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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7303 | |||||||||
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タイトル | Structure of histone H3k4 methyltransferase | |||||||||
マップデータ | Structure of histone H3k4 methyltransferase | |||||||||
試料 |
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キーワード | Histone H3K4 Methyltransferase / GENE REGULATION-Transferase complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of meiotic DNA double-strand break formation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / PKMTs methylate histone lysines / [histone H3]-lysine4 N-trimethyltransferase / histone H3K4 trimethyltransferase activity / Set1C/COMPASS complex / RMTs methylate histone arginines / subtelomeric heterochromatin formation / methylated histone binding / telomere maintenance ...regulation of meiotic DNA double-strand break formation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / PKMTs methylate histone lysines / [histone H3]-lysine4 N-trimethyltransferase / histone H3K4 trimethyltransferase activity / Set1C/COMPASS complex / RMTs methylate histone arginines / subtelomeric heterochromatin formation / methylated histone binding / telomere maintenance / chromosome / histone binding / methylation / chromosome, telomeric region / transcription cis-regulatory region binding / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleus / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae (strain YJM789) (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Skiniotis G / Qu QH | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2018 タイトル: Structure and Conformational Dynamics of a COMPASS Histone H3K4 Methyltransferase Complex. 著者: Qianhui Qu / Yoh-Hei Takahashi / Yidai Yang / Hongli Hu / Yan Zhang / Joseph S Brunzelle / Jean-Francois Couture / Ali Shilatifard / Georgios Skiniotis / 要旨: The methylation of histone 3 lysine 4 (H3K4) is carried out by an evolutionarily conserved family of methyltransferases referred to as complex of proteins associated with Set1 (COMPASS). The activity ...The methylation of histone 3 lysine 4 (H3K4) is carried out by an evolutionarily conserved family of methyltransferases referred to as complex of proteins associated with Set1 (COMPASS). The activity of the catalytic SET domain (su(var)3-9, enhancer-of-zeste, and trithorax) is endowed through forming a complex with a set of core proteins that are widely shared from yeast to humans. We obtained cryo-electron microscopy (cryo-EM) maps of the yeast Set1/COMPASS core complex at overall 4.0- to 4.4-Å resolution, providing insights into its structural organization and conformational dynamics. The Cps50 C-terminal tail weaves within the complex to provide a central scaffold for assembly. The SET domain, snugly positioned at the junction of the Y-shaped complex, is extensively contacted by Cps60 (Bre2), Cps50 (Swd1), and Cps30 (Swd3). The mobile SET-I motif of the SET domain is engaged by Cps30, explaining its key role in COMPASS catalytic activity toward higher H3K4 methylation states. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_7303.map.gz | 107.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-7303-v30.xml emd-7303.xml | 17.6 KB 17.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_7303_fsc.xml | 10.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_7303.png | 95.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-7303.cif.gz | 6.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7303 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7303 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_7303_validation.pdf.gz | 622.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_7303_full_validation.pdf.gz | 622.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_7303_validation.xml.gz | 11.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_7303_validation.cif.gz | 15 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7303 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7303 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_7303.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 115.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Structure of histone H3k4 methyltransferase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Multi-component complex of Set1 with its core subunits Cps25, Cps...
全体 | 名称: Multi-component complex of Set1 with its core subunits Cps25, Cps30, Cps40, Cps50 and Cps60 |
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要素 |
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-超分子 #1: Multi-component complex of Set1 with its core subunits Cps25, Cps...
