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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7305 | |||||||||
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タイトル | The Structure of Full-Length Kv Beta 2.1 Determined by Cryogenic Electron Microscopy | |||||||||
![]() | Raw unsharpened reconstruction of Kv Beta 2.1. | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() pinceau fiber / regulation of action potential / Voltage gated Potassium channels / potassium channel complex / NADPH oxidation / axon initial segment / regulation of protein localization to cell surface / aldo-keto reductase (NADPH) activity / juxtaparanode region of axon / regulation of potassium ion transmembrane transport ...pinceau fiber / regulation of action potential / Voltage gated Potassium channels / potassium channel complex / NADPH oxidation / axon initial segment / regulation of protein localization to cell surface / aldo-keto reductase (NADPH) activity / juxtaparanode region of axon / regulation of potassium ion transmembrane transport / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / myoblast differentiation / neuromuscular process / Neutrophil degranulation / voltage-gated potassium channel activity / potassium channel regulator activity / hematopoietic progenitor cell differentiation / axon terminus / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / voltage-gated potassium channel complex / postsynaptic density membrane / cytoplasmic side of plasma membrane / transmembrane transporter binding / postsynaptic density / cytoskeleton / neuron projection / axon / glutamatergic synapse / protein-containing complex binding / membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.9 Å | |||||||||
![]() | Spear JM / Mendez JH / Stagg SM | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: The Structure of Full-Length Kv Beta 2.1 Determined by Cryogenic Electron Microscopy 著者: Spear JM / Mendez JH / Danyuk Y / Stagg SM | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 36.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 17.2 KB 17.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 10 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 84.7 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() ![]() | 47.9 MB 49.1 MB 4 MB 4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 395.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 394.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Raw unsharpened reconstruction of Kv Beta 2.1. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.953 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: None
ファイル | emd_7305_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | None | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: None
ファイル | emd_7305_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | None | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Independently masked half map
ファイル | emd_7305_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Independently masked half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Independently masked half map
ファイル | emd_7305_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Independently masked half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Octamer of Kv Beta 2.1
全体 | 名称: Octamer of Kv Beta 2.1 |
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要素 |
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-超分子 #1: Octamer of Kv Beta 2.1
超分子 | 名称: Octamer of Kv Beta 2.1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 360 KDa |
-分子 #1: Kv Beta
分子 | 名称: Kv Beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MYPESTTGSP ARLSLRQTGS PGMIYSTRYG SPKRQLQFYR NLGKSGLRVS CLGLGTWVTF GGQITDEMAE HLMTLAYDN GINLFDTAEV YAAGKAEVVL GNIIKKKGWR RSSLVITTKI FWGGKAETER GLSRKHIIEG L KASLERLQ LEYVDVVFAN RPDPNTPMEE ...文字列: MYPESTTGSP ARLSLRQTGS PGMIYSTRYG SPKRQLQFYR NLGKSGLRVS CLGLGTWVTF GGQITDEMAE HLMTLAYDN GINLFDTAEV YAAGKAEVVL GNIIKKKGWR RSSLVITTKI FWGGKAETER GLSRKHIIEG L KASLERLQ LEYVDVVFAN RPDPNTPMEE TVRAMTHVIN QGMAMYWGTS RWSSMEIMEA YSVARQFNLI PP ICEQAEY HMFQREKVEV QLPELFHKIG VGAMTWSPLA CGIVSGKYDS GIPPYSRASL KGYQWLKDKI LSE EGRRQQ AKLKELQAIA ERLGCTLPQL AIAWCLRNEG VSSVLLGASN AEQLMENIGA IQVLPKLSSS IVHE IDSIL GNKPYSKKDY RS |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-20 (5k x 3k) 検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: D4 (2回x4回 2面回転対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 24809 |
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初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
FSC曲線 (解像度の算出) | ![]() |
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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得られたモデル | ![]() PDB-6ci1: |