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- PDB-6zj3: Cryo-EM structure of the highly atypical cytoplasmic ribosome of ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zj3
タイトルCryo-EM structure of the highly atypical cytoplasmic ribosome of Euglena gracilis
要素
  • (60S ribosomal protein ...) x 2
  • (LSU rRNA chain ...) x 13
  • (Ribosomal protein ...) x 75
  • 18S rRNA
  • 5.8S rRNA
  • 5S rRNA
  • A-site tRNA
  • A-tRNA
  • E-tRNA
  • P-tRNA
  • RACK1
キーワードRIBOSOME / Single particle cryo-EM RNA modifications
機能・相同性
機能・相同性情報


cytosolic large ribosomal subunit / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / RNA binding
類似検索 - 分子機能
: / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L7A/L8 / Ribosomal protein L7Ae/L8/Nhp2 family / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like / Ribosomal protein L10e/L16 ...: / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L7A/L8 / Ribosomal protein L7Ae/L8/Nhp2 family / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like / Ribosomal protein L10e/L16 / Ribosomal protein L10e/L16 superfamily / Ribosomal protein L16p/L10e
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 60S ribosomal protein L10 / 60S ribosomal protein L7a
類似検索 - 構成要素
生物種Euglena gracilis (ミドリムシ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Matzov, D. / Halfon, H. / Zimmerman, E. / Rozenberg, H. / Bashan, A. / Gray, M.W. / Yonath, A.E. / Shalev-Benami, M.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM structure of the highly atypical cytoplasmic ribosome of Euglena gracilis.
著者: Donna Matzov / Masato Taoka / Yuko Nobe / Yoshio Yamauchi / Yehuda Halfon / Nofar Asis / Ella Zimermann / Haim Rozenberg / Anat Bashan / Shashi Bhushan / Toshiaki Isobe / Michael W Gray / Ada ...著者: Donna Matzov / Masato Taoka / Yuko Nobe / Yoshio Yamauchi / Yehuda Halfon / Nofar Asis / Ella Zimermann / Haim Rozenberg / Anat Bashan / Shashi Bhushan / Toshiaki Isobe / Michael W Gray / Ada Yonath / Moran Shalev-Benami /
要旨: Ribosomal RNA is the central component of the ribosome, mediating its functional and architectural properties. Here, we report the cryo-EM structure of a highly divergent cytoplasmic ribosome from ...Ribosomal RNA is the central component of the ribosome, mediating its functional and architectural properties. Here, we report the cryo-EM structure of a highly divergent cytoplasmic ribosome from the single-celled eukaryotic alga Euglena gracilis. The Euglena large ribosomal subunit is distinct in that it contains 14 discrete rRNA fragments that are assembled non-covalently into the canonical ribosome structure. The rRNA is substantially enriched in post-transcriptional modifications that are spread far beyond the catalytic RNA core, contributing to the stabilization of this highly fragmented ribosome species. A unique cluster of five adenosine base methylations is found in an expansion segment adjacent to the protein exit tunnel, such that it is positioned for interaction with the nascent peptide. As well as featuring distinctive rRNA expansion segments, the Euglena ribosome contains four novel ribosomal proteins, localized to the ribosome surface, three of which do not have orthologs in other eukaryotes.
履歴
登録2020年6月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年11月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年4月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-11232
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
S1: 18S rRNA
S2: A-tRNA
S3: P-tRNA
S4: E-tRNA
S5: A-site tRNA
SA: Ribosomal protein eS1
SB: Ribosomal protein uS2
SC: Ribosomal protein uS3
SD: Ribosomal protein uS4
SE: Ribosomal protein eS4
SF: Ribosomal protein uS5
SG: Ribosomal protein eS6
SH: Ribosomal protein uS7
SI: Ribosomal protein eS7
SJ: Ribosomal protein uS8
SK: Ribosomal protein eS8
SL: Ribosomal protein uS9
SM: Ribosomal protein uS10
SN: Ribosomal protein eS10
SO: Ribosomal protein uS11
SP: Ribosomal protein uS12
SQ: Ribosomal protein eS12
SR: Ribosomal protein uS13
SS: Ribosomal protein uS14
ST: Ribosomal protein uS15
SU: Ribosomal protein uS17
SV: Ribosomal protein eS17
SW: Ribosomal protein uS19
SX: Ribosomal protein eS19
SY: Ribosomal protein eS21
SZ: Ribosomal protein eS24
Sa: Ribosomal protein eS25
Sb: Ribosomal protein eS26
Sc: Ribosomal protein eS27
Sd: Ribosomal protein eS28
Se: Ribosomal protein eS30
Sf: Ribosomal protein eS31
Sg: Ribosomal protein eSEug1
Sh: RACK1
LA: 5.8S rRNA
LB: LSU rRNA chain 1
LC: LSU rRNA chain 2
LD: LSU rRNA chain 3
LE: LSU rRNA chain 4
LF: LSU rRNA chain 5
LG: LSU rRNA chain 6
LH: LSU rRNA chain 7
LI: LSU rRNA chain 8
LJ: LSU rRNA chain 9
LK: LSU rRNA chain 10
LL: LSU rRNA chain 11
LM: LSU rRNA chain 12
LN: LSU rRNA chain 13
LO: 5S rRNA
LP: Ribosomal protein uL2
LQ: Ribosomal protein uL3
LR: Ribosomal protein uL4
LS: Ribosomal protein uL5
LT: Ribosomal protein uL6
LU: Ribosomal protein eL6
LV: 60S ribosomal protein L7a
LW: Ribosomal protein uL13
LX: Ribosomal protein eL13
LY: Ribosomal protein uL14
LZ: Ribosomal protein eL14
La: Ribosomal protein uL15
Lb: Ribosomal protein eL15
Lc: 60S ribosomal protein L10
Ld: Ribosomal protein uL18
Le: Ribosomal protein eL18
Lf: Ribosomal protein eL19
Lg: Ribosomal protein eL20
Lh: Ribosomal protein eL21
Li: Ribosomal protein uL22
Lj: Ribosomal protein eL22
Lk: Ribosomal protein uL23
Ll: Ribosomal protein uL24
Lm: Ribosomal protein eL24
Ln: Ribosomal protein eL27
Lo: Ribosomal protein eLEgr1
Lp: Ribosomal protein uL29
Lq: Ribosomal protein eL29
Lr: Ribosomal protein uL30
Ls: Ribosomal protein eL30
Lt: Ribosomal protein eL31
Lu: Ribosomal protein eL32
Lv: Ribosomal protein eL33
Lw: Ribosomal protein eL34
Lx: Ribosomal protein eL36
Ly: Ribosomal protein eL37
Lz: Ribosomal protein eL38
L1: Ribosomal protein eL39
L2: Ribosomal protein eL40
L3: Ribosomal protein eL41
L5: Ribosomal protein eL42
L4: Ribosomal protein eL43
L6: Ribosomal protein eLEgr2
L7: Ribosomal protein eLEgr3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,672,469103
ポリマ－3,672,14298
非ポリマー3275
水21,5101194
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 7種, 7分子 S1S2S3S4S5LALO

#1: RNA鎖 18S rRNA


分子量: 747444.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#2: RNA鎖 A-tRNA


分子量: 24599.748 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#3: RNA鎖 P-tRNA


分子量: 24422.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#4: RNA鎖 E-tRNA


分子量: 24509.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#5: RNA鎖 A-site tRNA


分子量: 3756.296 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#40: RNA鎖 5.8S rRNA


分子量: 52665.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#54: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 38652.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)

+
Ribosomal protein ... , 75種, 75分子 SASBSCSDSESFSGSHSISJSKSLSMSNSOSPSQSRSSSTSUSVSWSXSYSZSaSbScSd...

#6: タンパク質 Ribosomal protein eS1


分子量: 28518.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#7: タンパク質 Ribosomal protein uS2


分子量: 29244.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#8: タンパク質 Ribosomal protein uS3


分子量: 24771.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#9: タンパク質 Ribosomal protein uS4


分子量: 22460.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#10: タンパク質 Ribosomal protein eS4


分子量: 31032.928 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#11: タンパク質 Ribosomal protein uS5


分子量: 27936.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#12: タンパク質 Ribosomal protein eS6


分子量: 31994.982 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#13: タンパク質 Ribosomal protein uS7


分子量: 21473.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#14: タンパク質 Ribosomal protein eS7


分子量: 22812.748 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#15: タンパク質 Ribosomal protein uS8


分子量: 14943.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#16: タンパク質 Ribosomal protein eS8


分子量: 35391.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#17: タンパク質 Ribosomal protein uS9


分子量: 17233.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#18: タンパク質 Ribosomal protein uS10


分子量: 13344.736 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#19: タンパク質 Ribosomal protein eS10


分子量: 17060.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#20: タンパク質 Ribosomal protein uS11


分子量: 16397.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#21: タンパク質 Ribosomal protein uS12


分子量: 15929.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#22: タンパク質 Ribosomal protein eS12


分子量: 15109.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#23: タンパク質 Ribosomal protein uS13


分子量: 17632.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#24: タンパク質 Ribosomal protein uS14


分子量: 6527.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#25: タンパク質 Ribosomal protein uS15


分子量: 17121.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#26: タンパク質 Ribosomal protein uS17


分子量: 19277.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#27: タンパク質 Ribosomal protein eS17


分子量: 16399.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#28: タンパク質 Ribosomal protein uS19


分子量: 17230.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#29: タンパク質 Ribosomal protein eS19


分子量: 16477.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#30: タンパク質 Ribosomal protein eS21


分子量: 10532.921 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#31: タンパク質 Ribosomal protein eS24


分子量: 16123.132 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#32: タンパク質 Ribosomal protein eS25


分子量: 13203.639 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#33: タンパク質 Ribosomal protein eS26


分子量: 13415.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#34: タンパク質 Ribosomal protein eS27


分子量: 9564.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#35: タンパク質 Ribosomal protein eS28


分子量: 8510.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#36: タンパク質 Ribosomal protein eS30


分子量: 7194.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#37: タンパク質 Ribosomal protein eS31


分子量: 17859.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#38: タンパク質 Ribosomal protein eSEug1


分子量: 32759.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#55: タンパク質 Ribosomal protein uL2


分子量: 28784.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#56: タンパク質 Ribosomal protein uL3


分子量: 46348.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#57: タンパク質 Ribosomal protein uL4


分子量: 41993.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#58: タンパク質 Ribosomal protein uL5


分子量: 21938.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#59: タンパク質 Ribosomal protein uL6


分子量: 22030.709 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#60: タンパク質 Ribosomal protein eL6


分子量: 22615.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#62: タンパク質 Ribosomal protein uL13


分子量: 24602.627 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#63: タンパク質 Ribosomal protein eL13


分子量: 25964.697 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#64: タンパク質 Ribosomal protein uL14


分子量: 14991.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#65: タンパク質 Ribosomal protein eL14


分子量: 25592.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#66: タンパク質 Ribosomal protein uL15


分子量: 17320.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#67: タンパク質 Ribosomal protein eL15


分子量: 24447.920 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#69: タンパク質 Ribosomal protein uL18


分子量: 29531.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#70: タンパク質 Ribosomal protein eL18


分子量: 21935.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#71: タンパク質 Ribosomal protein eL19


分子量: 29130.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#72: タンパク質 Ribosomal protein eL20


分子量: 21398.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#73: タンパク質 Ribosomal protein eL21


分子量: 18279.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#74: タンパク質 Ribosomal protein uL22


分子量: 18831.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#75: タンパク質 Ribosomal protein eL22


分子量: 18961.916 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#76: タンパク質 Ribosomal protein uL23


分子量: 18592.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#77: タンパク質 Ribosomal protein uL24


分子量: 16812.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#78: タンパク質 Ribosomal protein eL24


分子量: 17910.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#79: タンパク質 Ribosomal protein eL27


分子量: 15562.701 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#80: タンパク質 Ribosomal protein eLEgr1


分子量: 7961.114 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#81: タンパク質 Ribosomal protein uL29


分子量: 14662.913 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#82: タンパク質 Ribosomal protein eL29


分子量: 13747.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#83: タンパク質 Ribosomal protein uL30


分子量: 28755.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#84: タンパク質 Ribosomal protein eL30


分子量: 12053.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#85: タンパク質 Ribosomal protein eL31


分子量: 17630.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#86: タンパク質 Ribosomal protein eL32


分子量: 16413.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#87: タンパク質 Ribosomal protein eL33


分子量: 13155.908 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#88: タンパク質 Ribosomal protein eL34


分子量: 14908.849 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#89: タンパク質 Ribosomal protein eL36


分子量: 12423.169 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#90: タンパク質 Ribosomal protein eL37


分子量: 13528.060 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#91: タンパク質 Ribosomal protein eL38


分子量: 9478.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#92: タンパク質 Ribosomal protein eL39


分子量: 6499.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#93: タンパク質 Ribosomal protein eL40


分子量: 14220.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#94: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein eL41


分子量: 4502.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#95: タンパク質 Ribosomal protein eL42


分子量: 10559.483 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#96: タンパク質 Ribosomal protein eL43


分子量: 12340.868 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#97: タンパク質 Ribosomal protein eLEgr2


分子量: 8128.459 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#98: タンパク質 Ribosomal protein eLEgr3


分子量: 7499.669 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)

-
タンパク質 , 1種, 1分子 Sh

#39: タンパク質 RACK1


分子量: 34755.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)

-
LSU rRNA chain ... , 13種, 13分子 LBLCLDLELFLGLHLILJLKLLLMLN

#41: RNA鎖 LSU rRNA chain 1


分子量: 42961.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#42: RNA鎖 LSU rRNA chain 2


分子量: 113512.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#43: RNA鎖 LSU rRNA chain 3


分子量: 37346.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#44: RNA鎖 LSU rRNA chain 4


分子量: 225354.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#45: RNA鎖 LSU rRNA chain 5


分子量: 170807.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#46: RNA鎖 LSU rRNA chain 6


分子量: 75508.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#47: RNA鎖 LSU rRNA chain 7


分子量: 240660.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#48: RNA鎖 LSU rRNA chain 8


分子量: 199055.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#49: RNA鎖 LSU rRNA chain 9


分子量: 52952.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#50: RNA鎖 LSU rRNA chain 10


分子量: 20618.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#51: RNA鎖 LSU rRNA chain 11


分子量: 30874.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#52: RNA鎖 LSU rRNA chain 12


分子量: 18673.150 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#53: RNA鎖 LSU rRNA chain 13


分子量: 27779.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)

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60S ribosomal protein ... , 2種, 2分子 LVLc

#61: タンパク質 60S ribosomal protein L7a


分子量: 32999.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ) / 参照: UniProt: Q4VH13
#68: タンパク質 60S ribosomal protein L10


分子量: 24695.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ) / 参照: UniProt: Q39724

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非ポリマー , 2種, 1199分子

#99: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#100: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Euglena gracilis 80S ribosome / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#98 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
緩衝液pH: 7.6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 1.52 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 176308 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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