超分子 | 名称: Multi-component complex of Set1 with its core subunits Cps25, Cps30, Cps40, Cps50 and Cps60 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 220 KDa |
-分子 #1: Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-4 specific
分子 | 名称: Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-4 specific タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: histone-lysine N-methyltransferase |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain YJM789) (パン酵母) 株: YJM789 |
分子量 | 理論値: 32.162402 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: KIWQSRRKTL EEEKASDWQI ELNGTLFDSE LQPGSSFKAE GFRKVTDKLK INYLPHRRRV HQPLNTVNIH NERNEYTPEL CQREESSNK EPSDSVPQEV SSSRDNRASN RRFQQDIEAQ KAAIGTESEL LSLNQLNKRK KPVMFARSAI HNWGLYALDS I AAKEMIIE ...文字列: KIWQSRRKTL EEEKASDWQI ELNGTLFDSE LQPGSSFKAE GFRKVTDKLK INYLPHRRRV HQPLNTVNIH NERNEYTPEL CQREESSNK EPSDSVPQEV SSSRDNRASN RRFQQDIEAQ KAAIGTESEL LSLNQLNKRK KPVMFARSAI HNWGLYALDS I AAKEMIIE YVGERIRQPV AEMREKRYLK NGIGSSYLFR VDENTVIDAT KKGGIARFIN HCCDPNCTAK IIKVGGRRRI VI YALRDIA ASEELTYDYK FEREKDDEER LPCLCGAPNC K UniProtKB: Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-4 specific |
-分子 #2: COMPASS component BRE2
分子 | 名称: COMPASS component BRE2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c |
分子量 | 理論値: 48.306922 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: FDHSGMSVMD RSEGLSISRD GNDLVSVPDQ YGWRTARSDV CIKEGMTYWE VEVIRGGNKK FADGVNNKEN ADDSVDEVQS GIYEKMHKQ VNDTPHLRFG VCRREASLEA PVGFDVYGYG IRDISLESIH EGKLNCVLEN GSPLKEGDKI GFLLSLPSIH T QIKQAKEF ...文字列: FDHSGMSVMD RSEGLSISRD GNDLVSVPDQ YGWRTARSDV CIKEGMTYWE VEVIRGGNKK FADGVNNKEN ADDSVDEVQS GIYEKMHKQ VNDTPHLRFG VCRREASLEA PVGFDVYGYG IRDISLESIH EGKLNCVLEN GSPLKEGDKI GFLLSLPSIH T QIKQAKEF TKRRIFALNS HMDTMNEPWR EDAENGPSRK KLKQETTNKE FQRALLEDIE YNDVVRDQIA IRYKNQLFFE AT DYVKTTK PEYYSSDKRE RQDYYQLEDS YLAIFQNGKY LGKAFENLKP LLPPFSELQY NEKFYLGYWQ HGEARDESND KNT TSAKKK KQQQKKKKGL ILRNKYVNNN KLGYYPTISC FNGGTARIIS EEDKLEYLDQ IRSAYCVDGN SKVNTLDTLY KEQI AEDIV WDIIDELEQI AL UniProtKB: COMPASS component BRE2 |
-分子 #3: COMPASS component SDC1
分子 | 名称: COMPASS component SDC1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c |
分子量 | 理論値: 4.810553 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: TRKYLNTNVT PHLLAGMRLI AVQQPEDPLR VLGEYLIEQS NI UniProtKB: COMPASS component SDC1 |
-分子 #4: COMPASS component SPP1
分子 | 名称: COMPASS component SPP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c |
分子量 | 理論値: 28.189033 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: HGREFVNDIW SRLKTDEDRA VVKKMVEQTG HIDKFKKFGQ LDFIDNNIVV KTDDEKEIFD QIVVRDMTLK TLEDDLQEVQ EISLPLFKK KLELLEVYLG WLDNVYTEMR KLDDDAASHV ECGKEDSKGT KRKKKKNSSR SRARKNICGY CSTYERIPCS V EEFVRDFG ...文字列: HGREFVNDIW SRLKTDEDRA VVKKMVEQTG HIDKFKKFGQ LDFIDNNIVV KTDDEKEIFD QIVVRDMTLK TLEDDLQEVQ EISLPLFKK KLELLEVYLG WLDNVYTEMR KLDDDAASHV ECGKEDSKGT KRKKKKNSSR SRARKNICGY CSTYERIPCS V EEFVRDFG SNEEATKIHE VCTKWKCNRH LDWVSTNQEQ YLQQIDSLES MQERLQHLIQ ARKKQLNIQY YEEILRRGL UniProtKB: COMPASS component SPP1 |
-分子 #5: COMPASS component SWD1
分子 | 名称: COMPASS component SWD1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c |
分子量 | 理論値: 47.047637 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: NILLQDPFAV LKEHPEKLTH TIENPLRTEC LQFSPCGDYL ALGCANGALV IYDMDTFRPI CVPGNMLGAH VRPITSIAWS PDGRLLLTS SRDWSIKLWD LSKPSKPLKE IRFDSPIWGC QWLDAKRRLC VATIFEESDA YVIDFSNDPV ASLLSKSDEK Q LSSTPDHG ...文字列: NILLQDPFAV LKEHPEKLTH TIENPLRTEC LQFSPCGDYL ALGCANGALV IYDMDTFRPI CVPGNMLGAH VRPITSIAWS PDGRLLLTS SRDWSIKLWD LSKPSKPLKE IRFDSPIWGC QWLDAKRRLC VATIFEESDA YVIDFSNDPV ASLLSKSDEK Q LSSTPDHG YVLVCTVHTK HPNIIIVGTS KGWLDFYKFH SLYQTECIHS LKITSSNIKH LIVSQNGERL AINCSDRTIR QY EISIDDE NSAVELTLEH KYQDVINKLQ WNCILFSNNT AEYLVASTHG SSAHELYIWE TTSGTLVRVL EGAEEELIDI NWD FYSMSI VSNGFESGNV YVWSVVIPPK WSALAPDFEE VEENVDYLEK EDEFDEVDEA EQQQGLEQEE EIAIDLRTRE QYDV RGNNL LVERFTI UniProtKB: COMPASS component SWD1 |
-分子 #6: COMPASS component SWD3
分子 | 名称: COMPASS component SWD3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c |
分子量 | 理論値: 34.655438 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: FQFVTPVGTQ NGLKATCAKI SPDGQFLAIT QGLNILIYDI NRRTVSQTLV TSHARPFSEL CWSPDGQCIA TASDDFSVEI IHLSYGLLH TFIGHTAPVI SLTFNRKGNL LFTSSMDESI KIWDTLNGSL MKTISAHSEA VVSVDVPMND SSILSSGSYD G LIRIFDAE ...文字列: FQFVTPVGTQ NGLKATCAKI SPDGQFLAIT QGLNILIYDI NRRTVSQTLV TSHARPFSEL CWSPDGQCIA TASDDFSVEI IHLSYGLLH TFIGHTAPVI SLTFNRKGNL LFTSSMDESI KIWDTLNGSL MKTISAHSEA VVSVDVPMND SSILSSGSYD G LIRIFDAE TGHCLKTLTY DKDWKRENGV VPISQVKFSE NARYLLVKSL DGVVKIWDCI GGCVVRTFQV QPLEKGVLHH SC GMDFLNP EDGSTPLVIS GYENGDIYCW NSDTKSLLQL LDGSLYHHSS PVMSIHCFGN IMCSLALNGD CCLWRWV UniProtKB: COMPASS component SWD3 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 9.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.7 mm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |