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万見
- EMDB-7071: Single particle cryo-EM structure determination of the LuIII caps... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7071
タイトルSingle particle cryo-EM structure determination of the LuIII capsid protein
マップデータThe capsid structure for the oncolytic parvovirus LuIII determined by single-particle electron microscopy to 3.17 Angstrom resolution
試料
  • ウイルス: LuIII virus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP2
キーワードParvoviridae / VP2 capsid protein / VIRUS LIKE PARTICLE
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont entry into host cell via permeabilization of host membrane / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / T=1 icosahedral viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus
類似検索 - ドメイン・相同性
Capsid protein VP1
類似検索 - 構成要素
生物種Parvovirus LuIII (ウイルス) / LuIII virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.17 Å
データ登録者Pittman NC / Agbandje-McKenna M
資金援助 米国, 5件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM082946-07S1, 229 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM082946 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)5T32AI007110-34 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA029303 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24GM116792 米国
引用ジャーナル: Viruses / 年: 2017
タイトル: Atomic Resolution Structure of the Oncolytic Parvovirus LuIII by Electron Microscopy and 3D Image Reconstruction.
著者: Nikéa Pittman / Adam Misseldine / Lorena Geilen / Sujata Halder / J Kennon Smith / Justin Kurian / Paul Chipman / Mandy Janssen / Robert Mckenna / Timothy S Baker / Anthony D'Abramo / Susan ...著者: Nikéa Pittman / Adam Misseldine / Lorena Geilen / Sujata Halder / J Kennon Smith / Justin Kurian / Paul Chipman / Mandy Janssen / Robert Mckenna / Timothy S Baker / Anthony D'Abramo / Susan Cotmore / Peter Tattersall / Mavis Agbandje-McKenna /
要旨: LuIII, a protoparvovirus pathogenic to rodents, replicates in human mitotic cells, making it applicable for use to kill cancer cells. This virus group includes H-1 parvovirus (H-1PV) and minute virus ...LuIII, a protoparvovirus pathogenic to rodents, replicates in human mitotic cells, making it applicable for use to kill cancer cells. This virus group includes H-1 parvovirus (H-1PV) and minute virus of mice (MVM). However, LuIII displays enhanced oncolysis compared to H-1PV and MVM, a phenotype mapped to the major capsid viral protein 2 (VP2). This suggests that within LuIII VP2 are determinants for improved tumor lysis. To investigate this, the structure of the LuIII virus-like-particle was determined using single particle cryo-electron microscopy and image reconstruction to 3.17 Å resolution, and compared to the H-1PV and MVM structures. The LuIII VP2 structure, ordered from residue 37 to 587 (C-terminal), had the conserved VP topology and capsid morphology previously reported for other protoparvoviruses. This includes a core β-barrel and α-helix A, a depression at the icosahedral 2-fold and surrounding the 5-fold axes, and a single protrusion at the 3-fold axes. Comparative analysis identified surface loop differences among LuIII, H-1PV, and MVM at or close to the capsid 2- and 5-fold symmetry axes, and the shoulder of the 3-fold protrusions. The 2-fold differences cluster near the previously identified MVM sialic acid receptor binding pocket, and revealed potential determinants of protoparvovirus tumor tropism.
履歴
登録2017年10月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年11月15日-
マップ公開2017年11月15日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6b9q
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6b9q
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7071.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7071.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 176.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The capsid structure for the oncolytic parvovirus LuIII determined by single-particle electron microscopy to 3.17 Angstrom resolution
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)X (Row.)Y (Col.)
1.06 Å/pix.
x 359 pix.
= 381.976 Å		1.06 Å/pix.
x 359 pix.
= 381.976 Å		1.06 Å/pix.
x 359 pix.
= 381.976 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.064 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.0 / ムービー #1: 1
最小 - 最大-7.755486 - 14.711995
平均 (標準偏差)-0.000000002758523 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin-179-179-179
サイズ359359359
Spacing359359359
セルA=B=C: 381.976 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0641.0641.064
M x/y/z359359359
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z381.976381.976381.976
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-179-179-179
NX/NY/NZ359359359
MAP C/R/S213
start NC/NR/NS-179-179-179
NC/NR/NS359359359
D min/max/mean-7.75514.712-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : LuIII virus

全体名称: LuIII virus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: LuIII virus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP2

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超分子 #1: LuIII virus

超分子名称: LuIII virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Overexpression of VP2 in Sf9 cells / NCBI-ID: 35339 / 生物種: LuIII virus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
宿主生物種: unidentified (未定義)
分子量理論値: 3.9 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: VP / 直径: 280.0 Å / T番号(三角分割数): 1

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分子 #1: Capsid protein VP2

分子名称: Capsid protein VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 60 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Parvovirus LuIII (ウイルス)
分子量理論値: 65.489953 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSDGTDQSDS GNAVQSAARV ERAADGPGGS GGGGSGGGGV GVSTGSYDNQ THYKFLGDGW VEITAYSTRM VHLNMPKSEN YCRVRVHNT NDTGTASHMA MDDAHEQIWT PWSLVDANAW GVWFQPSDWQ YISNNMIHIN LHSLDQELFN VVIKTVTEQN T GAEAIKVY ...文字列:
MSDGTDQSDS GNAVQSAARV ERAADGPGGS GGGGSGGGGV GVSTGSYDNQ THYKFLGDGW VEITAYSTRM VHLNMPKSEN YCRVRVHNT NDTGTASHMA MDDAHEQIWT PWSLVDANAW GVWFQPSDWQ YISNNMIHIN LHSLDQELFN VVIKTVTEQN T GAEAIKVY NNDLTAAMMV ALDSNNILPY TPAIDNQETL GFYPWKPTIP SPYRYYFSCD RNLSVTYKDE AGTITDTMGL AS GLNSQFF TIENTQRINL LRTGDEYATG TYYFDTEPIR LTHTWQTNRH LGQPPQITEL PSSDTANATL TARGYRSGLT QIQ GRNDVT EATRVRPAQV GFCQPHDNFE TSRAGPFKVP VVPADITQGL DHDANGSLRY TYDKQHGQSW ASQNNKDRYT WDAV NYDSG RWTNNCFIQS VPFTSEPNAN QILTNRDNLA GKTDIHFTNA FNSYGPLTAF PHPAPIYPQG QIWDKELDLE HKPRL HTQA PFVCKNNAPG QLLVRLAPNL TDQYDPNSSN LSRIVTYGTF FWKGKLTLKA KMRPNATWNP VFQISATNQG TNDYMS IER WLPTATGNIT NVPLLSRPVA RNTY

UniProtKB: Capsid protein VP1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.75 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
0.1 MC4H11NO3Tris
0.5 MNaClsodium chloride
0.002 MMgCl2magnesium chloride
0.008 MCaCl2calcium chloride
グリッドモデル: Quantifoil R2/4 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K
詳細This sample was monodisperse.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF post-column filter
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-30 / 平均電子線量: 1.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 20142
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio random model calculation by AUTO3DEM
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.17 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Auto3DEM / 使用した粒子像数: 18134
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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