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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6zqu | ||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of mature Dengue virus 2 at 3.1 angstrom resolution | ||||||||||||||||||
要素 | (Genome polyprotein) x 2 | ||||||||||||||||||
キーワード | VIRUS / Flavivirus | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / flavivirin / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / protein complex oligomerization / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / monoatomic ion channel activity / channel activity / double-stranded RNA binding ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / flavivirin / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / protein complex oligomerization / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / monoatomic ion channel activity / channel activity / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / viral capsid / monoatomic ion transmembrane transport / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / virion membrane / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Dengue virus 2 (デング熱ウイルス) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Renner, M. / Dejnirattisai, W. / Carrique, L. / Serna Martin, I. / Karia, D. / Ilca, S.L. / Ho, S.F. / Kotecha, A. / Keown, J.R. / Mongkolsapaya, J. ...Renner, M. / Dejnirattisai, W. / Carrique, L. / Serna Martin, I. / Karia, D. / Ilca, S.L. / Ho, S.F. / Kotecha, A. / Keown, J.R. / Mongkolsapaya, J. / Screaton, G.R. / Grimes, J.M. | ||||||||||||||||||
資金援助 | 英国, 5件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Flavivirus maturation leads to the formation of an occupied lipid pocket in the surface glycoproteins. 著者: Max Renner / Wanwisa Dejnirattisai / Loïc Carrique / Itziar Serna Martin / Dimple Karia / Serban L Ilca / Shu F Ho / Abhay Kotecha / Jeremy R Keown / Juthathip Mongkolsapaya / Gavin R ...著者: Max Renner / Wanwisa Dejnirattisai / Loïc Carrique / Itziar Serna Martin / Dimple Karia / Serban L Ilca / Shu F Ho / Abhay Kotecha / Jeremy R Keown / Juthathip Mongkolsapaya / Gavin R Screaton / Jonathan M Grimes / 要旨: Flaviviruses such as Dengue (DENV) or Zika virus (ZIKV) assemble into an immature form within the endoplasmatic reticulum (ER), and are then processed by furin protease in the trans-Golgi. To better ...Flaviviruses such as Dengue (DENV) or Zika virus (ZIKV) assemble into an immature form within the endoplasmatic reticulum (ER), and are then processed by furin protease in the trans-Golgi. To better grasp maturation, we carry out cryo-EM reconstructions of immature Spondweni virus (SPOV), a human flavivirus of the same serogroup as ZIKV. By employing asymmetric localised reconstruction we push the resolution to 3.8 Å, enabling us to refine an atomic model which includes the crucial furin protease recognition site and a conserved Histidine pH-sensor. For direct comparison, we also solve structures of the mature forms of SPONV and DENV to 2.6 Å and 3.1 Å, respectively. We identify an ordered lipid that is present in only the mature forms of ZIKV, SPOV, and DENV and can bind as a consequence of rearranging amphipathic stem-helices of E during maturation. We propose a structural role for the pocket and suggest it stabilizes mature E. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6zqu.cif.gz | 289.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6zqu.ent.gz | 245.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6zqu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6zqu_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6zqu_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6zqu_validation.xml.gz | 80 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6zqu_validation.cif.gz | 115.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zq/6zqu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zq/6zqu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 60
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 54501.902 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dengue virus 2 (デング熱ウイルス) / 参照: UniProt: D0EPS0, UniProt: P29990*PLUS #2: タンパク質 | 分子量: 8421.879 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dengue virus 2 (デング熱ウイルス) / 参照: UniProt: O11875 #3: 糖 | ChemComp-NAG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Dengue virus 2 / タイプ: VIRUS / 詳細: Virus cultivated in C6/36 cells / Entity ID: #1-#2 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Dengue virus 2 (デング熱ウイルス) / 株: 16681 |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: SEROTYPE / タイプ: VIRION |
天然宿主 | 生物種: Aedes aegypti |
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: PBS buffer |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドのタイプ: C-flat-2/1 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI POLARA 300 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 32 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: dev_3699: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 6676 | ||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 2938 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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