRPM2.
履歴
登録2018年3月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年3月28日-
マップ公開2018年5月16日-
更新2020年7月29日-
現状2020年7月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6co7
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7542.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7542.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of the nvTRPM2 channel in complex with Ca2+
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.03 Å/pix.
x 384 pix.
= 395.52 Å		1.03 Å/pix.
x 384 pix.
= 395.52 Å		1.03 Å/pix.
x 384 pix.
= 395.52 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.03 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.15761204 - 0.2661838
平均 (標準偏差)0.00004233945 (±0.007584064)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 395.52 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.031.031.03
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z395.520395.520395.520
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-2216-4
NX/NY/NZ376362
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-0.1580.2660.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : nvTRPM2 tetramer

全体名称: nvTRPM2 tetramer
要素
  • 複合体: nvTRPM2 tetramer
    • タンパク質・ペプチド: Predicted protein
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: SODIUM ION

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超分子 #1: nvTRPM2 tetramer

超分子名称: nvTRPM2 tetramer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Nematostella vectensis (イソギンチャク)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Predicted protein

分子名称: Predicted protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nematostella vectensis (イソギンチャク)
分子量理論値: 176.663438 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGKDSFTPLY DGGDSSHVHL NKFGSNQLSQ SKKSWIARNF SRRECIRFVP KSHDVSRCKC GRPRERHSQQ ALESGQGSEE WNVASCTTK HPTNAYGEID FEGYGGQKRA PYLRMSHDTD ANLVITLMLK RWNLEIPNLV ISVTGGAKSF VLKPRLREMF R RGLIKAAK ...文字列:
MGKDSFTPLY DGGDSSHVHL NKFGSNQLSQ SKKSWIARNF SRRECIRFVP KSHDVSRCKC GRPRERHSQQ ALESGQGSEE WNVASCTTK HPTNAYGEID FEGYGGQKRA PYLRMSHDTD ANLVITLMLK RWNLEIPNLV ISVTGGAKSF VLKPRLREMF R RGLIKAAK TTGAWIITGG TNTGVMKHVG EAVKEQQLMF GSDTQVNVIG IATWGIVDKQ SDLISEKNGK YPALYSMEPT PG HQGAMLD PNHSHFFLVD DGTEGKYGVE IGMRSRIEEA IMKVKTDSRS EAGSIGVPVV LLVLEGGPNT VATMYELIKK KVP AVVIDG SGRAASVVGF AYNHTIKRNV DGQTINVIDP QYEDEVRAKV VEVFGAKGAD KTYSMIKDVL EDEKMISVYS LDGE ISQDI DLAILKALLK ANRSSPVAQL NLALAWNRID LAKSDIFTEE QQWTTETLSA AMLTALLDDK AEFAELFLQN GLSMR EFLS LDILCKLYAE VPGNTTIKPL LQKEMGKRQV KTIDMDVVGE VIEELMGDMF ESYYRKDGHY FGELASYAEG LVLKNR KSS KDLLANINRI DPLPTPYLDV FLWAVLCNRR ELARVLWEAG REPMAAALMA SRLLKRMASR AQEDNTITDI SSDLYDH AR LFEERAVGVL DECFNENETL SQTLLVRELD HYSRMTALEL AVSAESQDFI AHTSCQVLLT RLWMGTMAMN TRWWKVLV C LYLPVLIFPI IYFVPDEQHE RQAAEREHQK SLNQKSSKVK SHKEKNDAPV VPVYRSKEEK AVSNDEEARV GTENEEEDF QLEDYIPEIR EDDSMEVIMR NKKLGFCDRI MHFYSAPFSK FVGNVVGYLA FIFLYAYVVL FNFPRFDPAK TLGGIHPTEI VLYFWVFTI LIEEIRQLAA KPPKYIKDKV SVYFSDTWNF VDIFSLTVFI IAIILRFFTN SRIFTASRII LSLDIIFFIV R SLQIFSVN RLLGPKLVMI QKMMQDLAQF IIILAVFTIA YGIALHAVMF PSPGIYARNN TWVTITSVVQ YPYWQMYGEL FL DEIQGEK PKEFGEVDPD GRWLSPLLLA IYMVFTNILL LNLLIAIFNY TFERVQEDSD KVWKFQRYDL VQEYHSRPVF APP LVLLGH ILIFIRWVWR MCRCGHPPRG STMKIGLSPA EMEQMDNWEF QAAEMYIHQQ QQKNSGTLEE RVRALGDRVD CINS QLNRV LDSMSGTRAH ALTDGNGLEG GHDSEGRLAR MEVELSSNSE SLQKILALLQ QQPPVKGQAA VPIQLTLLHY KARSS PYPG STAKRFAVQD NMVDWQVPFP DYKPVNYTAP VVLANPVWAD KDLMAMSPRP ELPYNQMDHT CNVNRVSYNG TYVVKD GLP LNPMGRTGMQ GRGLLGRFGP NHAADPVVTR WKRTSAGVML QGGKKVLEFV AIQRKDNNQW AIPGGMVEPG QLVTQAL KA EFGEEAMAKL NVSQEEKERI AKQIERLFQQ GQEIYKGYVD DPRNTDNAWM ETVAVNFHDD KGDLFGDITL QAGDDAAA V RWQRVSGNIP LYASHVSILE KVAKMRDAAF SNSLEVLFQ

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分子 #3: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

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分子 #4: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...

分子名称: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 56 / 式: POV
分子量理論値: 760.076 Da
Chemical component information

ChemComp-POV:
(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / リン脂質*YM

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分子 #5: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #6: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 3
分子量理論値: 22.99 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-50 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1550 / 平均露光時間: 0.2 sec. / 平均電子線量: 1.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.7 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 196198
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.07 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 104268
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-6co7:
Structure of the nvTRPM2 channel in complex with Ca2+

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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