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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6zrf | |||||||||
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タイトル | amyloid structure of amylin (IAPP - islet amyloid polypeptide) | |||||||||
![]() | Islet amyloid polypeptide | |||||||||
![]() | PROTEIN FIBRIL / amyloid fibril type-2-diabetes hormone | |||||||||
機能・相同性 | ![]() : / amylin receptor signaling pathway / Calcitonin-like ligand receptors / negative regulation of amyloid fibril formation / negative regulation of bone resorption / eating behavior / negative regulation of osteoclast differentiation / positive regulation of protein kinase A signaling / Regulation of gene expression in beta cells / negative regulation of protein-containing complex assembly ...: / amylin receptor signaling pathway / Calcitonin-like ligand receptors / negative regulation of amyloid fibril formation / negative regulation of bone resorption / eating behavior / negative regulation of osteoclast differentiation / positive regulation of protein kinase A signaling / Regulation of gene expression in beta cells / negative regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of calcium-mediated signaling / bone resorption / sensory perception of pain / osteoclast differentiation / hormone activity / cell-cell signaling / amyloid-beta binding / G alpha (s) signalling events / positive regulation of MAPK cascade / receptor ligand activity / positive regulation of apoptotic process / Amyloid fiber formation / signaling receptor binding / lipid binding / apoptotic process / signal transduction / extracellular space / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
![]() | Gallardo, R.U. / Iadanza, M.G. / Ranson, N.A. / Radford, S.E. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Fibril structures of diabetes-related amylin variants reveal a basis for surface-templated assembly. 著者: Rodrigo Gallardo / Matthew G Iadanza / Yong Xu / George R Heath / Richard Foster / Sheena E Radford / Neil A Ranson / ![]() 要旨: Aggregation of the peptide hormone amylin into amyloid deposits is a pathological hallmark of type-2 diabetes (T2D). While no causal link between T2D and amyloid has been established, the S20G ...Aggregation of the peptide hormone amylin into amyloid deposits is a pathological hallmark of type-2 diabetes (T2D). While no causal link between T2D and amyloid has been established, the S20G mutation in amylin is associated with early-onset T2D. Here we report cryo-EM structures of amyloid fibrils of wild-type human amylin and its S20G variant. The wild-type fibril structure, solved to 3.6-Å resolution, contains two protofilaments, each built from S-shaped subunits. S20G fibrils, by contrast, contain two major polymorphs. Their structures, solved at 3.9-Å and 4.0-Å resolution, respectively, share a common two-protofilament core that is distinct from the wild-type structure. Remarkably, one polymorph contains a third subunit with another, distinct, cross-β conformation. The presence of two different backbone conformations within the same fibril may explain the increased aggregation propensity of S20G, and illustrates a potential structural basis for surface-templated fibril assembly. | |||||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 44.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 926.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 941.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3908.319 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: TYC = C-terminal amidated Tyr / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: P10997 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: HELICAL ARRAY / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: amyloid fibril of amylin (islet amyloid polipeptide) タイプ: COMPLEX 詳細: produced synthetically, oxidised, C-terminally amidated, fibrillated in vitro Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 1.625 kDa/nm / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
緩衝液 | pH: 6.8 |
緩衝液成分 | 濃度: 20 mM / 名称: Ammonium acetate / 式: NH4CH3CO2 |
試料 | 濃度: 0.18 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Homemade |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 14 sec. / 電子線照射量: 50.07 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: 178.23 ° / 軸方向距離/サブユニット: 2.43 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 32846 / 対称性のタイプ: HELICAL |