+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7025 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of of the large subunit of Leishmania ribosome bound to paromomycin | |||||||||
マップデータ | primary map | |||||||||
試料 |
| |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein-RNA complex assembly / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / large ribosomal subunit / ribosome biogenesis / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation ...protein-RNA complex assembly / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / large ribosomal subunit / ribosome biogenesis / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / RNA binding / membrane / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Shalev-Benami M / Zhang Y / Rozenberg H / Nobe Y / Taoka M / Matzov D / Zimmerman E / Bashan A / Isobe T / Jaffe CL ...Shalev-Benami M / Zhang Y / Rozenberg H / Nobe Y / Taoka M / Matzov D / Zimmerman E / Bashan A / Isobe T / Jaffe CL / Yonath A / Skiniotis G | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017 タイトル: Atomic resolution snapshot of Leishmania ribosome inhibition by the aminoglycoside paromomycin. 著者: Moran Shalev-Benami / Yan Zhang / Haim Rozenberg / Yuko Nobe / Masato Taoka / Donna Matzov / Ella Zimmerman / Anat Bashan / Toshiaki Isobe / Charles L Jaffe / Ada Yonath / Georgios Skiniotis / 要旨: Leishmania is a single-celled eukaryotic parasite afflicting millions of humans worldwide, with current therapies limited to a poor selection of drugs that mostly target elements in the parasite's ...Leishmania is a single-celled eukaryotic parasite afflicting millions of humans worldwide, with current therapies limited to a poor selection of drugs that mostly target elements in the parasite's cell envelope. Here we determined the atomic resolution electron cryo-microscopy (cryo-EM) structure of the Leishmania ribosome in complex with paromomycin (PAR), a highly potent compound recently approved for treatment of the fatal visceral leishmaniasis (VL). The structure reveals the mechanism by which the drug induces its deleterious effects on the parasite. We further show that PAR interferes with several aspects of cytosolic translation, thus highlighting the cytosolic rather than the mitochondrial ribosome as the primary drug target. The results also highlight unique as well as conserved elements in the PAR-binding pocket that can serve as hotspots for the development of novel therapeutics. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_7025.map.gz | 202.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-7025-v30.xml emd-7025.xml | 58.1 KB 58.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_7025.png | 217.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7025 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7025 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_7025_validation.pdf.gz | 600.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_7025_full_validation.pdf.gz | 600.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_7025_validation.xml.gz | 7.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_7025_validation.cif.gz | 8.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7025 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7025 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_7025.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | primary map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.02 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Leishmania donovani 91S ribosome LSU
+超分子 #1: Leishmania donovani 91S ribosome LSU
+分子 #1: ribosomal protein uL2
+分子 #2: ribosomal protein uL3
+分子 #3: Ribosomal protein L1a, putative
+分子 #4: 60S ribosomal protein L11 (L5, L16)
+分子 #5: 60S ribosomal protein L9, putative
+分子 #6: ribosomal protein eL6
+分子 #7: 60S ribosomal protein L7a
+分子 #8: ribosomal protein uL13
+分子 #9: ribosomal protein eL13
+分子 #10: 60S ribosomal protein L23, putative
+分子 #11: Probable 60S ribosomal protein L14
+分子 #12: 60S ribosomal protein L27A/L29, putative
+分子 #13: Ribosomal protein L15
+分子 #14: 60S ribosomal protein L10, putative
+分子 #15: 60S ribosomal protein L5, putative
+分子 #16: 60S ribosomal protein L18, putative
+分子 #17: Ribosomal protein L19e family protein
+分子 #18: 60S ribosomal protein L18a
+分子 #19: 60S ribosomal protein L21, putative
+分子 #20: 60S ribosomal protein L17, putative
+分子 #21: 60S ribosomal protein L22, putative
+分子 #22: 60S ribosomal protein L23a, putative
+分子 #23: ribosomal protein uL24
+分子 #24: ribosomal protein eL24
+分子 #25: Ribosomal L27e family protein
+分子 #26: 60S ribosomal protein L28, putative
+分子 #27: 60S_ribosomal_protein_L35_putative/GeneDB:LmjF.26.2330/GeneDB:Lmj...
+分子 #28: 60S ribosomal protein L29
+分子 #29: 60S ribosomal protein L7 family protein
+分子 #30: 60S ribosomal protein L30
+分子 #31: 60S ribosomal subunit protein L31, putative
+分子 #32: 60S_ribosomal_protein_L32/GeneDB:LmjF.21.1720
+分子 #33: Ribosomal protein L35Ae family protein
+分子 #34: 60S ribosomal protein L34, putative
+分子 #35: 60S ribosomal protein L36, putative
+分子 #36: 60S ribosomal protein L37
+分子 #37: Ribosomal L38e family protein
+分子 #38: 60S ribosomal protein L39, putative
+分子 #39: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
+分子 #40: ribosomal protein eL41
+分子 #41: 60S ribosomal protein L37a
+分子 #42: 60S ribosomal protein L44, putative
+分子 #43: rRNA alpha
+分子 #44: rRNA beta
+分子 #45: rRNA gamma
+分子 #46: rRNA delta
+分子 #47: rRNA epsilon
+分子 #48: rRNA zeta
+分子 #49: rRNA 5.8S
+分子 #50: rRNA 5S
+分子 #51: PAROMOMYCIN
+分子 #52: MAGNESIUM ION
+分子 #53: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 1.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 141028 |
---|---|
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |