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- PDB-6zz6: Cryo-EM structure of S.cerevisiae cohesin-Scc2-DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zz6
タイトルCryo-EM structure of S.cerevisiae cohesin-Scc2-DNA complex
要素
  • (DNA (34-MER)) x 2
  • (Sister chromatid cohesion protein ...) x 2
  • (Structural maintenance of chromosomes protein ...) x 2
キーワードCELL CYCLE / SMC / cohesin / DNA
機能・相同性
機能・相同性情報


SMC loading complex / Scc2-Scc4 cohesin loading complex / mitotic cohesin loading / 2-micrometer circle DNA / Establishment of Sister Chromatid Cohesion / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / tRNA gene clustering / DNA secondary structure binding / meiotic cohesin complex / establishment of meiotic sister chromatid cohesion ...SMC loading complex / Scc2-Scc4 cohesin loading complex / mitotic cohesin loading / 2-micrometer circle DNA / Establishment of Sister Chromatid Cohesion / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / tRNA gene clustering / DNA secondary structure binding / meiotic cohesin complex / establishment of meiotic sister chromatid cohesion / cohesin complex / mitotic cohesin complex / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / rDNA chromatin condensation / establishment of protein localization to chromatin / synaptonemal complex assembly / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / meiotic sister chromatid cohesion / replication-born double-strand break repair via sister chromatid exchange / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / mitotic chromosome condensation / reciprocal meiotic recombination / sister chromatid cohesion / mitotic sister chromatid cohesion / protein acetylation / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / mitotic sister chromatid segregation / chromosome, centromeric region / protein localization to chromatin / condensed nuclear chromosome / G2/M transition of mitotic cell cycle / double-strand break repair / double-stranded DNA binding / regulation of gene expression / sequence-specific DNA binding / cell division / DNA damage response / chromatin binding / chromatin / apoptotic process / protein kinase binding / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / DNA binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
HEAT repeat associated with sister chromatid cohesion protein / Sister chromatid cohesion C-terminal domain / Scc2/Nipped-B family / Sister chromatid cohesion C-terminus / HEAT repeat associated with sister chromatid cohesion / Structural maintenance of chromosomes 3, ABC domain, eukaryotic / Smc1, ATP-binding cassette domain / Rad21/Rec8-like protein, C-terminal, eukaryotic / Rad21/Rec8-like protein, N-terminal / Rad21/Rec8-like protein ...HEAT repeat associated with sister chromatid cohesion protein / Sister chromatid cohesion C-terminal domain / Scc2/Nipped-B family / Sister chromatid cohesion C-terminus / HEAT repeat associated with sister chromatid cohesion / Structural maintenance of chromosomes 3, ABC domain, eukaryotic / Smc1, ATP-binding cassette domain / Rad21/Rec8-like protein, C-terminal, eukaryotic / Rad21/Rec8-like protein, N-terminal / Rad21/Rec8-like protein / Conserved region of Rad21 / Rec8 like protein / N terminus of Rad21 / Rec8 like protein / ScpA-like, C-terminal / Structural maintenance of chromosomes protein / SMCs flexible hinge / SMCs flexible hinge superfamily / SMC proteins Flexible Hinge Domain / SMC proteins Flexible Hinge Domain / RecF/RecN/SMC, N-terminal / RecF/RecN/SMC N terminal domain / Armadillo-type fold / Winged helix DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / Structural maintenance of chromosomes protein 1 / Structural maintenance of chromosomes protein 3 / Sister chromatid cohesion protein 2 / Sister chromatid cohesion protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Lee, B.-G. / Gonzalez Llamazares, A. / Collier, J. / Nasmyth, K.A. / Lowe, J.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust202754/Z/16/Z 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)U105184326 英国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Transport of DNA within cohesin involves clamping on top of engaged heads by Scc2 and entrapment within the ring by Scc3.
著者: James E Collier / Byung-Gil Lee / Maurici Brunet Roig / Stanislav Yatskevich / Naomi J Petela / Jean Metson / Menelaos Voulgaris / Andres Gonzalez Llamazares / Jan Löwe / Kim A Nasmyth /
要旨: In addition to extruding DNA loops, cohesin entraps within its SMC-kleisin ring (S-K) individual DNAs during G1 and sister DNAs during S-phase. All three activities require related hook-shaped ...In addition to extruding DNA loops, cohesin entraps within its SMC-kleisin ring (S-K) individual DNAs during G1 and sister DNAs during S-phase. All three activities require related hook-shaped proteins called Scc2 and Scc3. Using thiol-specific crosslinking we provide rigorous proof of entrapment activity in vitro. Scc2 alone promotes entrapment of DNAs in the E-S and E-K compartments, between ATP-bound engaged heads and the SMC hinge and associated kleisin, respectively. This does not require ATP hydrolysis nor is it accompanied by entrapment within S-K rings, which is a slower process requiring Scc3. Cryo-EM reveals that DNAs transported into E-S/E-K compartments are 'clamped' in a sub-compartment created by Scc2's association with engaged heads whose coiled coils are folded around their elbow. We suggest that clamping may be a recurrent feature of cohesin complexes active in loop extrusion and that this conformation precedes the S-K entrapment required for sister chromatid cohesion.
履歴
登録2020年8月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-11585
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Structural maintenance of chromosomes protein 1,Structural maintenance of chromosomes protein 1,Structural maintenance of chromosomes protein 1
B: Structural maintenance of chromosomes protein 3,Structural maintenance of chromosomes protein 3,Structural maintenance of chromosomes protein 3
C: Sister chromatid cohesion protein 1,Sister chromatid cohesion protein 1,Sister chromatid cohesion protein 1
D: Sister chromatid cohesion protein 2
F: DNA (34-MER)
G: DNA (34-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)291,54810
ポリマ－290,4856
非ポリマー1,0634
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Structural maintenance of chromosomes protein ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Structural maintenance of chromosomes protein 1,Structural maintenance of chromosomes protein 1,Structural maintenance of chromosomes protein 1 / DA-box protein SMC1


分子量: 40854.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: 2-71, 87-195, 1044-1224,2-71, 87-195, 1044-1224,2-71, 87-195, 1044-1224,2-71, 87-195, 1044-1224,2-71, 87-195, 1044-1224,2-71, 87-195, 1044-1224,2-71, 87-195, 1044-1224,2-71, 87-195, 1044- ...詳細: 2-71, 87-195, 1044-1224,2-71, 87-195, 1044-1224,2-71, 87-195, 1044-1224,2-71, 87-195, 1044-1224,2-71, 87-195, 1044-1224,2-71, 87-195, 1044-1224,2-71, 87-195, 1044-1224,2-71, 87-195, 1044-1224,2-71, 87-195, 1044-1224,2-71, 87-195, 1044-1224,2-71, 87-195, 1044-1224,2-71, 87-195, 1044-1224,2-71, 87-195, 1044-1224,2-71, 87-195, 1044-1224,2-71, 87-195, 1044-1224,2-71, 87-195, 1044-1224,2-71, 87-195, 1044-1224,2-71, 87-195, 1044-1224,2-71, 87-195, 1044-1224,2-71, 87-195, 1044-1224,2-71, 87-195, 1044-1224,2-71, 87-195, 1044-1224,2-71, 87-195, 1044-1224,2-71, 87-195, 1044-1224,2-71, 87-195, 1044-1224,2-71, 87-195, 1044-1224,2-71, 87-195, 1044-1224
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SMC1, CHL10, YFL008W
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P32908
#2: タンパク質 Structural maintenance of chromosomes protein 3,Structural maintenance of chromosomes protein 3,Structural maintenance of chromosomes protein 3 / DA-box protein SMC3


分子量: 48295.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: 0-224, 997-1071,1104-1222,0-224, 997-1071,1104-1222,0-224, 997-1071,1104-1222,0-224, 997-1071,1104-1222,0-224, 997-1071,1104-1222,0-224, 997-1071,1104-1222,0-224, 997-1071,1104-1222,0-224, ...詳細: 0-224, 997-1071,1104-1222,0-224, 997-1071,1104-1222,0-224, 997-1071,1104-1222,0-224, 997-1071,1104-1222,0-224, 997-1071,1104-1222,0-224, 997-1071,1104-1222,0-224, 997-1071,1104-1222,0-224, 997-1071,1104-1222,0-224, 997-1071,1104-1222,0-224, 997-1071,1104-1222,0-224, 997-1071,1104-1222,0-224, 997-1071,1104-1222,0-224, 997-1071,1104-1222,0-224, 997-1071,1104-1222,0-224, 997-1071,1104-1222,0-224, 997-1071,1104-1222,0-224, 997-1071,1104-1222,0-224, 997-1071,1104-1222,0-224, 997-1071,1104-1222,0-224, 997-1071,1104-1222,0-224, 997-1071,1104-1222,0-224, 997-1071,1104-1222,0-224, 997-1071,1104-1222,0-224, 997-1071,1104-1222,0-224, 997-1071,1104-1222,0-224, 997-1071,1104-1222,0-224, 997-1071,1104-1222
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SMC3, YJL074C, J1049
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P47037

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Sister chromatid cohesion protein ... , 2種, 2分子 CD

#3: タンパク質 Sister chromatid cohesion protein 1,Sister chromatid cohesion protein 1,Sister chromatid cohesion protein 1


分子量: 9123.593 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: 67-103, 502-510, 519-555,67-103, 502-510, 519-555,67-103, 502-510, 519-555,67-103, 502-510, 519-555,67-103, 502-510, 519-555,67-103, 502-510, 519-555,67-103, 502-510, 519-555,67-103, 502-510, ...詳細: 67-103, 502-510, 519-555,67-103, 502-510, 519-555,67-103, 502-510, 519-555,67-103, 502-510, 519-555,67-103, 502-510, 519-555,67-103, 502-510, 519-555,67-103, 502-510, 519-555,67-103, 502-510, 519-555,67-103, 502-510, 519-555,67-103, 502-510, 519-555,67-103, 502-510, 519-555,67-103, 502-510, 519-555,67-103, 502-510, 519-555,67-103, 502-510, 519-555,67-103, 502-510, 519-555,67-103, 502-510, 519-555,67-103, 502-510, 519-555,67-103, 502-510, 519-555,67-103, 502-510, 519-555,67-103, 502-510, 519-555,67-103, 502-510, 519-555,67-103, 502-510, 519-555,67-103, 502-510, 519-555,67-103, 502-510, 519-555,67-103, 502-510, 519-555,67-103, 502-510, 519-555,67-103, 502-510, 519-555
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MCD1, PDS3, RHC21, SCC1, YDL003W, YD8119.04
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q12158
#4: タンパク質 Sister chromatid cohesion protein 2


分子量: 171310.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SCC2, YDR180W, YD9395.14
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q04002

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DNA鎖 , 2種, 2分子 FG

#5: DNA鎖 DNA (34-MER)


分子量: 10604.072 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#6: DNA鎖 DNA (34-MER)


分子量: 10297.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 2種, 4分子

#7: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#8: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Complex of cohesin, Scc2, ATP and DNACOMPLEX#1-#60RECOMBINANT
2Complex of cohesin and Scc2COMPLEX#1-#41RECOMBINANT
3double strand DNACOMPLEX#5-#61RECOMBINANT
分子量値: 0.485 MDa / 実験値: YES
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)559292
33synthetic construct (人工物)32630
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
33synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 100 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 55 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: EPU / カテゴリ: 画像取得
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 588164 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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